潘雅靜
洪武三十一年，公元1398年明太祖朱元璋於南京病逝，皇太孫朱允炆繼位是為建文帝，朱允炆即位後為了鞏固自己的統治便開始對鎮守在各地的藩王實行了削藩，周王、代王、湘王、齊王、岷王相繼被廢，燕王朱棣出於各種考慮以“清君側”為名起兵，開啟了長達三年的“靖難”。
從當時的形勢來看，朱棣的封地正是對抗蒙古的最前沿，在朱棣“靖難”的三年時間中原大地打的不可開交，北方的防禦也相對減弱，可是丟失中原退居漠北的蒙古卻沒有趁虛而入，這究竟是為什麼呢？
我們首先來看一下蒙古丟失中原退居漠北後的狀態
1368年，明朝北伐大軍在徐達、常遇春等人的帶領下攻陷元大都即北京，元惠宗（元順帝）北逃，其政權仍舊使用“大元”國號，這段時期在歷史上被稱為“北元”。
此時的蒙古仍具有不俗的實力，屢次派兵侵犯明朝邊境，被朱元璋稱為當世奇男子的王保保(擴廓帖木兒)在漠北對抗明軍，盤踞在東北的納哈出，遠在雲南的元朝梁王把匝剌瓦爾密，都是明朝的心腹之患。
為此朱元璋經過多次戰爭終於在洪武二十年基本肅清國內的蒙古勢力。為了鞏固統治朱元璋隨即派大獎藍玉率兵十五萬深入漠北，準備徹底蕩平蒙古勢力。大將藍玉不負眾望在“捕魚兒海之戰”大破元軍，此戰之後北元國力大衰，基本上已經不具備對抗大明的實力。
下面我們再看看靖難三年中蒙古都在幹什麼
“捕魚兒海之戰”後元天帝次子地保奴、嬪妃公主一百二十三人、官員三千餘、人口七萬七千多、馬駝牛羊十五萬多頭均被明軍俘獲，“黃金家族”的統治已經搖搖欲墜，很多部落脫離中央汗國統治而獨立，蒙古也陷入了權力紛爭階段。
從1388年到1402年短短十五年時間蒙古草原走馬燈似的換了五位大汗，這些人大多死於非命，可見權力鬥爭的殘酷性，而此時蒙古已經放棄了“大元”的國號，從另一個方面也表明他們已經認清現實暫時放棄了爭奪中原的想法，或者說有心無力。
雖然大明北方的威脅不足為慮，但是在西方帖木兒帝國的創始人卻對大明虎視眈眈，當時的帖木兒帝國已經一統中亞和西亞地區，疆域遼闊國力強盛，在看到明朝國內“靖難”而導致的戰亂後，帖木兒組織了二十萬大軍準備對明朝發起東征，結果帖木兒死於途中，東征無功而返。
當然，朱棣發動“靖難”也是籌劃很久處心積慮，朱棣曾北上裹挾寧王參與“靖難”，將明初設置於東北西部的大寧衛係數南遷，兀良哈三衛（朵顏三衛）在靖難中也發揮了重要作用，歷史上就有朱棣為了“酬勞三衛”而放棄大寧衛的說法。
總體來說蒙古沒有在“靖難”期間抄朱棣的後路主要還是因為實力不足，而朱棣之所以能夠毅然決然的起兵南下也正是因為對於當時的形勢有著很好的判斷，做好了準備。
一點點歷史
1、靖難發生前夕蒙古是個什麼情況？
朱元璋在世時，通過藍玉的北伐，北元勢力被大大削弱，已經遠遁漠北。但朱元璋仍不放心，“朕有天下,胡虜遠遁久矣。然萌孽未殄，不可不防“，先後通過在邊塞設置衛所、招降故元知院捏怯來、遼王阿札失裡以及通過藩王戍守的方式，建立了一整套的防禦格局。
在洪武末期，明朝的北疆已經形成了遼王、谷王、代王、寧王、燕王五藩防禦蒙古的戰略格局。由於蒙古各部已經沒有實力大規模南下，所以主要以襲擾為主，目的也是為了獲取財貨，並沒有取而代之的野心和實力。
2、靖難發生時蒙古在做什麼？
上面已經提到，蒙古各部即使南下，也以掠奪財貨為主。那麼靖難發生時，蒙古部落有何動向呢？在燕王朱棣兼併寧王兵力發動靖難之役南下後，谷王、遼王、代王也奉詔還京，這個時候明朝的北疆是空虛的。
所以，蒙古各部也趁勢南下。據《明實錄》記載：“建文二年二月癸丑，謀報胡寇將侵邊，上遣書諭韃靼可汗坤帖木兒，並諭瓦刺王猛哥帖木兒等曉以禍福。”這裡的“上”可不是指建文帝，而是指朱棣。
也就是說，蒙古各部趁明朝內訌，南下襲擾，但朱棣通過懷柔手段（猜測可能送去了部分財貨），與蒙古各部遣使通好，化解了危機。
這裡就回答了題主提出的問題：“朱棣發動靖難之役，中原打的不可開交，蒙古為何不趁機南下？”答案是南下了，只不過被朱棣化解了。至於原因，上面已經說的很清楚了，蒙古各部實力有限，南下的目的僅僅是搶掠一些財貨，所以很容易被懷柔。
當靖難之役打了近4年後，蒙古部落中的韃靼、瓦剌和兀良哈才通過兼併其他部落，逐步強勢崛起，對明朝形成了事實上的威脅，但這個時候的明朝也已經完成了內部統一，並由朱棣統帥發起了北伐。
秦皇漢武
還是那句話，望多讀書、多思考，此類問題就會少很多。
提這種問題時，請不要只考慮一方的情況。當時的明朝看起來是內戰，有機可乘，但並非對外敵不管不問，這可與明朝之後幾百年的“抗日戰爭”兩相對照。尤其是，朱棣本身就是守邊抵禦蒙古的，他不可能隨便把自己的大本營讓給打了20多年的對手而不設防。
上面幾句，側重“多讀書”、看更多相關信息材料。再說幾句，就是側重“思考”了。你可以推理，既然明朝或者說“明國”內部都亂成一鍋粥了，怎麼從撤回蒙古本部以後30多年以來，基本沒斷過重返中原念頭的北元，沒有趁火打劫、從中漁利呢？如果能這麼多想一點，即使沒有第一點的“多讀書”、查閱資料，您也很可能會想到，“北元”國，可能比“明國”更亂。
漫卷詩書
關於這個問題，我個人認為，此時此刻的蒙古並非朱元璋時期的蒙古力量。朱元璋打天下時將蒙古力量早就趕回大漠深處了，再者朱棣駐防北京，就是防止蒙古力量騷擾大明朝。朱棣發動靖康之役早就防備他們了。因此蒙古沒有趁機攻打明朝。
譚論古今
蒙古人已經被朱元璋和燕王朱棣揍了幾十年。現在終於有了喘息的機會，可以不捱揍。沒有百分百機會的情況下，哪裡敢冒險來招惹朱棣。
難得浮生閒半日
朱元璋在登基前，趕走元朝統治者，之後又幾次派大將打到了蒙古境內，嚴重摧毀了蒙古人的戰鬥力，加上朱棣長期在北京對抗蒙古，發動靖難之役也防備了他們，所以蒙古人根本不敢南下，只能坐山觀虎鬥，趁朱棣叔侄你死我活之際好得漁翁之利。怎奈朱棣四年間便趕下了建文帝，做了皇帝，也沒有機會讓蒙古人東山再起。
黃嶽騰
朱棣奪位時候兩大蒙古集團在內訌。另外一個朵顏三衛當了僱傭軍在幫朱棣奪位呢。1399衛拉特部就對北元發動了叛亂。鬼力赤又政變立了個傀儡大汗坤帖木兒。1402年又將其殺死。然後自己做了蒙古大汗。因為鬼力赤不是黃金家族的人（其實鬼力赤可能是窩闊臺後裔），之後蒙古各部就圍繞著黃金家族和非黃金家族打來打去。隨便提一句清代有名的孝莊太后的博爾吉吉特家族就是孛兒只斤黃金家族。
青瓷雅居
彼時的蒙古已經不再是當年的縱橫歐亞蒙古鐵騎大殺四方了，已經被朱元璋殺的節節敗退退居大漠深處去了，可以說是比老家還遠，能夠自保休養生息已經算是夠了，哪裡還有功夫圖南？所以說是心有餘而力不足矣
選錯專業的理科生
蒙古人在大明朱元璋時代已經被打到捕魚兒海，漠北草原的蒙古人力量微弱。根本無力南下。
手機用戶53493117829
蒙古已經是夕陽西下，不復當年勇了。在洪武年代就被徐達、常遇春、藍玉等大將打的只零破散。可以說，這時的蒙古已經是一盤散沙，沒有出現一個力挽狂瀾的偉人來領導和組織了。所以，雖然大明朱棣在中原大戰，可是蒙古也無力南下了！
