益生菌，又稱為益生素、微生態製劑或活菌製劑。指有利於維持腸道內的微生態平衡的微生物及其代謝產物，其可通過進入並定植於宿主的消化道，促進腸道有益微生物的繁殖，抑制有害微生物生長，調節宿生腸道菌群平衡，從而改善宿主的健康。
益生菌對宿主的作用屬於生物修復的範疇，因此，益生菌應具備以下條件：
（1）必須對宿主無害；
（2）被宿主攝入後，可定植於消化道內併發揮作用；
（3）在人工感染的實驗中，必須能提高宿主的抵抗力。
1益生菌的作用機理
1、分泌作用：通過分泌細菌素、胞外酶等物質，抑制或殺滅有害細菌。
2、競爭作用：通過分泌抑制性物質，競爭營養物質，競爭宿主的定植位點或通過競爭排斥的原理，抑制有害細菌的生長繁殖；
3、提高水產動物的免疫力：通過提高抗體水平和巨噬細胞的活動，激活機體體液和細胞免疫系統從而提升宿主的免疫能力。
4、淨化改良水環境：通過直接或間接的分解和利用養殖水體中的有機物質，減少氨氮、亞硝酸鹽的含量，抑制有害細菌滋生，改善水體環境，促進水產動物的健康生長。
益生菌在水產養殖中的應用水產動物生活在水環境中，其體內微生物組成除了受自身機體內在因素的影響，還易隨著來自外界環境與食物中的微生物入侵而發生改變。為了有效地對水產動物疾病的進行防治，可以採用外界添加益生菌的手段實現改善水產動物生存的環境，平衡體內的微生物群落的組成，增強水產動物對病原菌的抵抗能力，提高養殖成功率的目的。
在水產養殖過程中，益生菌常作為生長促進劑、免疫促進劑、治療劑、水質改良劑進行實際應用，根據菌種不同來區分，常用的益生菌有光合細菌、芽孢桿菌、乳酸菌、酵母菌、蛭弧菌、硝化細菌等。
1、光合細菌
光合細菌，屬於厭氧或兼性厭氧性的光能異養菌。在光照條件下，光合細菌能利用小分子有機物合成自身生長繁殖所需要的各種養分，增加水體溶氧，還能利用水環境中的氨氮、硝酸鹽、亞硝酸鹽等合成有機氮化物，淨化水質；在缺氧條件下，光合細菌對硫化氫、酸性物質等均有一定的分解作用。此外，光合細菌可以產生抗病毒因子等生物活性物質，具有獨特的抗病、促生長功能，大大提高了水產動物的生產性能的優點。
使用注意事項：
（1）光合細菌製劑多為液態，使用時無需活化，應選在晴天上午使用，低溫及陰雨天不宜使用；
（2）水肥或水質惡化時，宜使用光合細菌分解有機汙染物，改善水體環境；水瘦時要先施肥再使用光合細菌；
（3）由於酸性水體不利於光合細菌生長，使用光合細菌前應先潑灑適量生石灰調節水體pH至6.0-8.0。
2、芽孢桿菌
芽孢桿菌，是一種可形成芽孢的好氧革蘭氏陽性菌，具有耐酸、耐鹽、耐高溫、快速復活和可分泌多種能降解有機物的酶類（蛋白酶、澱粉酶、脂肪酶）等特點，不僅能有效抑制宿主腸道有害病菌生長，提高機體抗病能力，還可能直接利用水體中的硝酸鹽和亞硝酸鹽，分解池底有機物，降低養殖水體富營養化程度，優化水體環境。常見的有枯草芽孢桿菌、地衣芽孢桿菌、短小芽孢桿菌等。
使用注意事項：
（1）芽孢桿菌是好氧性細菌，應在晴天使用，潑灑時必須開啟增氧機，增加溶氧，使其在水體繁殖迅速形成種群優勢；
（2）芽孢桿菌製劑多為粉狀產品，以休眠孢子的形式存在，使用前必須打氧發酵6-8小時進行活化、增殖，提高芽孢桿菌的使用效率。
3、乳酸菌
乳酸菌，屬於厭氧或兼性厭氧菌，能夠分解碳水化合物，主要代謝產物為乳酸，可降低腸道pH，抑制腸道不耐酸厭氧病原菌繁殖，維持腸道微生態平衡，還可合成短鏈脂肪酸和B族維生素，中和毒性產物，抑制氨和胺的合成，增強機體免疫力.
使用注意事項：
（1）乳酸菌使用時可用紅糖水活化增殖，提高乳酸菌使用效率；
（2）使用乳酸菌拌料應間歇性進行，長期連續使用易導致蝦腸道酸度過高，腸壁變薄，影響飼料消化吸收。
4、酵母菌
酵母菌，是一種單細胞真菌，屬於兼性厭氧菌，在有氧的情況下，它把糖分解成二氧化碳和水且酵母菌生長較快。在缺乏氧氣時，發酵型的酵母通過將糖類轉化成為二氧化碳和乙醇（俗稱酒精）來獲取能量。酵母菌適宜生長在多糖偏酸環境中，體內富含蛋白質和多種B族維生素，不耐熱。酵母及其培養物可有效地改善胃腸內環境和菌群結構，促進營養質消化吸收，抑制病原菌繁殖，提高機體抗病能力，提高水產動物品質，是一種綠色飼料添加劑。
使用注意事項：
（1）酵母菌適宜在偏酸水體中生長，使用前應先調節水體pH；
（2）酵母菌在有氧的情況下生長較快，應選晴天上午使用，且開動增氧機，增加水體溶氧。
5、蛭弧菌
蛭弧菌，是一類非常微小的寄生型革蘭氏陰性細菌，主要通過粘附、攻擊、侵染、裂解其他細菌的方式使自身得以生長繁殖，有類似噬菌體的作用。其能夠裂解大多數科，屬革蘭氏陰性細菌，並對許多的致病菌都有良好的裂解活性。目前分離的噬菌蛭弧菌菌株對pH、溫度等環境因子的要求並不嚴格，其噬菌條件範圍一般為pH6.5-8.6和4℃-37℃。
使用注意事項：
蛭弧菌生長、侵染及裂解有害細菌的過程通常為3-7天，因此，蛭弧菌的使用應做好計劃，提前5-10天使用，有效發揮其抑菌效果。
6、硝化細菌
硝化細菌，是指利用氨或亞硝酸鹽作為主要能源以及能利用二氧化碳作為主要碳源的細菌，屬於化能自養型細菌，可分為亞硝化細菌和硝化細菌兩大類群。硝化細菌在氮的循環中將亞硝酸鹽轉化為硝酸鹽而被藻類利用，從而起到淨化水質的作用。
使用注意事項：
（1）硝化細菌製劑多為液態產品，使用時無需活化、擴培，直接稀釋潑灑即可；
（2）硝化細菌的繁殖速度較慢，潑灑後4-5天才可見明顯效果，應提前5-7天施用，
（3）硝化作用是耗氧的過程，使用硝化細菌時應開動增氧機，增加水體溶氧量，但是，硝化細菌不可與氧化性較強的化學增氧劑（如過碳酸鈉、過氧鈣等。）同時使用。
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