SCI投稿是論文順利發表的重要一步，如果在投稿過程中疏忽大意，就很可能導致論文發表的失敗。所以，瞭解SCI投稿的整個過程是十分必要的。接下來，我們就來談談SCI投稿過程。
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首先決定投哪本SCI刊物。作者一般在撰寫論文時就已經做出決定。主要決策依據應是主題內容合適、學術聲譽好、讀者多等。當然也要看自己成果的大小，論文的質量而定。勿一稿多投。
在本領域內的、預期影響因子範圍內的期刊中，從期刊名初步篩選可能合適自己文章內容的期刊。然後找到期刊的介紹，閱讀其“目標和範圍”(aim and scope)，以確定稿件是否符合。接下來再看看期刊近幾年內影響因子的走勢，以其保持上升或穩定為佳。
另外一個可以參考的指標是該期刊是否曾在過去發表過相當數量的中國作者的文章。學術期刊終歸是商業雜誌，出版商以贏利為最終目的。世界各地的期刊，可能因為這樣那樣的原因，有自己的偏好。
並不是說沒有發表過中國作者文章的期刊就一定不能投稿，但是相較而言，在其它各方面差不多的情況下，曾經發表過大量中國作者文章的期刊一般會對中國作者更友好，期刊編輯也更熟悉和中國作者的交流方式。
還有一個需要考慮的因素是期刊的審稿週期(turnaround time)，指的是從期刊收到投稿到編輯發出第一封關於決定的回覆的時間(接受，需修改，或者拒稿)。很多期刊會在網頁介紹中列出審稿週期，這是給作者的一個參考，也是一種承諾。
一般來說，高水平雜誌(high-profile journals)的審稿週期比較短。決定文章是否被期刊採納的最最主要的因素當然是文章的質量和意義，但是這其中有時也有些些兒運氣在。
通俗的說，第一次投稿可以“碰碰運氣，”就算失敗，損失的不過是一個審稿週期的時間(比如兩個星期到一個月)。而如果文章真入了審稿專家和編輯的法眼，能在高影響因子的期刊上發表，對作者可謂益處多多。當然，也要注意不同的期刊對文章的格式和字數方面的要求會有所差異。
一篇文章被一個期刊拒稿後原稿件不經過修改是不能直接投到另一個期刊的。但是，這種修改一般只是格式上的，不需要花費太多的時間(注：影響因子超高的幾個期刊，比如nature和science，對篇幅的限制非常苛刻，要求文章短小精悍，所以如果被這種雜誌拒稿，再投下一個目標期刊的時候往往需要對稿件進行擴充，補充之前被省略的細節或次要實驗)。
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論文完成後，要按照每份刊物的投稿要求投稿。一般的投稿清單包括：投稿信、足夠的稿件數、所有圖表齊全、以及其它要求的材料。將上述內容打包郵寄，或通過電子網絡按要求投遞稿件。
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論文投出後，一般刊物編輯部會給投稿作者發送收到稿件通知。如果編輯覺得論文題材不適合所投刊物，會回信退稿。否則，作者就進入等待期。收到稿件後，編輯挑選2-3名同行對論文進行評審。論文評審是對作者採用匿名形式。評審者不是專職，是自願花時間評閱論文(並無評審費)。
由於評閱人一般是已經在本領域建立了地位，比較忙，因此往往需要花較長時間。投稿者應對此予以理解。另外，由於評閱人較忙或其它原因，有的評審意見不一定貼切。是值得商榷的。編輯在審稿過程中是仲裁和最後決策者。審稿期間，作者一般應耐心等待。除按收稿通知建議時間與編輯聯繫外，一般應給評審4-6個月時間。若仍無消息，可以與編輯聯繫催促一下。
論文評審的分一般內容和專業內容兩部分。一般評審內容包括：稿件是否適合所投刊物;若發表此文讀者面會有多大;是否有現勢性-即是否需要儘快發表;論文的理論、方法、和數據等是否有創新性;論文有無重大缺陷(理論、方法、實驗結果等);論文結果是否重要(若設立獎勵的刊物會徵求是否建議獎勵);論文可讀性如何;長短是否合適-與論文重要性是否平衡;圖表是否必須，質量如何;有沒有忽略重要前人工作。
專業內容是評審者對論文中不正確或存有疑問的內容、表述方法、寫作缺陷等提出批評。沒有具體形式。
審稿結束，作者遲早會收到稿件評審意見和編輯的仲裁結果。一般有四種情況：接收(Accepted with or without minor revision);修改後可接收 (Conditional acceptance upon satisfactory revision);可以修改後再投;拒絕。
對第一種情況，作者會收到投遞最終稿的指南。現在，一般需要提供數字文件，按要求提供圖表。
對第二種情況，應按照評審意見修改論文。提出拒絕修改某些部分的理由。將修改部分單獨寫成報告提供給編輯。一般來說編輯比評審者更具同情心。因此，一般可以期望收到象第一種情況那樣的論文接收信。
對第三種情況，看看評審意見，這種決定一般是由於論文需要補充材料，編輯希望繼續修改提高。不要輕易放棄。修改後被接收的機會還是很大。對於高質量的雜誌，多數論文第一次投稿時都會被按這種情況退回來。作者應根據評審意見認真修改。當然也可以提出對某些部分不修改的理由。
若得到最後一種情況的答覆，應根據評審意見修改文稿，然後投往其它刊物。國外刊物的拒稿率高低不等，一般專業刊物拒稿率在30%以上。不妨投到拒稿率低些或引用率低些的刊物上。
明確願景的日落
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論文被接收後。按照提供印刷稿件要求投稿後。下一個回合就是收到印刷編輯寄回的校樣。校樣一般需要儘快寄還給印刷編輯。寄校樣時，出版商會要求填寫版權轉讓書(Transfer of Copy Right), 並告知支付版面費的辦法和訂購單行本的方法。
不少收版面費的刊物費用都挺高。如Journal of Geophysical Research, IEEE Transactions的系列刊物收費可以高達數千美元。必須有所準備。版面費一般可以用信用卡支付。對校樣要認真細讀，特別注意公式和圖表。
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