潘雅静
洪武三十一年，公元1398年明太祖朱元璋于南京病逝，皇太孙朱允炆继位是为建文帝，朱允炆即位后为了巩固自己的统治便开始对镇守在各地的藩王实行了削藩，周王、代王、湘王、齐王、岷王相继被废，燕王朱棣出于各种考虑以“清君侧”为名起兵，开启了长达三年的“靖难”。
从当时的形势来看，朱棣的封地正是对抗蒙古的最前沿，在朱棣“靖难”的三年时间中原大地打的不可开交，北方的防御也相对减弱，可是丢失中原退居漠北的蒙古却没有趁虚而入，这究竟是为什么呢？
我们首先来看一下蒙古丢失中原退居漠北后的状态
1368年，明朝北伐大军在徐达、常遇春等人的带领下攻陷元大都即北京，元惠宗（元顺帝）北逃，其政权仍旧使用“大元”国号，这段时期在历史上被称为“北元”。
此时的蒙古仍具有不俗的实力，屡次派兵侵犯明朝边境，被朱元璋称为当世奇男子的王保保(扩廓帖木儿)在漠北对抗明军，盘踞在东北的纳哈出，远在云南的元朝梁王把匝剌瓦尔密，都是明朝的心腹之患。
为此朱元璋经过多次战争终于在洪武二十年基本肃清国内的蒙古势力。为了巩固统治朱元璋随即派大奖蓝玉率兵十五万深入漠北，准备彻底荡平蒙古势力。大将蓝玉不负众望在“捕鱼儿海之战”大破元军，此战之后北元国力大衰，基本上已经不具备对抗大明的实力。
下面我们再看看靖难三年中蒙古都在干什么
“捕鱼儿海之战”后元天帝次子地保奴、嫔妃公主一百二十三人、官员三千余、人口七万七千多、马驼牛羊十五万多头均被明军俘获，“黄金家族”的统治已经摇摇欲坠，很多部落脱离中央汗国统治而独立，蒙古也陷入了权力纷争阶段。
从1388年到1402年短短十五年时间蒙古草原走马灯似的换了五位大汗，这些人大多死于非命，可见权力斗争的残酷性，而此时蒙古已经放弃了“大元”的国号，从另一个方面也表明他们已经认清现实暂时放弃了争夺中原的想法，或者说有心无力。
虽然大明北方的威胁不足为虑，但是在西方帖木儿帝国的创始人却对大明虎视眈眈，当时的帖木儿帝国已经一统中亚和西亚地区，疆域辽阔国力强盛，在看到明朝国内“靖难”而导致的战乱后，帖木儿组织了二十万大军准备对明朝发起东征，结果帖木儿死于途中，东征无功而返。
当然，朱棣发动“靖难”也是筹划很久处心积虑，朱棣曾北上裹挟宁王参与“靖难”，将明初设置于东北西部的大宁卫系数南迁，兀良哈三卫（朵颜三卫）在靖难中也发挥了重要作用，历史上就有朱棣为了“酬劳三卫”而放弃大宁卫的说法。
总体来说蒙古没有在“靖难”期间抄朱棣的后路主要还是因为实力不足，而朱棣之所以能够毅然决然的起兵南下也正是因为对于当时的形势有着很好的判断，做好了准备。
一点点历史
1、靖难发生前夕蒙古是个什么情况？
朱元璋在世时，通过蓝玉的北伐，北元势力被大大削弱，已经远遁漠北。但朱元璋仍不放心，“朕有天下,胡虏远遁久矣。然萌孽未殄，不可不防“，先后通过在边塞设置卫所、招降故元知院捏怯来、辽王阿札失里以及通过藩王戍守的方式，建立了一整套的防御格局。
在洪武末期，明朝的北疆已经形成了辽王、谷王、代王、宁王、燕王五藩防御蒙古的战略格局。由于蒙古各部已经没有实力大规模南下，所以主要以袭扰为主，目的也是为了获取财货，并没有取而代之的野心和实力。
2、靖难发生时蒙古在做什么？
上面已经提到，蒙古各部即使南下，也以掠夺财货为主。那么靖难发生时，蒙古部落有何动向呢？在燕王朱棣兼并宁王兵力发动靖难之役南下后，谷王、辽王、代王也奉诏还京，这个时候明朝的北疆是空虚的。
所以，蒙古各部也趁势南下。据《明实录》记载：“建文二年二月癸丑，谋报胡寇将侵边，上遣书谕鞑靼可汗坤帖木儿，并谕瓦刺王猛哥帖木儿等晓以祸福。”这里的“上”可不是指建文帝，而是指朱棣。
也就是说，蒙古各部趁明朝内讧，南下袭扰，但朱棣通过怀柔手段（猜测可能送去了部分财货），与蒙古各部遣使通好，化解了危机。
这里就回答了题主提出的问题：“朱棣发动靖难之役，中原打的不可开交，蒙古为何不趁机南下？”答案是南下了，只不过被朱棣化解了。至于原因，上面已经说的很清楚了，蒙古各部实力有限，南下的目的仅仅是抢掠一些财货，所以很容易被怀柔。
当靖难之役打了近4年后，蒙古部落中的鞑靼、瓦剌和兀良哈才通过兼并其他部落，逐步强势崛起，对明朝形成了事实上的威胁，但这个时候的明朝也已经完成了内部统一，并由朱棣统帅发起了北伐。
秦皇汉武
还是那句话，望多读书、多思考，此类问题就会少很多。
提这种问题时，请不要只考虑一方的情况。当时的明朝看起来是内战，有机可乘，但并非对外敌不管不问，这可与明朝之后几百年的“抗日战争”两相对照。尤其是，朱棣本身就是守边抵御蒙古的，他不可能随便把自己的大本营让给打了20多年的对手而不设防。
上面几句，侧重“多读书”、看更多相关信息材料。再说几句，就是侧重“思考”了。你可以推理，既然明朝或者说“明国”内部都乱成一锅粥了，怎么从撤回蒙古本部以后30多年以来，基本没断过重返中原念头的北元，没有趁火打劫、从中渔利呢？如果能这么多想一点，即使没有第一点的“多读书”、查阅资料，您也很可能会想到，“北元”国，可能比“明国”更乱。
漫卷诗书
关于这个问题，我个人认为，此时此刻的蒙古并非朱元璋时期的蒙古力量。朱元璋打天下时将蒙古力量早就赶回大漠深处了，再者朱棣驻防北京，就是防止蒙古力量骚扰大明朝。朱棣发动靖康之役早就防备他们了。因此蒙古没有趁机攻打明朝。
谭论古今
蒙古人已经被朱元璋和燕王朱棣揍了几十年。现在终于有了喘息的机会，可以不挨揍。没有百分百机会的情况下，哪里敢冒险来招惹朱棣。
难得浮生闲半日
朱元璋在登基前，赶走元朝统治者，之后又几次派大将打到了蒙古境内，严重摧毁了蒙古人的战斗力，加上朱棣长期在北京对抗蒙古，发动靖难之役也防备了他们，所以蒙古人根本不敢南下，只能坐山观虎斗，趁朱棣叔侄你死我活之际好得渔翁之利。怎奈朱棣四年间便赶下了建文帝，做了皇帝，也没有机会让蒙古人东山再起。
黄岳腾
朱棣夺位时候两大蒙古集团在内讧。另外一个朵颜三卫当了雇佣军在帮朱棣夺位呢。1399卫拉特部就对北元发动了叛乱。鬼力赤又政变立了个傀儡大汗坤帖木儿。1402年又将其杀死。然后自己做了蒙古大汗。因为鬼力赤不是黄金家族的人（其实鬼力赤可能是窝阔台后裔），之后蒙古各部就围绕着黄金家族和非黄金家族打来打去。随便提一句清代有名的孝庄太后的博尔吉吉特家族就是孛儿只斤黄金家族。
青瓷雅居
彼时的蒙古已经不再是当年的纵横欧亚蒙古铁骑大杀四方了，已经被朱元璋杀的节节败退退居大漠深处去了，可以说是比老家还远，能够自保休养生息已经算是够了，哪里还有功夫图南？所以说是心有余而力不足矣
选错专业的理科生
蒙古人在大明朱元璋时代已经被打到捕鱼儿海，漠北草原的蒙古人力量微弱。根本无力南下。
手机用户53493117829
蒙古已经是夕阳西下，不复当年勇了。在洪武年代就被徐达、常遇春、蓝玉等大将打的只零破散。可以说，这时的蒙古已经是一盘散沙，没有出现一个力挽狂澜的伟人来领导和组织了。所以，虽然大明朱棣在中原大战，可是蒙古也无力南下了！
