1853年3月19日，號稱兩百萬人的太平軍進攻南京城，但太平軍的實際人數遠不足200萬人，應該在50萬到70萬人左右，在這50萬到70萬人之中，還有大量太平軍的家眷與難民，實際能參加戰鬥的人應該在20到30萬人左右，而負責守備南京城的清軍才區區5000人，所以太平軍在城外並沒有收到大規模的抵抗，基本都是一些當地漢族士紳訓練的鄉勇、也可以稱他們為民兵，這些民兵並且沒有受過正規訓練，甚至有些民兵連武器都沒有，使用家中的扁擔進行戰鬥，所以太平軍很快的就來到了南京城下。
城中的5000守軍並不是幾十萬太平軍的對手，太平軍使用火炮將南京城炸開了很多的缺口，很快南京城防線全部崩潰，負責守備南京城的兩江總督陸建瀛被太平軍所殺，也有史料記載是自殺，太平軍雖然進入了南京城，但是卻沒有佔領整個南京城，因為南京的內城、又稱滿城還沒有被攻破，南京滿城是明太祖朱元璋時期修建的，極其堅固，滿城中有兩萬旗人防守。
太平軍多次已經攻上了城樓，但是都被瘋狂反撲的旗人打退，就連滿城中的婦女都拿著菜刀與太平軍拼殺，楊秀清發動的幾次強攻都被旗人打退了，太平軍的傷亡很大，但旗人畢竟是以寡敵眾，傷亡也不小，以跳大神、裝上帝而聞名的楊秀清認為強攻滿城傷亡太大，於是靈機一動，宣佈滿城中凡是投降的可以免死，投降可以免死，這對於正在做困獸之鬥的旗人誘惑力是極大的，很多的旗人對於是否繼續作戰產生了動搖，楊秀清抓住這個稍縱即逝的戰機，一鼓作氣攻下了滿城，但是楊秀清卻並沒有兌現他自己的諾言，因為天王洪秀全在攻入南京城時頒佈了《殺滿令》，洪秀全要求太平軍在南京城內對於旗人進行無差別屠殺，而且洪秀全為了動員群眾，還說有擒得旗人者，賞銀五兩。
老百姓們一聽說抓住旗人還能得到五兩銀子，於是立即與太平軍一道組成了捕殺旗人的戰鬥小組，在全城範圍內搜索躲藏、還未來得及逃跑的旗人，隨後在南京城內大量的旗人遭到了無差別屠殺，不論婦孺老幼，後來太平軍在南京城內設立了除妖壇，太平軍稱滿清是清妖，所以除妖壇當然就是對付滿人用的了，太平軍將還沒來得及殺的滿人捆綁起來推入除妖壇中，然後將他們活活燒死，洪秀全的《殺滿令》基本將南京城內的3萬多名的滿人全部殺光。
戰爭無疑是殘酷的，而最無辜的則是被屠殺的老百姓，此時滿城中被屠殺旗人與揚州十日、嘉定三屠時遇難的漢族百姓本質上是一樣的，他們都不幸成為了戰爭中被犧牲掉的附屬品。
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