蒙古帝國在窩闊臺和貴由兩位大汗的統治時期，把中亞地區的管理權力委託當地穆斯林商人，察合臺汗國依靠當地的勢力來進行統治。
察合臺汗國前期，遵守成吉思汗制定的《扎撒大典》，一視同仁對待各種宗教，沒有強制推行宗教欺壓政策。
不過，察合臺汗國的蒙古人依舊過著遊牧的生活，固守蒙古遊牧生活的風俗習慣和宗教信仰，因此佛教在中亞呈現出復興的態勢。
隨著時間的流逝，察合臺汗國的蒙古人生活在伊斯蘭洪流中，逐漸受到影響。
但是，蒙古人改信伊斯蘭教還是有風險的，即便身為汗王也是如此，除非你的實力足夠強大。
1264年，木八剌沙汗改信伊斯蘭教，蒙古帝國忽必烈汗大為不高興，就任命不信伊斯蘭教的八剌為察合臺汗。
八剌登上汗位後，沒過幾年就轉軌了，當他1270在布哈拉皈依伊斯蘭教後，很快就被下毒害死。
這段時間裡的，察合臺汗王要治理人數眾多的伊斯蘭臣民，但是不能宣佈自己改信伊斯蘭教，否者就要被信奉多神教的遊牧部落拋棄，遭到被殺或者被廢的命運。
第9代察合臺汗——都哇，是一個頗有軍事能力的主。他經常這邊剛率軍洗劫印度，一回來就參與海都（窩闊臺汗嫡孫）對元朝的戰爭。
海都病死後，都哇贏得元朝成宗鐵木耳的支持，收復祖先察合臺的封地，還兼併窩闊臺後裔的封地，一時間察合臺汗國有興盛之象。
可惜，都哇死後發生汗位繼承危機，以也先不花、怯伯弟兄倆為代表，王室內部分裂成兩派。
也先不花身邊聚集的是要過傳統蒙古遊牧生活的貴族，而怯伯身邊聚集的是要求過定居生活的貴族。
1320年代，怯伯帶人在那色波建都，並和一部分蒙古貴族皈依了伊斯蘭教，積極親近當地宗教階層、封建貴族，
建立“西察合臺汗國
”。
而也先不花為代表的貴族，就跑到阿里麻城設立牙帳，
建立“東察合臺汗國”，又叫“蒙兀斯坦”
。後來，也先不花的兒子圖古魯克帖木兒皈依伊斯蘭教，並強迫其他人皈依。
1362年，“東察合臺汗國”利用“西察合臺汗國”的動亂，派兵征服之，
察合臺汗國再次統一。
第二年，圖古魯克帖木兒離世，察合臺汗國又陷入混亂之中，未來中亞霸主帖木兒開始登上歷史舞臺。
蒙古人西征中亞和波斯，在不到200年的時間裡，全部為伊斯蘭文化同化。
察合臺汗國完成伊斯蘭化後，政教並立的色彩很顯著。汗國的政權獨立於宗教，但又緊緊依靠伊斯蘭教。
察合臺汗國依舊以蒙古習慣法的《扎撒大典》來判斷事物，但是有關教法的案件就交由卡迪裁決。
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