《內經》是一部比較成熟的經典著作。《內經》的理論原則幾千年來一直指導著臨床實踐，中醫學理論雖然在實踐中不斷得到發展，但許多帶根本性的醫學觀點，仍然是在《內經》理論基礎上發展起來的。《內經》雖然篇幅浩繁，文理深奧，但其中心思想，都是圍繞著如何保持人體動態平衡的問題。這一思想並貫串在《內經》全書基礎理論和診療方法等方面。茲引證《內經》有關原文，分別闡述如下：
一、理論基礎
陰陽五行學說，雖然是古代哲學中兩種不同的理論體系，但滲透到醫學之後，便成為具有醫學特點的理論原則。醫學中的陰陽五行學說，突出地說明了人體保持動態平衡的重要性。這種平衡理論，是指一種動的相對的平衡，與哲學上的機械平衡論是不同的。要保持人體相對平衡，首先就必須明確人體相互對立的兩個方面。相互對立的兩個方面要保持動的平衡，就必然存在著相互依存的關係。由於動態平衡，動是絕對的，靜是相對的，在動的過程中，當然會引起變化，而這種變化，是包括從量變到質變的。這些理論，《內經》已有較為完備的敘述。如：
人體相互對立的兩個方面：《內經》所謂“外為陽，內為陰”，“背為陽，腹為陰”，“髒者為陰，腑者為陽”等皆是。事物之分為陰陽屬性是相當普遍的，如“男女”“氣血”可以分陰陽，“左右”為陰陽之通路，“水火”為陰陽之兆徵，都是從相互對立的兩個方面來區分為陰陽的。這種方法可以用來分析人體一切生理病理變化，所以說：“陰陽者，數之可十，推之可百……其在人者，亦數之可數”。
人體相互對立的兩個方面的相互依存關係：《內經》謂：“陰在內，陽之守也；陽在外，陰之使也”。“陰者，藏情而起亟也；陽者，衛外而為固也”。“陰陽之要，陽密乃固，……陰平陽秘，精神乃治，陰陽離決，精氣乃絕”。說明了人體相互對立的兩個方面不是孤立的，而是必須保持正常的相互依存關係，才能保持動態平衡。
事物的運動變化是永恆的，人也是在永恆運動的情況下保持平衡的。“夫物之生從於化，物之極由乎變，變化之相簿，成敗之所由也。……成敗倚伏生乎動，動而不已，則變作矣”。“出入廢則神機化滅，升降息則氣立孤危。故非出入則無以生長壯老已，非升降則無以生長化收藏，是以升降出入，無器不有”。這說明人體的運動變化是永恆不息的，而升降出入則是陰陽運動的表現形式。所以說“陰陽者……變化之父母，生殺之本始。”陰陽變化的過程是：“陰靜陽躁，陽生陰長，陽殺陰藏”。陰陽變化的結果，出現“重陰必陽，重陽必陰”的質量互變現象，就是所謂物極則反之理。臨床上對陰證轉陽，陽證轉陰兩證的認識，也就是根據這種理論分析出來的。
為了闡明人與自然及人體各臟腑組織之間的複雜變化關係，《內經》運用五行“五位相合”的類比方法，把“在天”“在地”“在人”的紛紜萬象結合起來。並根據五行的“生剋制化”、“乘侮勝復”的規律，推論其間的平衡協調關係。主要還是說明如何保持人體動態平衡的問題。
人與自然及人體各臟腑組織之間的五位相合：“東方生風，風生木，木生酸，酸生肝，肝生筋……在色為蒼，在音為角，在聲為呼，在變動為握……在志為怒。”（其他四行從略）生，是相互聯繫的意思，通過五位相合的普遍聯繫，可以聯繫到五方、五氣、五味、五臟、五體、五色、五音、五聲、五變、五志等各個方面。所謂“道生智、玄生神妙，就是人類認識了自然界普遍聯繫的道理，產生了知識（包括醫學知識），並把其中奧妙的道理加以推演，進而把自然變化與人類變化聯繫起來。
人體各方面彼此間的平衡協調關係：在正常情況下，“有餘而往，不足隨之，不足而往，有餘隨之”，就是指人體的自我調節，也就是人的適應本能。人體某一方面有所偏勝，通過這種自身調節能相互抵消，就可恢復平衡，所以說：“勝至則復”，“衰乃止耳”。但是人體這種平衡，只是相對的，所以“復已而勝，不復則害”。這就充分說明了五位的平衡協調，是指一種動的相對的平衡。如果這種平衡關係遭到破壞，發生病變，“氣有餘，則制已所勝而侮所不勝；其不及，則已所不勝侮而乘之，已所勝輕而侮之”。所以，臨床上出現相剋、反克的病變現象，都可根據生克乘侮的理論分析判斷其病屬於何髒及與何腑有關，從而採取有效的平衡協調。一般的方法是：“相火之下，水氣承之；水位之下，土氣承之；土位之下，風氣承之；風位之下，金氣承之，金位之下，火氣承之；君火之下，陰精承之”。承，就是制約的意思，制約，也就是平衡協調的手段。所謂“亢則害，承乃制，制則生化”，就是說某一髒氣偏亢，通過平衡協調，就可恢復正常的生理活動。
五臟病的傳變，可以傳受於我所生之髒，“受氣於其所生”；也可傳之於我所克之髒，“傳之於其所勝”；病勢中止是取得生我的母氣之助，“氣舍於其所生”；本髒既病又受他髒剋制，故“死於其所不勝”。醫者的責任，就在於能觀察分析病人五臟陰陽的盈虛消長情況，及時採取平衡協調的方法，以免發展傳變為逆行之死症。
如上所述，可以充分看出，以陰陽五行學說為基礎的平衡理論，也就是《內經》的理論基礎。
二、生理功能
中醫生理，包括人體臟腑的生理功能、分工合作及功能與物質的生化關係等內容。
臟腑的生理功能是有明確分工的，前人認為臟腑的分工就是各個臟腑的職守，並把各個臟腑比喻為封建制度下的官職。如心稱為“君主之官”，肺稱為“相傅之官”肝稱為“將軍之官”，膽稱為“中正之官”，膻中稱為“臣使之官”，脾胃稱為“倉廩之官”，大腸稱為“傳導之官”，小腸稱為“受盛之官”，腎稱為“作強之官”，三焦稱為“決瀆之官”，膀胱稱為“州都之官”。把臟腑比喻為官職，並以此賅括各腑的生理功能，實屬言簡意賅。所以各髒功能失常，又稱為“失職”。臟腑既有分工，又有合作，才能保持整體的平衡協調。
人體經絡的作用是聯繫臟腑，溝通內外。其循行規律是陰昇陽降，陽經行外，陰經行內，陽經屬腑絡髒，陰經屬髒絡腑。其循行程序是：“氣從太陰（肺）出→注手陽明（大腸） →上行注足陽明（胃） →與太陰（脾）合，注心中，合手太陽（小腸） →合足太陽（膀胱），注足少陰（腎） →注心外→合手少陽（三焦），注膽，上行至肝→從肝上注肺”人體只有保持“營在脈中，衛在脈外，營周不休……陰陽相貫，如環無端”才能維護陰陽升降出入運動的正常狀態。
人體內臟根據各自的性能不同，又分為臟腑兩大類。“五臟者，藏精氣而不瀉也，故滿而不能實”。“藏於陰而象於地也。”因為五臟都需要飲食的精微不斷供應，才能保持各髒的正常生理功能，好象土地需要不斷地灌溉才能生育萬物一樣。“六腑者，傳化物而不藏，故實而不能滿也。”“其氣象天”。因為飲食經過腐熟、轉輸之後，必須排洩糟粕，人不可一日不進飲食，也不可不排洩糟粕，故傳化物就好象天體的運行不息。《內經》謂“食入於胃，散精於肝，淫氣於筋……濁氣歸心，淫精於脈。”“飲入於胃，遊溢精氣，上輸於脾，脾氣散精，上歸於肺”。就是指藏精氣的具體內容；所謂“脾、胃、大腸、小腸、三焦、膀胱者，倉廩之本，營之居也，名日器，能化糟粕，轉味而入出者也”。就是指傳化物的具體內容。只有不斷藏精氣，才能保持正常的精氣上升；也只有按時傳化物，才能使濁氣下降。後世醫家所謂“升清降濁”，也是與臟腑藏瀉功能有關的，《內經》明顯指出脾胃為實現臟腑藏瀉功能的重要臟器。李東垣的脾胃為清濁升降樞紐的理論，即基於此。臟腑藏瀉功能失常，脾胃清濁升降紊亂，臨床上常出現清陽下陷，濁陰上逆的病理變態。屬於清陽下陷者，治療當補氣昇陽，以補中益氣湯為主方，屬於濁陰上逆者，治療當除痰降濁，以溫膽湯為主方。這種升清、降濁的治療方法，也就是調節人體上下的陰陽平衡。
中醫所謂“氣化”、“化生”，就是指各髒生理功能與營養物質的轉化關係，人體原始動力藏於腎，稱為真氣。真氣需要後天飲食精微不斷供養，腎有所貯藏，才能濡養各髒，才能保持各髒功能的正常活動。“真氣者，所受於天，與谷氣並而充身也”。“五味入口，藏於胃以養五臟氣”。就是指真氣與五臟之氣的相互化生關係。人體營養物質靠後天飲食供應，靠脾胃的腐熟、轉輸功能，所以脾胃也是功能與物質轉化的關鍵臟器。“味歸形，形歸氣，氣歸精，精歸化……化生精，氣生形”。是指飲食經過脾的運化功能轉化為精微的營養物質以充實形休臟腑的過程，只有營養物質不斷供應，才能保持各髒的功能活動，當然也包括脾的運化功能活動。
飲食精微化生營衛、氣血、津液，營運全身。營為水谷之精氣，能入於脈，“故循脈上下，貫五臟，絡六腑也。”衛為水谷之悍氣，不能入脈，“故循皮膚之中，分肉之間，燻於肓膜，散於胸腹”。積於胸中之氣稱為宗氣，“其下者，注於氣街，其匕者，走於息道”。血亦由中焦取汁變化而成，“肝受血而能視，足受血而能步，掌受血而能握，指受血而能攝”津液雖多互稱，亦有區別，“腠理髮洩，汗出溱溱，是謂津。”“淖澤注於骨，骨屬屈伸，洩澤，補益腦髓，皮膚潤澤，是謂液”，可見營衛、氣血、津液都來源於後天飲食所化生的精微，只不過因形質、輸布的部位及作用不同而異其名。正由於脾胃是功能與物質轉化的關鍵臟器，因脾的運化失職，氣血化生之源不足，產生心脾兩虛之證，常用方如歸脾養心湯、人參養營湯之類，除補益氣血外，都注意到抓住補脾這一環節。正由於營衛、氣血、津液的作用有不同，發生病變，處理方法也不一樣。如“營氣順行，衛氣逆行”，稱為營衛和諧。風邪外感，證見自汗，肢節痛，惡風發熱，稱為營衛不和。桂枝湯用姜、桂、芍，二散一斂，棗、草補脾和中，故稱調和營衛之方。宗氣由於上走息道，下注氣街，故發為咳喘胸痺諸證，寬膈降氣不效，則當補腎納氣。血、津、液三者雖皆屬陰，如這些方面有所虧損，因血虛而兩目昏暗，手足活動不利，則當以四物湯養血為主；因津傷而舌燥喉幹，枯燥無汗，則當以養胃湯生津為主；因液虧精少，頭暈腦鳴，下肢痠軟痿廢，則當以六味、虎潛之類補液生精為主。調補之法各有所不同，也是根據陰陽偏虛和虛損程度不同來決定的。
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