一般而言，造成新生小猫死亡的原因不外乎下列几个原因：先天异常、营养问题（母猫和小猫）、出生体重过低、生产时或生产后的创伤、传染病等原因。
先天异常
先天异常指的是小猫出生时即可发现的异常状态（颚裂、头骨缺陷），大部分都是由于基因问题所引起。
有些先天异常会使得幼猫在生产时立刻死亡，或于两周内死亡。特别是那些包括中枢神经系统、心脏血管系统、呼吸系统的先天异常。
其他的先天异常可能知道小猫能完全自主行动时，才会表现出明显的症状（小肠或大肠发育不全、心脏畸形等）。
营养问题
喂食怀孕母猫不适当的食物，可能会造成小猫出生虚弱或带有疾病。近十年来被认为最严重的营养问题就是牛磺酸的缺乏。
如果怀孕的母猫牛磺酸摄入不足，会造成猫胎儿直接流产、死亡、及发育不良等问题。
引起小猫营养不良的问题还包括：母猫严重营养不良、胎儿期缺乏适当的母体血液供应及胎盘空间。
体重不足
小猫出生时体重不足往往会造成较高的幼猫死亡率。引起出生体重不足的原因跟前面提到的先天异常和母猫营养不良息息相关。
出生体重不足不仅有较高的死亡及早夭的可能性（6周龄内），并且可能引起某些小猫变成慢性发育不良，并在幼猫期内死亡。
因此小猫出生后需要称重记录体重，并定期测量，直到小猫满6周龄。
生产创伤
生产时或出生后5日内的幼猫死亡情况，大多与难产、食子癖或母性不良有关。食子癖大多发生于神经质或高度敏感的母猫。
但是母猫将生病的新生小猫吃掉却是常见情况，因为这样的食子行为是为了其他健康的小猫，避免他们受到生病小猫的传染，并减少无谓的照料及母乳消耗。
传染病
传染病在小猫早夭中占比极大，特别是断奶后期（5~12周龄）的细菌感染，这段期间的死亡大多数是因为呼吸道或胃肠道及膜腔的原发性感染。
一些健康的小猫在与细菌接触后，通常会表现出不显性感染，或者症状轻微而能自行痊愈；当出生环境不理想或者小猫本身具有不利因素时，一些疾病的传染就会变得较为严重。
当细菌感染超过小猫免疫系统所能抵御的程度时，便会形成新生儿败血症，而引起败血症的细菌都是一些普通常在菌。
病毒性的传染病比普通细菌对小猫来说更加致命。常见的病毒包括冠状病毒、疱疹病毒、卡里西病毒等。
这些病毒的传染途径和时间不能单一而论，就算母猫进行过完整的预防注射，新生小猫也可能因为
未及时吮吸初乳而得不到足够的移行抗体保护。其他因素
原虫及钩虫感染也可能引起小猫的早夭，过多的肠道寄生虫有害于小猫的生长；一般而言，单纯的外寄生虫感染（跳蚤、虱子）很难引起小猫的死亡。
统计学上研究，母猫第五次生产时的小猫存活率最高，第一次及第五次以后生产存活率最低。
中等体型母猫的小猫存活率比大型或小型母猫来得高，而只数为5只时早夭率最低。
小猫的繁育并不是一公一母两只猫咪生宝宝这么简单，除了繁育者要具备专业的繁殖经验，正规的繁殖也对母猫的营养补给和小猫出生环境的同样要求非常严格。
这也正是“后院猫”繁殖死亡率如此之高的原因。
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