一、傳統宗教的存廢和變革
1912年元月一日，中華民國在南京成立。以孫中山為臨時大總統的新的國家政權，不認為自己是受天命而來，所以成立時也不舉行告天禮儀，昊天上帝之下的神祇，自然也不能再享受國家的祭祀。中國境內的國家政權，從此拋棄了神祇保佑的靈光圈。
隨著天地等神祇祭祀被排除，為天地社稷祭祀提供理論基礎的儒經也遭到了厄運。中華民國教育部於1912年1月頒佈《普通教育暫行辦法》十四條，其中除廢止由清朝學部頒佈的教科書外，還規定：
小學讀經科，一律廢止。（《臨時政府公報》第4號）
隨著天地百神祭祀和讀經的被廢，孔廟及其祭祀也遭到了廢棄。《宗聖匯志》《孔教會雜誌》等，幾乎每期都有對孔廟被廢的憤懣和哀嘆。他們抨擊“舉國若狂”似的“毀拆聖廟”，致使“黌舍為駐兵之地，泮水為飲馬之池”，“荊棘弗剪，榛莽塞途”。或者“兵隊雜居，學生寄宿，甚或改作新劇團，演唱戲劇。或佔為女學校，曬晾穢汙，觸目傷心，令人垂涕。”
當年張之洞作《勸學篇》，建議各縣把十分之七的佛寺道觀改為學堂。康有為變法，建議把所有神廟都改為孔廟。目的在維護和加強儒教，特別是要加強孔廟在儒教中的分量。然而現在，不僅儒教自身的許多廟宇遭到了毀壞，孔廟也遭到了同樣的命運。
而他們主張拆毀的佛寺、道觀，甚至許多土地、龍王廟宇，因幸運而被保留的，卻有不少。佛教、道觀，雖然也遭遇了損失，但仍然保持著自己的存在。伊斯蘭教，也在自己的本民族中，進行著正常的宗教生活。清代的白蓮教、天地會等所謂邪教，則以會、道、門等形式，延續著它們的存在。
為了保住儒教，在中華民國成立後不久，1912年10月7日，康有為、張勳等人支持陳煥章、麥孟華等，在上海成立了孔教會總會，創辦《孔教會雜誌》。其宗旨是拜聖讀經，昌明孔教。1913年2月，康有為又創辦《不忍》雜誌，自任主編。4月，在《不忍》第三冊上，發表自著《以孔教為國教配天議》，主張定孔教為國教，“以神明聖王之孔子配上帝”，於冬至祭天壇時，享受祭祀。（《以孔教為國教配天議》）8月，孔教會第一屆國會上書，要求定孔教為國教。國會決議：“國民教育以孔子之道為修身大本”，沒有接受孔教會定國教的主張。
1913年6月，袁世凱通令尊崇孔聖，9月3日，經教育部批准，孔教會在國子監舉行祀孔典禮。1914年1月29日，代替國會的政治會議通過祭天、祀孔議案。9月25日，袁世凱發佈《大總統祭聖告令》，表示自己要率領百官，“舉行祀孔典禮”。 9月28日，袁世凱又親自到孔廟祭祀孔聖。但宣佈祭孔不是宗教。
1916年6月，袁世凱在反對復辟帝制的全國性浪潮中死去。8月，國會復會，康有為發表公開信，要求憲法草案更加明確地寫上“以孔教為國教”。然而這屆國會上廢除了憲法草案中“國民教育以孔子之道為修身大本”的條文。內務部長孫洪伊還宣佈，取消跪拜禮。復辟儒教的鬧劇也就最後收場。
中華民國誕生前十年，1902年，梁啟超發表《保教非所以尊孔論》，認為宗教“專指迷信信仰而言”，“以脫離塵世為目的”。孔子“子不語怪力亂神”，因而不是宗教家。所以儒教也不是宗教。
1907年，蔡元培到德國留學，學位論文《中國倫理學史》一書，認為從漢武帝開始，儒傢俱有了宗教的形式，儒家言也具有了宗教的性質。宋明理學，進一步把儒教變成了“普及之宗教”。1912年，蔡元培作為中華民國首任教育部長，認為“尊孔與信教自由相違”（蔡元培《對於教育方針之意見》）1916年，也就是國會重開、孔教會要求定孔教為國教的時候，蔡元培到北京，準備就任北大校長。
12月26日，在信教自由會所召開的會議上，發表演說，著重論述“宗教是宗教，孔子是孔子”，兩不相關”。“孔教”二字，不能成立。不能用孔子的學說建設宗教。1917年4月8日，蔡元培在北京神州學會發表演說，主張以美育代替宗教。
1915年9月15日，陳獨秀主編的《青年雜誌》（後改名《新青年》）創刊，1916年10月1日，陳獨秀髮表《駁康有為致總統總理書》，認為宗教實質“重在靈魂之救濟”，是“出世之宗”。孔教是“是教化之教，非宗教之教。”因為它是“入世之教”，“絕無宗教之實質”。
從此以後，孔教或儒教只是“教化之教”，而非“宗教之教”的的論斷日益深入人心，學者們也都以中國古代沒有宗教思想的統治而感到自豪。到二十世紀三十年代，孔教會也被中華民國命令改為孔學會，後來也遷居香港，成為“孔教學院”，延續著儒教的一線血脈。
儒教的主體被廢棄之後，儒教的一些部件或殘片還廣泛分佈在民間。這些部件和殘片曾經被康有為、張之洞等稱為淫祀而要求取締。
有關的壇廟，在中華民國時代更是進一步被改造成學校或充作其他公用。中華人民共和國成立以後，這樣的改造過程進行得更加徹底。民間對相關神祇的崇拜，往往是為了純粹的祈福、醫病，所以被稱為“迷信”。由於是封建時代的遺留，所以被稱為“封建迷信”。對於封建迷信行為，中華人民共和國各級政府主要採取教育方式，宣傳科學世界觀，勸告民眾拋棄舊觀念，舊風俗，相信並採用科學的方法，創造自己的幸福生活。
二、二十世紀二十年代的“非基督教運動”
義和團被鎮壓以後，基督教在中國的傳播採取了較為溫和的方式，因而獲得了較快的發展。而當基督教在中國獲得較快傳播的時候，各種科學的、無神論的思潮，還有馬克思列寧主義，也都先後傳入了中國。
在新思想的影響下，1919年7月１日，一批學者成立了“少年中國學會”。由於有人主張有宗教信仰者不得入會，甚至要求已經入會者出會，引發了關於宗教問題的大討論。討論進行了兩年，絕大多數人對宗教持批判態度，但不許有宗教信仰者入會的主張還是被否定了。
少年中國學會部分成員合影
1922年春天，“世界基督教學生同盟”決定在中國召開第十一屆代表大會，同時，一本圖文並茂、名為《中華歸主》的基督教著作出版。該書的英文名稱是《The Christian Occupation of China》，直譯是《基督教征服中國》。這兩件事，嚴重傷害了中國人民的民族感情，特別引起了先進知識分子的憤怒。
1922年2月，上海青年學生首先發起成立“非基督教學生同盟”，指責基督教會是帝國主義的侵略工具，並通電要求北京學生起來抵制。3月11日，北京成立“非宗教大同盟”，宣言宗教“束縛思想，摧殘個性，崇拜偶像”，與人類不能並立。此後不久，非基督教、非宗教運動深入到教育界。全國教育聯合會年會要求取締外國人在中國興辦教育事業，要求學校內不得傳佈宗教思想。
非基督教運動的參加者，有共產黨人，也有國民黨人，還有許多非黨派人士。其中包括李大釗、蔡元培等著名人物。非基督教運動持續了數年，使基督教在中國的傳教事業遭受了重大挫折。這次運動不再是以往教案中物質性衝突，而是純粹的思想運動。
這次運動也不是以傳統的儒教觀念抵制基督教，而是更為先進的思想武器，其中有無政府主義，有各種理性主義和自然科學觀念，也有馬克思主義。這是一次大規模的、中國思想界自發的統一行動，因而預示了中國以後思想發展的走向。基督教迅速發展的勢頭遭受了一定程度的遏制。
三、二十世紀四、五十年代的基督教三自愛國運動
基督教發展到近代，除了排斥異教之外，還有一個它認為不共戴天的敵人，就是共產主義。因此，在中國的基督徒經過抗戰以後的短暫發展時期，就迎來了中國人民解放戰爭的節節勝利。
這時候，外國傳教士開始實行所謂“撤退”計劃，在解放軍到達之前，大多數都離開了中國，只有極少數傳教士在解放以後才被驅逐。被驅逐的原因，往往與他們直接參與敵視和破壞中國人民的解放事業有關，有的甚至刺探解放軍情報，參與暗殺新政權領導者的特務活動。國外基督教和新的中華人民共和國處於敵對狀態。中國大陸的基督教徒，則面臨著新的抉擇。
以馬克思列寧主義為思想指導的中國共產黨，持徹底無神論的世界觀，這個世界觀和任何形式的有神論都處於根本對立的地位。但是，中國共產黨所領導的國家政權，在政治上，則忠實地宣佈並且執行宗教信仰自由的政策。
中華人民共和國建立以後，佛教、道教、伊斯蘭教都建立了自己的組織，成為重要的民眾團體和中國人民政治協商會議的重要成員，藏傳佛教的傳統制度，在中華人民共和國建立之後，還保留了相當長的時間。信仰自由的政策，得到了認真的貫徹。
外國傳教士許多不僅傲慢地對待中國政府和普通民眾，也傲慢地對待中國的信徒。但是中國信徒，雖然按照教義應該首先愛基督教的上帝，的確也有把自己置於中國之外的“上帝選民”。但是“祖國”這樣的觀念，對於任何國家的民眾都是不易消除的。對於儒教長期統治、特別強調忠孝之道、在近代又飽受帝國主義欺凌的中國信徒，消除心中的祖國觀念，就更加不易。
19世紀後期，不少教民就希望能夠擺脫國外的控制而獨立，中國基督教也形成了一些獨立的教派。隨著新文化運動的發展，非基督教運動思想的影響，抗日戰爭中和祖國人民的並肩戰鬥，中國教徒自辦教會的時機終於成熟。中華人民共和國成立不久，羅馬教廷一再發布“通諭”“命令”，指示中國教徒反對中國共產黨的領導，不參加人民政府組織或支持的各種活動，甚至圖謀顛覆新的政權。
羅馬教廷的干涉和控制雖然使國內至今還有一部分教徒表示對羅馬教廷效忠，參加了被稱為“地下教會”的“羅馬天主教中國教會”，但是自辦教會已經成為中國大陸基督教發展的新方向。首先是基督教新教成立了以“自治、自養、自傳”的“三自”革新方針為辦教原則的“中國基督教三自愛國運動委員會”，接著天主教也成立了以“三自”方針為基礎的“中國天主教愛國會”，作為中國基督教的全國性的組織機構。中國大陸基督教從根本上脫離了外國教會的控制。（未完待續）
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