崖州灣規劃區範圍（依據多規合一開發邊界）東起南山，西至梅山，北靠馬鞍嶺，南臨南海海域，規劃範圍約69.25平方公里。本次規劃在全區346平方公里內考慮生態保育、全域旅遊、城鄉一體等相應的規劃內容。
1.發展願景
堅持“世界眼光、國際標準、中國特色、高點定位”，規劃將崖州灣建設成為陸海統籌、開放創新、產業繁榮、文化自信、綠色節能的崖州灣“南海新區”，爭創生態文明建設的新區範例。
2.功能定位
總體發展定位確定為“三城、三地、一古鎮”。“三城”指深海科技城、南繁科技城和大學城；“三地”指國家級的南海文化聖地、國家級的南海漁業基地和新興海洋產業基地；“一古鎮”指中國歷史文化名鎮；並承擔區域港口物流等城市服務職能，實現港城融合、產城融合、城鄉融合發展。
深海科技城
深海科技城依託南山港佈局在高速公路以南的濱海地段。以深海海洋科技產業為核心，以產業集群、人才集聚、土地使用節約、經濟效益明顯為總要求，集聚深海領域的科研、教育、產業等資源的現代化深海科技新城。
規劃三大功能區，南、北側佈局商務服務及生活配套區；西側臨近港口布局海洋實驗及港口服務區；東側佈局涉海科技及公共孵化平臺。
南繁科技城
南繁科技城佈局在高速公路北側，臨近南濱農場場部。以建設和培育南繁國家實驗室為核心，建成集科研、生產、銷售、科技交流、成果轉化為一體的服務全國的“南繁硅谷”。
南繁科技城以南繁科技產業及科研教育為核心規劃三大功能區，重點安排“一城一室八中心”：
北部為南繁國家實驗室與科技創新平臺（研發板塊），主要佈局南繁國家實驗室及關鍵技術中心、國際學術交流及培訓中心等；中部為南繁商務服務及科研生活保障區（公共板塊），主要佈局南繁管理機構辦公中心、數據中心、知識產權和信息服務中心、國家南繁博物館、生活配套、教育配套等；南部為南繁貿易檢驗檢疫及科技交流與展示區（產業板塊），主要佈局國際種子交易中心、總部基地、國際種業進出口檢驗檢疫中心、會展中心等。在紅塘灣臨空經濟區佈局全球動植物隔離檢疫區。
大學城
大學城佈局在深海科技城以西，寧遠河以東的濱海地段。聚集深海科技相關的教育創新資源，打造深海科技創新人才培養基地。
大學城規劃以涉海科教產業為核心，結合大學城主幹道形成十字軸線佈局公共配套區及研究生院；十字軸線東南側佈局一個完整大學園區；十字軸線東北側佈局生活配套區；十字軸線西南側佈局學術論壇中心。
國家級的南海文化聖地
以南山佛教文化為核心，以佛教文化觀光、佛教文化體驗、佛教衍生旅遊為主要功能的南海文化聖地。
國家級的南海漁業基地
以南海海洋漁業為核心，以海洋捕撈、水產養殖、風情漁村、漁港綜合服務為主要功能的南海漁業基地。
新興海洋產業基地
以新興海洋產業為核心，以海洋旅遊為支撐的特色融合發展地。
中國歷史文化名鎮
以崖州千年古城為核心，以觀光旅遊、文化旅遊、智慧旅遊為主要功能的中國歷史文化名鎮。
3.規劃結構
以“雙脈串聯、群山通海”為生態骨架，形成“三城、三地、一古鎮”的組團空間與“功能齊全、特色鮮明”的美麗鄉村網絡。
雙脈串聯、群山通海
以崖州古城、南山和梅山為支點的南海歷史文化脈絡；串聯崖州灣城鎮與腹地鄉村的生態文明城鄉脈絡;串聯崖州灣北側山體與南側海域的山海相連主題帶。
三城、三地、一古鎮
三城：“深海科技城、南繁科技城、大學城”三城融合共生的新城核心片區。
三地：產城融合服務區、南山組團、漁港-保港組團。
一古鎮：中國歷史文化名鎮——崖州古城。
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