董福祥和張俊力挺劉錦棠，一方面有感恩的因素，更重要的也體現了他倆的識人慧眼，愛才的美德。劉錦棠雖然年輕，但也的確是一位難得的帥才。這在他接替叔叔劉松山統領湘軍後，在以後圍剿河州、西寧、肅州的回民起義及收復新疆的戰役中，完全可以看出。他還是一個有情有義之人’與董、張“私相見，必以父執之禮尊之”。劉錦棠遇事必向董、張諮詢請教，董、張對劉亦是以統帥尊之，從不自傲。他們之間是榮辱與共、肝膽相照的知心朋友。從而，將帥團結一致，率領三湘子弟董字三營開始向甘肅回亂武裝首領馬化龍的大本營金積堡發起總攻。
由於清軍統帥劉松山的突然逝去，再加上糧道被回亂武裝阻截隔斷，清軍也陷入營中缺糧的境地，清軍的士氣受影響陷入低下狀態，緊接著接連幾次對回亂武裝的進攻都失利了。回民亂軍看準時機，乘機發動了反攻。回民亂軍一部分由馬正綱率領由寧州、正寧進入陝西三水，馬朝元也率部從金積堡出寧條梁（今陝西靖邊西），兩支隊伍在甘泉會合，東攻韓城、郃陽。與馬化龍有聯繫的河州、狄道回民亂軍也攻佔渭源，直逼鞏昌，使甘肅戰局為之一變。瞬間形勢變得對回民亂軍十分有利。左宗棠坐困平涼，受到清廷的“嚴旨斥責”。
此時左宗棠也是心情很沉重，前有清軍糧道被回亂軍截斷，後有手下第一戰將劉松山的死嚴重影響清軍士氣，朝廷裡一些競爭對手又處處作對刁難。同治八年（1869年）年末，在甘肅金積堡一帶，有兩千多回軍突破清軍防線，進入陝西，攻克定邊縣城之後到達榆林、延安，一些騎兵更深入到陝西關中地區，儘管這些回亂軍人數不多，但因為陝西許多縣份都有他們出沒，於是紛紛報警。清廷大驚，急令左宗棠和署陝西巡撫劉典立即部署兵力保障陝西安定，因為此時戰事只在甘肅進行，陝西已經屬於後方了。
就在這種情況下，第二年二月初九(1870年3月10日)，為左宗棠辦理西征糧臺的翰林院侍講學士袁保恆突然上奏，聲稱西北軍情緊急，陝西北部地區賊勢猖獗，左宗棠所部老湘軍、卓勝軍“飢疲之餘，現存不過十之五六”，陝甘戰場已經出現嚴重危機，建議清廷將這兩支軍隊裁撤歸併，以節省軍餉移作續調的淮、皖各軍之用。
更有意思的是，身為後勤人員的袁保恆，竟然在左宗棠毫不知情的情況下，私自從河南調來了軍隊，並且“後路亦將續至”，除了已經到達陝西的之外，還將源源不斷地開來，這其實都是清廷和李鴻章搞得鬼，袁保恆是原兵部尚書袁甲三的二公子，也是後來大名鼎鼎的袁世凱的叔叔，跟李鴻章有著非比尋常的淵源。
就在這種情況下，金積堡戰場發生了一件更大的變故：二月十五日（3月16日），左宗棠手下的第一號戰將老湘營統領劉松山在作戰時左胸中彈，當晚不治身亡。於是，陝西的一些官員在某些權勢者的慫恿下，更進一步向清廷告急，這類文書像雪片一樣朝北京飛去。在劉松山的殉國消息傳到北京後，北京城都震動了，慈禧太后和清廷大臣們對左宗棠的信心產生了動搖，甚至一至認為劉松山一死左宗棠根本沒有能力平定西北迴亂，清廷於是就有了別的打算。清廷在嚴厲斥責左宗棠的同時又下旨讓李鴻章率淮軍進入陝西平叛，當時，陝甘總督左宗棠對陝甘都有控制，1868年4月到1870年1月，左宗棠的老部下楚軍的“次帥”劉典任署理（代理）陝西巡撫，後被革職。二月二十六日（3月27日），清廷命令湖廣總督李鴻章赴陝西“督兵剿辦”。
在此時形勢對回亂武裝很有利，但是，由於回民亂軍缺乏統一的領導和指揮，各自行動，不能有效地協同配合，所以有利形勢逐漸喪失。相反，再次進入陝西的回民亂軍由於未能建立起可資依託的據點，在清軍和民團的圍追堵截下，被迫到處流動，有生力量遭到很大損失，最後又紛紛敗退進入甘肅。在金積堡地區，回民亂軍頭子馬化龍在孤立無援的情況下，同時為避免清軍屠城慘劇的發生，先後多次表示願意投降朝廷，但遭到左宗棠拒絕，因為左宗棠認為馬化龍絕對不可靠，反覆無常，而且屠殺漢族平民百姓百萬左右，不殺不足以平民憤，不殺會留後患，隨時都有再次作亂的可能。
馬化龍叛軍在軍事行動上，則是分兵四處出擊，基本都被清軍擊敗，幾次爭奪永寧洞水口均未得手，因而雖然控制了峽口，多次放水淹灌，都未能對清軍造成大的威脅。
清軍方面，左宗棠在經歷了短暫的混亂形勢後迅速調整好狀態，一面在很短時間內調集兵力截擊並擊潰殲滅了進入陝西的大部分回民軍，並奏調郭寶昌部進攻花馬池、定邊（清廷以山西河防吃緊，改調金運昌部前往），以打通金積堡東路糧道；另一面左宗棠當機立斷，迅速做出了決定：讓劉松山的侄子年僅二十六歲的劉錦棠接統老湘營，而早已身為提督，無論職務還是資歷都遠勝劉錦棠的黃萬友，卻只擔任了副手。左宗棠曾經去信安慰他，想給他做一點解釋工作，黃萬友卻回信表示：“左公豈意萬友怏怏不盡力耶，萬友雖武夫，大眾所稔聞，何至沾沾權力若此？”——難道您以為我會鬧情緒、不盡力嗎？萬友雖然是個粗人，可大家都知道，我絕不會對權力地位如此斤斤計較！
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