關於匈奴來源，司馬遷在《史記·匈奴列傳》中記載的很清楚，認為是夏朝之後，華夏一個分支。
匈奴，其先祖夏后氏之苗裔也，曰淳維。唐虞以上有山戎、獫狁、葷粥，居於北蠻，隨畜牧而轉移。逐水草遷徙，毋城郭常處耕田之業，然亦各有分地。
只是在西遷過程中，融合了月氏、樓蘭、烏孫、呼揭及其旁二十六國人種，形成了一個新種族匈奴。對於司馬遷這一結論，千百年來人們深信不疑，然而現代DNA檢測，卻顛覆了這一結論。
上世紀90年代，在蒙古國的呼尼河畔，考古專家發現一座匈奴大墓群，共有大小墓葬400多座，其中甲字型匈奴貴族大墓有670座，被命名為“高勒毛都1號墓地”。
2001年，考古學家更有震驚世界的發現，還是在呼尼河畔，高勒毛都1號墓地的150公里之處，發現了一座更大的匈奴大墓群，發現98座甲字型貴族大墓，其中就有已知最大的匈奴墓葬，即M1大墓群，面積超過2500平，1個主墓和30 個陪葬墓。
顯然，如此大規模的墓葬，除了匈奴單于，其他人沒有資格擁有，M1大墓群的主墓應該是匈奴大單于的墓葬。學者根據陪葬品及史料記載，推測墓主是復株累若鞮單于，公元前31—前20年在位（王昭君第二任匈奴丈夫）或者烏珠留若鞮單于，公元前8—13年在位。
通過對匈奴單于遺骨DNA檢測，有了一個顛覆性的結論：墓主人的父系Y染色體R1a1a1b，也即我們熟知的雅利安人（古印歐人種的一支）。
可見，從匈奴單于DNA結論來看，匈奴並非夏朝後裔，而是印歐人種（白種人）。
學者外蒙古中部額金河谷、外蒙古東部都日格等多個匈奴貴族墓葬追根溯源，發現北匈奴父系Y染色體攜帶印歐人種基因，再次佐證了這一點。
分子人類學對匈奴墓葬的分析顯示，北匈奴包括歐亞混血的南西伯利亞類型，以及少量高加索人種的塞種遺存。
從DNA角度來看，已經推翻了《史記》對匈奴來源的記載。不過，司馬遷記載雖錯，但卻也留下了匈奴來源的線索。
《史記·匈奴列傳》：其攻戰，斬虜首賜一卮酒，而所得滷獲因以予之，得人以為奴婢。
匈奴人有獵頭習俗，在戰爭中砍下敵人的頭顱是榮譽的象徵，可以得到部落的賞賜。匈奴人大敗大月氏之後，將月氏王的頭蓋骨作成了酒器。令人奇怪的是，高加索人種中的斯基泰人也有這一習俗，還有如何用敵人頭骨製作酒器的詳細說明，以及被獵殺者的身份越高，所製成的酒杯檔次就越高，如果是有身份的人往往要鑲上金邊，甚至綴以寶石等。顯然，二者應該有千絲萬縷的聯繫。
不過，針對眾多匈奴普通墓葬的DNA研究發現，匈奴人群父系成分極為複雜，除了攜帶印歐人種基因之外，還有更多的北亞黃種人、中亞等人種基因。為什麼會出現這一情況，其實很簡單就是融合。
《漢書》記載“東胡強而月氏盛”。春秋戰國之際，匈奴並不強大，一度臣服於東胡，把愛妾都獻給東胡王；同樣，西邊的大月氏也極為強大，匈奴不得已，只好送質子於月氏。其實，戰國時期還有林胡、樓煩等都不比匈奴差，比如樓煩甚至是趙武靈王胡服騎射的學習對象。
即便到了戰國末期，匈奴還不是最強的部落。然而，秦末戰亂給了匈奴機會，讓匈奴得以一統北方。可想而知，在這一過程中，匈奴其實融合了大量民族，形成了一個“新匈奴”，因此基因成分肯定比較複雜，而印歐白種人只是極少一部分。
儘管史書沒有記載匈奴最初情況，但可想而知，從匈奴出現到戰國末期，肯定也融合了大量民族，再到一統草原，因此匈奴基因必然極為複雜。
令人難以理解的是，在司馬遷之前，沒有史書記載匈奴起源，為何司馬遷卻突然認為匈奴是夏朝後裔？關於這一點，有兩個猜測。
一，當時有史書記載，司馬遷閱讀過，只是後世已經失傳，所以司馬遷堅信匈奴是夏朝後裔。而且，《山海經·大荒北經》稱“犬戎與夏人同祖，皆出於黃帝”，司馬遷或由此認為匈奴是犬戎的一個分支，因此也可以說是夏朝後裔。
二，司馬遷希望平息戰爭，將匈奴虛構成夏朝後裔，那麼漢朝與匈奴就同出一源，都是華夏後人，兄弟之間就應該摒棄殘酷的戰爭，希望漢武帝或漢朝等以“德政”來感化匈奴這個遠兄。這是司馬遷的“微言大義”，儒家仁愛思想的表現。
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