新中國成立之時，大陸上軍事戰線的鬥爭依然激烈，秘密戰線的鬥爭也同樣激烈。在軍事戰線捷報頻傳的同時，秘密戰線也大獲全勝。
建國初打擊敵特
協助公開戰場
當時秘密戰線在戰場上的對決主要反映在蔣軍主力集中的西北和西南。
秘密戰線的主要任務就是協助進攻中的解放軍儘快突破蔣軍防線，消滅繼續頑抗的敵軍。西北戰場。1947年秋，我黨西北地下情報網遭到破壞，大批情報人員被捕。但我黨很快又建立起了新的地下組織，其中比較重要的一個情報小組就建立在胡宗南所部的電訊機要部門。從1949年2月起，這個情報小組用胡宗南所屬部隊的三部電臺同西柏坡聯絡，很多情報甚至直接送到了彭德懷、習仲勳等西北戰場領導人的手裡。
1949年7月10日至14日，我第一野戰軍進行了“扶郿戰役”，先以一個軍的兵力，從胡馬聯軍結合部穿插迂迴到敵軍背後，形成合圍後，發起全線總攻。這個小組在戰役打響後，利用所控電臺主要做了兩件事：一是把胡宗南下達的作戰命令先發給西柏坡，然後再想方設法拖上幾個小時再發給胡宗南所部；二是有意干擾與馬家軍的電訊聯絡，使得馬家軍無法增援。此役一舉殲滅胡宗南部4個軍，完全解放了關中，為解放大西北和進軍大西南奠定了堅實基礎。
西南戰場。劉鄧指揮的第二野戰軍在解放大西南時，得到了中國農工民主黨黨員、時任國民黨西南軍政長官公署代理中將參謀長劉宗寬在暗中的大力協助。
南京國民政府被迫從廣州遷逃重慶後，企圖依靠盤踞西南地區的胡宗南集團為主力，憑藉西南地區的險要地勢，與人民解放軍長期作戰。如戰局不利則可退向西康和雲南或逃往國外，依靠外援，東山再起。蔣介石在制定其防禦戰略時認為，川東地形複雜，路途艱險，不利於大兵團行動，解放軍選擇此處入川的可能性不大。川北的陝西和甘肅是中國共產黨的老根據地，交通比川東發達，補給方便，解放軍極大可能由陝南和甘南入川。於是，他親自調兵遣將，在川北集結重兵。不料第二野戰軍恰恰隱蔽地從湘西、鄂西、黔北蔣軍兵力空虛的川東處入川，直逼重慶，使得蔣介石措手不及。
誘導蔣介石對防禦方向作出錯誤判斷的就是劉宗寬。他作為制定戰略的參謀長主要做了三件事情：一是誘導戰略錯誤。他在戰略構想時斷言解放軍必學三國時的鄧艾，由陝入川，因此建議把防禦重點由川東移向川北，加強對防禦川北的胡宗南部的支持。這一建議正中胡宗南下懷，因此得到其大力支持，從而順利得到蔣介石的首肯。二是暗留“後門”。川東防禦也是劉宗寬部署的。從圖紙上看，也有許多部隊，其實都是沒有戰鬥力的散兵遊勇。二野主力正是按劉宗寬的設計與建議，從這裡未受阻擋就進入川東後直插重慶的。三是干擾蔣軍從川北迴防。他利用職權使蔣軍主力羅廣文部在川東與川北間疲於奔命，尚不及喘氣就被擊潰。尤其在重慶即將解放的最後時刻，幫助解放軍贏得了時間。當時蔣介石調集800輛汽車接胡宗南主力南下保衛重慶。劉宗寬得知此事後，立即安排二野情報人員持西南軍政長官公署護照，化裝成國民黨軍官通過重重防線，順利將情報送達二野前線指揮部。解放軍得報後立即加快進軍速度，使胡宗南的第一軍剛運到重慶，尚未及展開和佈防，就被完全擊潰。
對劉宗寬的貢獻，劉伯承作了高度評價，讚揚他是“解放西南第一功臣”。
策動起義
人民解放軍在渡江戰役後作戰的基本原則，就是運用毛澤東確定的天津、北平、綏遠三種方式解決戰鬥。首先就是決不放過一切機會和可能用北平方式爭取和平解放。
為此，中共中央在1948年專門作出決定，責成中情部主管對敵策動起義工作。這樣，策動蔣軍起義，尤其在新中國建立前後整地區整建制地策動起義就成為當時的重頭戲。在這些起義中比較著名的有：國民黨湖南省政府主席程潛和國民黨第一兵團司令陳明仁起義，國民黨西康省政府主席、川康邊防總指揮劉文輝及國民黨西南長官公署副長官鄧錫侯、潘文華起義、“兩航”起義和國民黨雲南省政府主席、雲南綏靖公署主任盧漢起義。程潛、陳明仁起義。程潛在國民黨中資格老，又是當時長沙的主要負責人。陳明仁則直接掌握著長沙的守軍。從1948年下半年起，中共湖南省工委、中共上海情報系統和中共華中局社會部就不斷派人做程、陳二人的爭取工作，並卓有成效。有意思的是，程、陳二人對起義有兩大顧慮：一是擔心不能得到諒解，希望得到毛澤東的文字保證；二是與前線的第四野戰軍素無交往，擔心長沙解放時受到人格侮辱。為此，華中局社會部專門派員，攜帶毛澤東致程潛的電報和林彪給程、陳二人的親筆信赴長沙，才最後打消了他倆的疑慮，於1949年8月4日通電起義。
中共中央對這次策動成功的經驗極為重視，轉發各中央局、中央分局和各野戰軍前委，供他們對“殘餘敵人”進行爭取工作時參考。
劉文輝等人起義。劉文輝等是國民黨四川地方實力派的高級將領，曾經積極堵截過紅軍的長征，但在抗戰期間又與中共中央有了聯繫，對中國共產黨及其軍隊有了一定的認識。經過多年的交往和爭取，雙方已經有了一定的基礎。從新中國成立之時起，中共中央加緊了對劉文輝的爭取。1949年10月18日，劉文輝終於發電請示周恩來，該如何配合解放軍的入川行動。李克農在收電上批示：1，拒絕胡宗南部入川；2，積極配合解放軍作戰；3，保護國家資產；4，經常供給情報。10月21日，周恩來覆電劉文輝，內容與李克農的批示大致相同。
11月間，解放軍對四川之敵實行大迂迴、大包圍，對劉文輝等人所部形成強大的軍事壓力。12月9日，劉文輝等人宣佈起義。朱德特地致電，歡迎他們參加人民陣營。
這次起義打亂了蔣介石“川西決戰”的部署，關閉了胡宗南集團退往康、滇的大門。
盧漢起義。盧漢起義是中共中央、中共南方局、中共華南局、尤其是中共雲南地下黨長期進行統一戰線的結果。1949年2月下旬，盧漢派與中共有聯繫的民主人士到中共中央香港分局遞交了他致毛澤東、朱德的信，表示反蔣的決心。5月11日，中共中央要求盧漢派全權代表直接到北平同中國人民解放軍總部談判。同年7月21日，毛澤東對爭取盧漢起義作出指示，指出盧漢如能於解放軍進入雲南時舉行起義，宣佈反帝、反封建、反蔣的立場，雲南問題可以和平解決，盧漢所部可以編為人民解放軍。1949年12月8日，中央軍委發出進軍雲南的命令。12月9日，接到中共中央指示的盧漢通電全國，宣佈脫離國民黨反動派，服從中央人民政府。
盧漢起義中最為精彩的一招是軟禁反動派將領。當日，時任國民黨中央常委、總統資政的張群飛抵昆明，打算安撫盧漢，以穩定雲南局勢，守住雲南這塊“反共基地”。盧漢乘機軟禁張群，並利用張群的名義召集中央軍的兩名軍長、憲兵司令、空軍司令以及軍統雲南站站長等握有實權的重要頭目開會以“商討反共復國基地建設大計”而加以軟禁，同時還接管了國民黨駐滇的各種機構。西南各地隨後也紛紛響應起義。
12月11日，毛澤東與朱德聯名，致電盧漢，指出盧漢率部起義“加速西南解放戰爭之進展，必為全國人民所歡迎。現我第二野戰軍劉伯承司令員、鄧小平政治委員已進駐重慶，為便於解決雲南問題，即盼與重慶直接聯絡，接受劉鄧兩將軍指揮。”同時指示盧漢準備迎接解放軍進駐，執行約法八章和劉、鄧發佈的四項公告，肅反鎮反，與雲南人民武裝建立聯繫等。盧漢覆電表示完全接受，並切實執行。西南重鎮昆明與西南地區就此和平解放。
此外，1949年11月發生的“兩航”(指國民黨政府的“中國航空公司”和“中央航空公司”)起義也產生了重大的連鎖反應，使得國民黨政府的駐港機構大批起義。
解放戰爭共消滅蔣軍800餘萬，其中四分之一約180萬和平起義，對瓦解蔣軍起了重要作用。
摧毀潛伏特務網
新中國成立時最出蔣介石意外的，恐怕就是國民黨在大陸精心佈置潛伏的龐大特務網迅速土崩瓦解。這和盧漢的起義有直接的關係。
盧漢在起義前之所以能夠成功誘捕國民黨在昆明的不少關鍵人物，是因為在發出的會議通知單上蓋了張群的私章。作為交換，盧漢在起義的第二天就把張群送去了香港，還他以自由。
軍統雲南站長兼雲南綏靖公署保防少將處長沈醉在接到當晚去盧漢家中開會的通知後，頗感擔心。但剛到昆明佈置潛伏任務的西南區區長兼西南長官公署第二處少將處長徐遠舉搶過通知一看，忙說:“沒錯，這是張群常用的圖章。這一下你可放心去開會了。”有了上司這樣一句話，沈醉就只能前往，結果做了俘虜。
沈醉被扣後在擁護盧漢起義的通電上籤了名，還檢舉了當日正途經昆明準備飛臺灣的徐遠舉、西南區副區長兼重慶衛戍總部稽查少將處長周養浩、保密局經理處少將處長郭旭和總務處少將處長成希超，使他們被盧漢扣押。此外，還有一批中統系統和軍事情報系統國防部二廳的關鍵人物也同時被捕。
這些人都是國民黨特務機構的關鍵骨幹，共20餘人。審訊的結果，不但弄清楚了國民黨政權在潰逃臺灣前夕所制定的“四大計劃”，還基本掌握了三大特務系統在大陸潛伏的特務網絡。這些極其重要的情報被迅速送達有關部門，在最短的時間內，大批特務、尤其是各級特務組織的負責人紛紛落網，使得眾多特務組織頓作鳥獸散，破壞力也大為降低。到1949年底，大陸上只有38個特務組織與臺灣還有電報聯繫。這就迫使臺灣的保密局不得不新派遣大批特務以加強對大陸的破壞。但由於失去了組織系統的支持和掩護，這些派遣特務也很快束手就擒。可見國民黨潛伏在大陸上的龐大特務系統，在新中國成立後不久就已經分崩離析，至於在隨即開展的大肅反中就更是無處藏身。此外，大陸上數以百萬計的政治土匪也因為失去了國民黨特務骨幹的指揮、聯絡和供給，變得人心渙散而不堪一擊，在短時間內也土崩瓦解。
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