1862年9月，湘軍與太平軍在雨花臺激戰，曾國藩憂心忡忡。不料，歸曾國藩下轄的江西巡撫沈葆楨宣佈截留漕折四萬兩，用於本省軍隊。
這讓曾國藩大出意外。
沈葆楨是林則徐的女婿，曾經進入曾國藩的幕府。他防守江西廣信有功，曾國藩保舉其為道員。1860年曾國藩出任兩江總督，第二年又破格舉薦其出任江西巡撫，讓他為湘軍提供軍餉。
曾國藩故居
但是，沈葆楨想要建立自己的功業，沒有和曾國藩協商基於建立本省軍隊，並每個月截留四萬兩漕折這種恩將仇報的舉動，讓曾國藩很生氣。曾國藩的幕僚群情激奮，勸曾國藩馬上參奏。但是，沈葆楨是他自己提拔起來的官員，他覺得這樣不好看，因此選擇了隱忍。
1864年2月底，湘軍正在對南京圍城，南京城下的湘軍達到10萬，每月需餉至少50萬兩，但收入沒有超過24萬兩，各軍欠餉嚴重。曾國藩四處求援。正在此時，沈葆楨再次上奏朝廷，奏請將江西20全省萬兩厘金完全歸本省使用，不再提供給曾國藩。
曾國藩大怒，立即上奏反擊，點明這可能導致湘軍譁變。另外，他歷數沈葆楨的錯謬之處。作為兩江總督和截止江西等四省的欽差大臣，江西歸自己管轄，對於江西的各種財稅，本來有權提用。
但是，朝廷偏袒了沈葆楨，判定江西的這20萬兩一家一半。但是，又擔心湘軍譁變，幾天後發來公文，將李泰國購買輪船的50萬兩撥給了曾國藩。
曾國藩和沈葆楨的關係自此破裂。
沈葆楨塑像
朝廷偏袒沈葆楨，顯然有其內在的邏輯。自滿人進關建立政權以來，一直恪守滿漢之分，對漢族大臣控制性使用。在太平軍興起之前，很少有漢族大臣掌握重要職務，也很少有漢族大臣擔任軍中要職。無論是1840年的鴉片戰爭，還是太平軍興起之後，滿族統治集團已經無人可用。啟用曾國藩的湘軍及其他漢族官員平定太平軍，乃是不得已而為之。
從滿族統治者角度而言，由於滿族人本身在數量上很少，加上其不斷腐化，其軍隊戰鬥力已經很差。以致太平軍起事，沒有多長時間就迅速壯大。從治術來說，滿族統治者顯然更希望看到漢族士人四分五裂，便於其分而治之。如果漢族士人團結一心，必然會讓滿族統治者寢食難安。
因此，沈葆楨對曾國藩恩將仇報，為朝廷所樂見。其時曾國藩手握湘軍，雖然沒有完全平定太平軍，但清廷顯然很擔心湘軍壯大之後造反。此時滿族已經衰敗墮落，一旦漢族武裝和士人團結起來興兵造反，清廷顯然難以抵抗。
正是因為和沈葆楨的爭執，使得曾國藩洞悉了滿族統治者的心理。湘軍攻佔金陵一個月，曾國藩就開始下令裁撤湘軍。顯然，曾國藩此舉贏得了慈禧的信任。
曾國藩平定太平軍，並和其他大臣一起發起了洋務運動，使得清朝在政治和軍事上緩過了一口氣。而洋務運動也讓人看到了一點點振興的希望。但是，君主專制的痼疾積弊太深，以曾國藩的才幹，依然無法拯救一個王朝的衰敗。正如他的幕僚趙烈文1867年預料的那樣，不出50年，清朝就走向了滅亡。
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