康熙末年以来，青海新疆等地蒙古诸部时有叛乱，因此清廷在西北地区部署重兵。军务，也就成为康熙末年以来头等大事。
由于前线敌情瞬息万变，北京与前线又路途遥远，按照惯例处理军务，不仅效率低下指挥不灵，甚至可能事机不密导致军机外泄。
由于内阁在外廷的太和门外，此时就显出诸多不便与缺点；因此，雍正七年在隆宗门内，乾清门右侧西墙根的一排小房子处设立了军机房，从内阁大学士中选择谨慎低调者入值，专门处理紧急军务。到雍正十年，又改成“办理军机处”。到乾隆年间又省去“办理”俩字儿，单称军机处。
军机处的职官大约可以分为两种：军机大臣和军机章京，前者俗称“大军机”，后者俗称“小军机”。前者由内阁大学士、各部尚书和侍郎中选拔，也有从军机章京中升任的。
军机处的编制也没有定额，军机大臣最初时仅有三人，后来政事日繁，军机大臣也逐渐增多，到清末竟然一度达到十一人之多；军机章京最初也是如此，直到嘉庆年间，才确定为满汉章京各十六人。
通常来说，军机大臣每日清晨五六点就要入宫，首先将各地官员发来的奏折送到皇帝处，由皇帝决定奏折中的事情应当如何办理。
皇帝一面说，军机大臣一面将其拟成谕旨，交给皇帝过目，之后皇帝若有觉得需要修改之处，再以朱批改定。最后将谕旨下发给相关衙门处理。
这之后，军机大臣还要回到自己本来的衙门中处理公务。倘若赶上公事繁忙之际，军机大臣一日要进宫数次，从早到晚不得休息。
军机章京是军机大臣的助手，有的时候，军机大臣根据皇帝意见草拟的谕旨并不亲自动手，而是交由军机章京处理，之后再由军机大臣略作修改，交由皇帝最终决定。
军机处所处理的奏折，按例也要由军机章京抄录副本归档，三年编修一次；此外，军机章京还要负责军机处的值班记录，称为“随手档”，方略馆纂修方略时，军机章京也要帮忙处理。
军机处严禁闲杂人等随意进出。在军机处门外有面铁牌，上面是乾隆御书的圣旨：奉天承运，皇帝制曰：凡王公贵胄文武百官并内宫人等，擅入军机处者，格杀勿论。
军机处的成立，使内阁变成了办理日常例行事务的机构，而失去了处理机要军国大政的权利。而军机处则成为实质上的最高行政机构。
尽管如此，军机处在形式上却非国家正式机构，类似于今天的领导小组，办公室之类。它的办事地点不称为衙门而称为“值房”。
这种形式和实质上的断裂，削弱了官僚阶层的权力，而使得皇权空前加强。因为军机大臣在军机处的出入办事，均无现成律例可循，只能听从皇帝随心所欲的调遣安排，奉旨办事，宛如皇上的专职秘书。
这样一来，像六部这样原来的正式国家机构就失去了自主办公的权力，由于皇帝的上谕由军机处直接下传，不经六部，所以六部已经没有权力直接向下发布命令，就失去了其原本作为管理机关的职能，而成为单纯执行皇帝意旨的机构。只有皇帝能够乾纲独断。
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