一、传统宗教的存废和变革
1912年元月一日，中华民国在南京成立。以孙中山为临时大总统的新的国家政权，不认为自己是受天命而来，所以成立时也不举行告天礼仪，昊天上帝之下的神祇，自然也不能再享受国家的祭祀。中国境内的国家政权，从此抛弃了神祇保佑的灵光圈。
随着天地等神祇祭祀被排除，为天地社稷祭祀提供理论基础的儒经也遭到了厄运。中华民国教育部于1912年1月颁布《普通教育暂行办法》十四条，其中除废止由清朝学部颁布的教科书外，还规定：
小学读经科，一律废止。（《临时政府公报》第4号）
随着天地百神祭祀和读经的被废，孔庙及其祭祀也遭到了废弃。《宗圣汇志》《孔教会杂志》等，几乎每期都有对孔庙被废的愤懑和哀叹。他们抨击“举国若狂”似的“毁拆圣庙”，致使“黌舍为驻兵之地，泮水为饮马之池”，“荆棘弗剪，榛莽塞途”。或者“兵队杂居，学生寄宿，甚或改作新剧团，演唱戏剧。或占为女学校，晒晾秽污，触目伤心，令人垂涕。”
当年张之洞作《劝学篇》，建议各县把十分之七的佛寺道观改为学堂。康有为变法，建议把所有神庙都改为孔庙。目的在维护和加强儒教，特别是要加强孔庙在儒教中的分量。然而现在，不仅儒教自身的许多庙宇遭到了毁坏，孔庙也遭到了同样的命运。
而他们主张拆毁的佛寺、道观，甚至许多土地、龙王庙宇，因幸运而被保留的，却有不少。佛教、道观，虽然也遭遇了损失，但仍然保持着自己的存在。伊斯兰教，也在自己的本民族中，进行着正常的宗教生活。清代的白莲教、天地会等所谓邪教，则以会、道、门等形式，延续着它们的存在。
为了保住儒教，在中华民国成立后不久，1912年10月7日，康有为、张勋等人支持陈焕章、麦孟华等，在上海成立了孔教会总会，创办《孔教会杂志》。其宗旨是拜圣读经，昌明孔教。1913年2月，康有为又创办《不忍》杂志，自任主编。4月，在《不忍》第三册上，发表自著《以孔教为国教配天议》，主张定孔教为国教，“以神明圣王之孔子配上帝”，于冬至祭天坛时，享受祭祀。（《以孔教为国教配天议》）8月，孔教会第一届国会上书，要求定孔教为国教。国会决议：“国民教育以孔子之道为修身大本”，没有接受孔教会定国教的主张。
1913年6月，袁世凯通令尊崇孔圣，9月3日，经教育部批准，孔教会在国子监举行祀孔典礼。1914年1月29日，代替国会的政治会议通过祭天、祀孔议案。9月25日，袁世凯发布《大总统祭圣告令》，表示自己要率领百官，“举行祀孔典礼”。 9月28日，袁世凯又亲自到孔庙祭祀孔圣。但宣布祭孔不是宗教。
1916年6月，袁世凯在反对复辟帝制的全国性浪潮中死去。8月，国会复会，康有为发表公开信，要求宪法草案更加明确地写上“以孔教为国教”。然而这届国会上废除了宪法草案中“国民教育以孔子之道为修身大本”的条文。内务部长孙洪伊还宣布，取消跪拜礼。复辟儒教的闹剧也就最后收场。
中华民国诞生前十年，1902年，梁启超发表《保教非所以尊孔论》，认为宗教“专指迷信信仰而言”，“以脱离尘世为目的”。孔子“子不语怪力乱神”，因而不是宗教家。所以儒教也不是宗教。
1907年，蔡元培到德国留学，学位论文《中国伦理学史》一书，认为从汉武帝开始，儒家具有了宗教的形式，儒家言也具有了宗教的性质。宋明理学，进一步把儒教变成了“普及之宗教”。1912年，蔡元培作为中华民国首任教育部长，认为“尊孔与信教自由相违”（蔡元培《对于教育方针之意见》）1916年，也就是国会重开、孔教会要求定孔教为国教的时候，蔡元培到北京，准备就任北大校长。
12月26日，在信教自由会所召开的会议上，发表演说，着重论述“宗教是宗教，孔子是孔子”，两不相关”。“孔教”二字，不能成立。不能用孔子的学说建设宗教。1917年4月8日，蔡元培在北京神州学会发表演说，主张以美育代替宗教。
1915年9月15日，陈独秀主编的《青年杂志》（后改名《新青年》）创刊，1916年10月1日，陈独秀发表《驳康有为致总统总理书》，认为宗教实质“重在灵魂之救济”，是“出世之宗”。孔教是“是教化之教，非宗教之教。”因为它是“入世之教”，“绝无宗教之实质”。
从此以后，孔教或儒教只是“教化之教”，而非“宗教之教”的的论断日益深入人心，学者们也都以中国古代没有宗教思想的统治而感到自豪。到二十世纪三十年代，孔教会也被中华民国命令改为孔学会，后来也迁居香港，成为“孔教学院”，延续着儒教的一线血脉。
儒教的主体被废弃之后，儒教的一些部件或残片还广泛分布在民间。这些部件和残片曾经被康有为、张之洞等称为淫祀而要求取缔。
有关的坛庙，在中华民国时代更是进一步被改造成学校或充作其他公用。中华人民共和国成立以后，这样的改造过程进行得更加彻底。民间对相关神祇的崇拜，往往是为了纯粹的祈福、医病，所以被称为“迷信”。由于是封建时代的遗留，所以被称为“封建迷信”。对于封建迷信行为，中华人民共和国各级政府主要采取教育方式，宣传科学世界观，劝告民众抛弃旧观念，旧风俗，相信并采用科学的方法，创造自己的幸福生活。
二、二十世纪二十年代的“非基督教运动”
义和团被镇压以后，基督教在中国的传播采取了较为温和的方式，因而获得了较快的发展。而当基督教在中国获得较快传播的时候，各种科学的、无神论的思潮，还有马克思列宁主义，也都先后传入了中国。
在新思想的影响下，1919年7月１日，一批学者成立了“少年中国学会”。由于有人主张有宗教信仰者不得入会，甚至要求已经入会者出会，引发了关于宗教问题的大讨论。讨论进行了两年，绝大多数人对宗教持批判态度，但不许有宗教信仰者入会的主张还是被否定了。
少年中国学会部分成员合影
1922年春天，“世界基督教学生同盟”决定在中国召开第十一届代表大会，同时，一本图文并茂、名为《中华归主》的基督教著作出版。该书的英文名称是《The Christian Occupation of China》，直译是《基督教征服中国》。这两件事，严重伤害了中国人民的民族感情，特别引起了先进知识分子的愤怒。
1922年2月，上海青年学生首先发起成立“非基督教学生同盟”，指责基督教会是帝国主义的侵略工具，并通电要求北京学生起来抵制。3月11日，北京成立“非宗教大同盟”，宣言宗教“束缚思想，摧残个性，崇拜偶像”，与人类不能并立。此后不久，非基督教、非宗教运动深入到教育界。全国教育联合会年会要求取缔外国人在中国兴办教育事业，要求学校内不得传布宗教思想。
非基督教运动的参加者，有共产党人，也有国民党人，还有许多非党派人士。其中包括李大钊、蔡元培等著名人物。非基督教运动持续了数年，使基督教在中国的传教事业遭受了重大挫折。这次运动不再是以往教案中物质性冲突，而是纯粹的思想运动。
这次运动也不是以传统的儒教观念抵制基督教，而是更为先进的思想武器，其中有无政府主义，有各种理性主义和自然科学观念，也有马克思主义。这是一次大规模的、中国思想界自发的统一行动，因而预示了中国以后思想发展的走向。基督教迅速发展的势头遭受了一定程度的遏制。
三、二十世纪四、五十年代的基督教三自爱国运动
基督教发展到近代，除了排斥异教之外，还有一个它认为不共戴天的敌人，就是共产主义。因此，在中国的基督徒经过抗战以后的短暂发展时期，就迎来了中国人民解放战争的节节胜利。
这时候，外国传教士开始实行所谓“撤退”计划，在解放军到达之前，大多数都离开了中国，只有极少数传教士在解放以后才被驱逐。被驱逐的原因，往往与他们直接参与敌视和破坏中国人民的解放事业有关，有的甚至刺探解放军情报，参与暗杀新政权领导者的特务活动。国外基督教和新的中华人民共和国处于敌对状态。中国大陆的基督教徒，则面临着新的抉择。
以马克思列宁主义为思想指导的中国共产党，持彻底无神论的世界观，这个世界观和任何形式的有神论都处于根本对立的地位。但是，中国共产党所领导的国家政权，在政治上，则忠实地宣布并且执行宗教信仰自由的政策。
中华人民共和国建立以后，佛教、道教、伊斯兰教都建立了自己的组织，成为重要的民众团体和中国人民政治协商会议的重要成员，藏传佛教的传统制度，在中华人民共和国建立之后，还保留了相当长的时间。信仰自由的政策，得到了认真的贯彻。
外国传教士许多不仅傲慢地对待中国政府和普通民众，也傲慢地对待中国的信徒。但是中国信徒，虽然按照教义应该首先爱基督教的上帝，的确也有把自己置于中国之外的“上帝选民”。但是“祖国”这样的观念，对于任何国家的民众都是不易消除的。对于儒教长期统治、特别强调忠孝之道、在近代又饱受帝国主义欺凌的中国信徒，消除心中的祖国观念，就更加不易。
19世纪后期，不少教民就希望能够摆脱国外的控制而独立，中国基督教也形成了一些独立的教派。随着新文化运动的发展，非基督教运动思想的影响，抗日战争中和祖国人民的并肩战斗，中国教徒自办教会的时机终于成熟。中华人民共和国成立不久，罗马教廷一再发布“通谕”“命令”，指示中国教徒反对中国共产党的领导，不参加人民政府组织或支持的各种活动，甚至图谋颠覆新的政权。
罗马教廷的干涉和控制虽然使国内至今还有一部分教徒表示对罗马教廷效忠，参加了被称为“地下教会”的“罗马天主教中国教会”，但是自办教会已经成为中国大陆基督教发展的新方向。首先是基督教新教成立了以“自治、自养、自传”的“三自”革新方针为办教原则的“中国基督教三自爱国运动委员会”，接着天主教也成立了以“三自”方针为基础的“中国天主教爱国会”，作为中国基督教的全国性的组织机构。中国大陆基督教从根本上脱离了外国教会的控制。（未完待续）
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