2004年，三大航空公司重組後，航班號的編制和使用方法混亂，時有航班號數字重複現象，導致陸空通話中出現誤聽問題。中國民航局重新制定了航班號分配和使用方案，計劃2004年10月底的秋冬季航班換季時執行。
同年，中國民用航空局《關於印發《中國民航航班號分配和使用方案》的通知》，各航空公司編制新的航班號要遵循以下原則：
一、按照數字的順序編制航班號。
二、編制國內航班號時，不得使用其它公司的航班號。
三、編制國際和地區航班號時，原則上按3位數字安排，如果3位數字不夠時，可以使用分配給本公司的4位數字航班號，但不能與本公司國內的航班號重複。
四、在編制加班、包機等臨時飛行航班號時，應在分配給本公司航班號的數字範圍內編排，但不得與當天的定期航班航班號重複。
此輪調整後，國內航班號使用4位數字，國際(含港澳)航班號使用3位數字。國航、南航、東航和海航原使用的航班號調整不大，主要是在一些地方航空公司航班號中調整(調整後的國內航班號國航為“1”、“4”字頭；東航為“2”和“5”字頭；南航為“3”和“6”字頭；海航為“7”字頭；廈航和川航為“8”字頭；上航和深航為“9”字頭)。
規律
時至今日，隨著新興航空公司和航班越來越多，很多航班號無法套用原來的規律了。雖說航班號不再有嚴格規律了，但也並非“無跡可尋”。
1）單雙數結尾規律仍然不變
唯一保持不變的，是出基地的結尾單數，回基地的結尾雙數這一規律。比如中國國際航空公司基地在北京，國航北京飛廣州的航班號是CA1301的話，那麼從廣州飛回北京時航班號就是CA1302，而南方航空公司基地在廣州，南航廣州飛北京的航班號是CZ3101的話，回程就變更為CZ3102了。
2）“數字——地區”對應有跡可循
除此之外，根據“飛常準”提供的最新統計數據，在概率上，航班號的前兩位數字仍與航空公司的基地位置、終點位置有一定的相關性。從航班第一、第二位數字的統計數據來看，這個“數字——地區”的規律特別對國航、南航、東航來說，仍然有跡可循。比如國航（CA）的航班號第一位為“1”、“4”、“8”、“9”。使用“1”（即原來代表的華北基地）這個開頭的航班最多，佔63%。南航（CZ）的航班，“3”（即原來代表的華南基地）字最多，佔53%。東航（MU）的航班，“5”（華東）字頭最多，佔53%。。第二位數特別字為“5”的航班，飛往華東的佔多數。第二位數字為“1”的航班，飛往華北的比例最高。
航空公司與航班號第1位數字對應關係
航空公司及其兩字代碼-國內航班號第一位數字
3U 四川航空-8
8L 祥鵬航空-9
9C 春秋航空-8
BK 奧凱航空-2
CA 國航-1、4、8、9
CN 大新華航空-7
CZ 南方航空-2、3、4、6
EU 成都航空-2、6
FM 上海航空-9
G5 華夏航空-2
GS 天津航空-6、7
HO 吉祥航空-1
HU 海南航空-7
JD 首都航空-5
JR 幸福航空-1
KN 中聯航-2、5
KY 昆明航空-8
MF 廈門航空-8
MU 東方航空-2、5、7、9
NS 河北航空-3
OQ 重慶航空-2
PN 西部航空-6
SC 山東航空-4、1
TV 西藏航空-9
ZH 深圳航空-9、3
航班號第1位數字與地域關係對照表
航班號第1位數字-對應占比例最大的地域
1-華北（37%）
2-華東（24%）
3-中南（50%）
4-華東（38%）
5-華東（33%）
6-中南（22%）
7-中南（26%）
8-華東（36%）
9-華東（32%）
3）航班號後加字母為補班航班
如果航班因為天氣、機械故障等原因延誤、備降、取消，需要補班飛行，為區分原航班和補班航班，航空公司會在航班號後面加個字母，如CZ310W。具體規則是，Z代表0，Y代表1，X代表2，以此類推：“0-Z1-Y2-X3-W4-V5-U6-T7-S8-R9-Q”。
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