黄少刚
这个我觉得有以下几方面原因：
1、索额图辅佐的是太子，是未来的皇上；明珠党争帮的是大阿哥。而皇太子在康熙心中乃是至宝，谁把太子带坏了，就弄死谁。
历史记载太子的老师徐元梦只会读书不会骑射，一次随陪康熙和太子射箭，被康熙一顿训斥，而他辩解几句，康熙闻听勃然大怒，立即命人将徐元梦按住，当着皇子们的面，一顿板子，打成重伤，史载“且走且打，所过处血皆遍地”。这鞋劣迹不算，康熙还下令抄了徐元梦的家，而且要把徐元梦的父母发配到黑龙江去。可见康熙对胤礽的重视，凡是给他的都是最好的，给不了他最好的人就打他，更何况像索额图这种带坏了他的人就更应该弄死。
而大阿哥虽是长子，但在古代的庶长子，就是嫡子的奴仆，自然而然他的人平时不用那么重视，他被带坏了，也就算了，反正庶长子多的是。
我记得有个故事说的一个末代皇帝说的，国家亡了，你们可以做下一个朝代的臣子，而我是皇帝唯有死路一条。而党争也就是这样吧，帮着其他皇子，大不了以后就不做官了，而帮着皇太子的人一旦失败必死无疑吧。
2、跟两个人的性格有关系，《清史稿·列传五十六》中有一段这样的记载，“索额图生而贵盛，性倨肆，有不附己者显斥之，於朝士独亲李光地。明珠则务谦和，轻财好施，以招来新进，异己者以阴谋陷之，与徐乾学等相结。索额图善事皇太子，而明珠反之，朝士有侍皇太子者，皆阴斥去。荐汤斌傅皇太子，即以倾斌。”
就是说索额图，生的富贵权利很盛，这个人傲慢无礼很放肆，有不附和他的人就明显排斥，而明珠这个人和谦和，好善乐施，用来招揽朝中新贵，不会表面上跟你过不去，都是用阴谋排斥异己。说明索额图得罪的人很多，希望他死的人也很多，而明珠应该朝中人缘不错吧。
我在写了一篇文章《侍卫明珠遇上康熙大帝，如何职场投机一跃成为宰辅》
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3、两个人对康熙大老板的态度不一样
明珠善于看风向拍领导马屁，事事都顺着康熙，康熙喜欢读书学习，明珠就广纳贤士，家里面有藏书楼，藏有很多善本，他儿子纳兰性德和纳兰奎叙都是一代大家，深得康熙喜欢。
康熙想撤藩，明珠宁愿跟大多数朝臣站在反立面也要全力支持。康熙说收复台湾，明珠就撸起袖子加油干。
而索额图是索尼的儿子，在早期捉拿鳌拜中有功。后来就不得了了失控了，为了太子党的利益，是反对撤藩的。
不管这党那党，跟大老板过不去就得成为去世党，如果你是大老板即使再喜欢二老板，你会不会弄死他这个不听自己话的心腹？
4、两个人倒台的时间节点不一样
康熙二十七年的时候，明珠被弹劾，紧接着倒台，康熙把他发往侍卫处酌情留用，他的倒台很大的说辞是结党营私、买官卖官、贪污受贿，其实有很大一种说法就是康熙为胤礽即位扫清明珠这个障碍。别忘了在封建社会，康熙不就是最大的官位贩子、贪污贩子吗？所以这些罪名在康熙严重是可以原谅的。
而康熙四十二年，在太子渐渐失去康熙的信任后索额图倒台，后数年后康熙说，“索额图助允礽潜谋大事，朕知其情，将索额图处死。今允礽欲为索额图报仇，令朕戒慎不宁。”帮着儿子反老子，这个罪名是不可以被原谅的了，所以，弄死索额图没说的。
石诗史事
明珠的罪名是“朋党”，索额图是“结党妄行，议论国事”（康熙钦定），罪名不同，下场当然不同。
明珠和索额图虽然都是满人出身，但出身不同，注定轨迹不同。明珠在发迹之前家庭已经败落，所以他的成功可以看做是个人天赋和后天努力的成功，尤其在削藩问题上，明珠态度坚决，旗帜鲜明的支持刚刚亲政不久的康熙，而明珠淡薄的家事背景又不会牵扯太多裙带关系，容易施恩，易于控制，所以康熙既需要明珠，明珠也符合康熙当时的需求，由此奠定此后数年的相位，后期的明珠虽然价值下降，但地位高耸，可以用来制衡朝堂，依旧有利用价值。
索额图的父亲是索尼，他本人更是孝诚仁皇后的三叔，太子的叔外祖父，世袭一等公，这就注定他比明珠走的容易，当然也不能否定索额图对于清廷的贡献，擒鳌拜，平葛尔丹索额图都是有功劳的，但索额图的忠心更加复杂，他不但要考虑自己，还要考虑家族千秋万代的荣宠，所以他在为康熙办事的同时，想的更多，想的更远。
但这恰恰是最危险的地方！
但凡大有为之君，都忌讳大臣提前站队，索额图的身份注定他要站队，不幸的是，他赶上了中国历史上最波云诡异的夺嫡大战，九子夺嫡，更不幸的，他的外孙子不争气，一把好牌打的稀烂，索额图站错队了！
错了就的死！
侄女婿康熙更是希望通过处死索额图这只鸡给那些不安分的猴子大臣们提个醒，权力还在我手里，你们小心点，别瞎站队。所以索额图更是非死不可了！
明珠的失势可以看做是鸟尽弓藏，失去了利用价值，皇帝对他贪污腐败的罪行不再容忍，但基于他的贡献和危害性，给他善终。
索额图的罪行已经动摇了国本，所以纵然有大功有亲戚关系，康熙也不会放过他，不但自己被圈禁而死。两个儿子也被牵连致死，还背上了“本朝第一罪人”的恶名，永世不得翻身。
一切都是权力惹的祸！
日慕乡关
“天要平，杀老明；天要安，杀索三”貌似纳兰明珠和索额图都是一路货色，但同样参与朋党之争和九子夺嫡的下场却迥然不同，这点确实令人奇怪。
朝中大员很少有不结党的，或明或暗而已，有政治上的对手，就会有政治上的袍泽。谁还没个朋友。这些康熙都懂，别出圈就行。
明珠不是大爷党么，也参与的党争，他咋没死哩？
没错，可是胤褆智商偏低，过早的被圈禁，失去了政治舞台上继续表演的机会，这对纳兰明珠来说可能也是好事吧，而索额图就没那么幸运了。
先看活活被饿死的索额图：
一句话就够了，挑拨胤礽和康熙的父子关系，教唆胤礽造反······胤礽的老师都是康熙钦点的，唯一能教太子这些东西的也只有索额图了，教坏了康熙最喜欢的儿子，教坏了未来的大清皇权继承者，仅仅弄死他就非常给索尼面子了。
康熙：“索额图诚本朝第一罪人也”。啥意思？从语气和态度上来说，康熙对索额图恨到家了！
相比之下，纳兰明珠还算好点，起码胤褆想亲手解决胤礽，还当着康熙的面请示，这种没脑子的事情，康熙知道，绝不是明珠教的，明珠傻不到那种程度，不用猜就知道，完全是胤褆本性使然。退一万步讲，即便教坏了，皇位也没有庶长子啥事，但胤礽可不同。明珠最后被拿下的借口也就是诸如卖官啦，结党营私啦，等等，这些康熙早就知道。最后的结果仅仅算是狠狠敲打了一下，已经法外开恩了，并且虽然康熙对明珠不复重用，毕竟还是又给他官复原职，还要怎样，明珠真该谢恩才是。
明珠的事情，索额图的事情，康熙明察秋毫，不是不办，而是等双方都作死做到头了再说，其实何尝不是给二人机会呢，可惜，谁都没报握住。
古今通史
首先要说这两人相同点，都是满洲亲贵，属于自己人，这也是获得康熙信任的基础。明珠为人八面玲珑，处事老道圆滑，能力强，是康熙能用的干才，他敛财不蓄财，纳贿所得全都慷慨施惠予同僚部属，广结善缘，这也是明党人马众多的一个因素。康熙重用明珠也是制衡索党的手段。索额图是太子外戚，早早就卷入皇储争斗，犯了康熙大忌，作为政敌明珠洞若观火，出于唇亡齿寒之心，明珠也曾暗示过索额图，索额图自恃身份显要反而更加敌视明珠。后来为警告索额图收敛，康熙先整治了明珠，意在打击朋党，索额图依然不知收敛，终于惹来大祸。而明珠在打击索党过程中有功，康熙就此放过明珠。整个过程其实比凌解放的小说要精彩复杂的多，内中曲折多有反转，是康熙帝王权术的淋漓发挥
泼水大帝
索额图是清初四大辅臣的索尼的儿子，是皇后赫舍里的叔叔，在辅佐康熙的过程中都立下了汗马功劳。在朝廷中大有权势，后来甚至结成了太子党，威胁到皇权。被皇帝下令拘禁。
那兰明珠是叶赫部族人，说起来还是爱新觉罗氏的仇人，但康熙不避前嫌重用了他，让他感激涕零。明珠还是个很有才的人，把政务处理得井井有条，在撤藩大事上力主撤藩，与皇帝保持一致，后组成长子党与索额图抗衡，因贪污受贿被皇帝撤职。
他们两人下场不同是因为索额图是触犯了皇权，对这种事任何朝代都不会手软。
