自古以來清君側可能時用的最多的造反的藉口。其本意是《公羊傳·定公十三年》中所寫的：“此逐君側之惡人。”
但是從秦漢以來，有太多太多的人用“清君側”這個口號起兵造反，歷史上最出名的“清君側”當屬漢景帝時期的七王之亂和明成祖朱棣的靖難之役。說是“清君側”實際上就是給自己造反制造一個有利的藉口。
藉著所謂清除皇帝身邊的佞臣，而起兵造反。而正常情況下這些所以的“佞臣”實際上都沒有多大的過錯，只不過是他們的一些有利於加強皇權的主張損害了這些地方勢力的利益。最後奸臣清除了，君王也沒了。
但是清君側總歸是哪些亂臣賊子們用的藉口，朱元璋卻自己立下了一個遺訓，讓後世的人清君側又是怎麼回事呢？
這件事要從明初的藩王說起，按理說藩王這種有實力的地方派應該是很早就掃盡歷史的塵埃裡了，但是要考慮到明初特殊的環境。
明初天下雖然安定了，但是元王朝的殘餘勢力依舊在草原虎視眈眈，洪武三年（公元1370年）四月，朱元璋為確保明王朝的長治久安，想方設法加強皇室力量，決定分封諸王。
他把宗室二十五人（二十四個兒子和一個侄孫）封為藩王，分駐北部邊境和全國各戰略要地，通過他們屏藩皇室。朱元璋說：“天下之大，必建藩屏，上衛國家，下安生民，今諸子既長，宜各有爵封，分鎮諸國。”從全國來看，這些封藩主要有兩類，一是腹裡，二是邊塞要地。
受封諸王在自己的封地建立王府，設置官屬，地位相當高，公侯大臣進見親王都得伏而拜謁。
明朝初年，每一個藩王食糧萬石，並有軍事指揮權，於王府設親王護衛指揮使司，轄軍三衛。一衛少者三千人，多者一萬九千人。
九位塞王（遼、寧、燕、谷、代、晉、秦、慶、肅）因有防禦蒙古人侵擾的重任，所以，護衛甲士尤多。北平的第四子燕王朱棣擁兵數萬，寧王朱權也是“帶甲八萬，革車六千”。
他們在邊塞負責築城屯田、訓練將兵、巡視要害，可以說儼然是地方實權派，他們雖然保證了朱家對天下的控制，但是也削弱了中央的權利，因此才有了後來的削藩。
同時老朱還在自己的書中規定了藩王擁有清君側的權利，《皇明祖訓》中說：“朝無正臣，內有奸逆，必舉兵誅討，以清君側。”不過，朱元璋也規定是皇帝先召喚藩王，藩王才能起兵，且成功剷除奸臣後，要五日之內離京。
但是這卻給後世留下了遺患。
洪武三十一年（公元1398年）閏五月，朱元璋病故，皇太孫朱允炆即位。臨終前，朱元璋立下遺詔，“皇太孫允炆，仁明孝友，天下歸心，宜登大位。內外文武臣僚同心輔政，以安吾民”、“諸王臨國中，毋至京師”。
朱允炆即位，是為明惠帝，改元建文。
儘管有朱元璋的遺詔，不許諸王“入臨、會葬”，但是，燕王朱棣仍直奔京城建康（今江蘇南京），朱允炆聞訊後，立刻派人持敕，令朱棣返回燕京（今北京），對此朱棣十分不悅。
其時，鎮守北部邊疆的諸王已有很大的權勢，寧王朱權“帶甲八萬，革車六千”。燕王朱棣更握有“節制沿邊士馬”的重權。朱允炆對這些皇叔們憂心忡忡。
一場改變明王朝走向的大事即將展開。洪武三十一年（公元1398年）七月，建文帝削藩開始。
先削周王朱橚。因周王朱橚是燕王同母兄弟，朱允炆怕他與燕王沆瀣一氣，於是，決定先廢周王。時周王次子朱有爋告發父親謀反，建文帝派曹國公李景隆以備邊之名經過開封，將周王全家押回南京，廢為庶人，遷往雲南蒙化（今雲南昆明）。
建文元年（公元1399年）四月，削齊、湘、代三位親王，廢為庶人。湘王朱柏不堪受辱，為保名節，舉家自焚；齊王朱榑被軟禁在南京；代王朱桂被軟禁在封地大同。兩個月後，明廷削岷王朱楩，廢為庶人，徙漳州。
由於朝廷削藩激化矛盾，藩王與朝廷開始決裂，此時，實力最強的燕王，就成了真正的眾藩之首。朱允炆與朱棣之間的博弈，亦逐漸激化。
洪武三十一年（公元1398年）十二月，為了提防燕王造反，朱允炆派工部侍郎張昺為北平布政使，都指揮使謝貴、張信為北平都指揮使。隨後，又命都督宋忠，屯兵駐開平，並調走北平原屬燕王管轄的軍隊。
但由於王府長史葛誠叛變，密奏朝廷“燕王裝病”。朱棣裝瘋被發覺。心中早已對自己這個侄子繼位不滿的朱棣，立即誘殺了前來執行監視逮捕任務的將臣。
建文元年（公元1399年）七月，朱棣起兵反抗中央政府，轟轟烈烈的靖難之役展開了。
按理說建文帝有著全天下的資源，即使是平推也能推掉朱棣，不可否認朱棣的才華，但是在絕對的實力面前是沒有用的。
而最後朱棣之所以成功，最關鍵的除了建文帝的種種昏招和李景隆這個大將之外，其實就是“清君側”三個字。
朱元璋規定了藩王可以清君側，朱棣正是以此為理由，指齊泰、黃子澄為奸臣，須加誅討，並稱自己的舉動為“靖難”，即靖禍難之意。
故而朱棣的口號是“清君側，靖國難”。這其中，“靖難”代表平定禍亂，平息戰亂，掃平奸臣的意思。野因此使得朱棣在道義上站住了腳，各地的實權派很多都在觀望著這場皇家內部的戰爭誰勝誰負，並沒有參與的想法。
當然估計朱元璋自己也沒有想到當初留下的藩王和祖訓會以這樣一種形式實現，其實老朱的本意還是保住自家的江山。
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