公元1644年3月，李自成率領農民軍殺入北京，明朝最後一個皇帝崇禎在煤山上吊自殺，明朝滅亡。明朝的滅亡原因，主要還是由於明朝自世宗、神宗、熹宗以後，政治腐敗，民窮財盡，國力崩潰，最後，崇禎帝落得一個吊死煤山的悲慘下場。但是鮮為人知的是明朝滅亡的另外一大原因——大規模、高頻率，烈度大，損失慘重的自然災害和綿延數省的鼠疫卻不容忽視。
鼠疫是由鼠疫菌所致的烈性傳染病,傳染性極強,病死率極高,一旦被感染上，數日之內並可繼發肺炎或膿毒血癥而死亡。公元6世紀、14世紀和19世紀發生的三次大的世界性鼠疫大流行,都曾造成過數千萬乃至上億人口的死亡,給世界歷史帶來深刻的影響。
明朝後期，中國大地出現了罕見的極寒的氣候災害，氣象學家把這一段時期叫做“明朝小冰河時期”。當時整個中國的年平均氣溫低於正常水平，夏天大旱大澇相繼出現，冬天則奇寒無比，不光河北，連上海、江蘇、福建、廣東等地都狂降暴雪。北方的酷寒使降雨區域普遍南移，這導致了明朝全國各地幾乎連年遭災。據相關學者統計，從萬曆年間至崇禎年間，年年都有一種或幾種自然災害，僅從崇禎元年到崇禎十七年，就發生了水災、旱災、雪災、蝗災，特別是旱災，往往與其他的自然災害併發。
極端的氣候條件導致糧食大幅減產，百姓為了填飽肚子，搜刮了一切可以吃的東西，從老鼠洞裡的糧食到路邊餓死的老鼠，都成了人們的食物。而寄生在老鼠身上的鼠疫桿菌得以快速傳播。最早在萬曆八年（1580年），山西大同就曾發生過瘟疫。"十室九病，傳染者接踵而亡，數口之家，一染此疫，十有一二甚至闔門不起者"。同年，在太原府（今太原）的太谷縣、忻州、苛嵐州及保德州也都有大疫的記載。
而崇禎年間的鼠疫則開始於崇禎六年（1633年），地點同樣是在山西。隨後迅速向周邊城市蔓延。
崇禎七年（1634年）至八年（1635年），今天山西呂梁的興縣，當地百姓為了躲避鼠疫而盡數逃散，使得興縣幾乎成為一座空城，而逃走的百姓攜帶著鼠疫桿菌，傳播到距興縣僅隔了一條黃河的陝西。
崇禎九年（1636年），距興縣僅一百多公里的陝西榆林府爆發鼠疫，隨後是延安府，在之後的幾年內，榆林府和延安府屬縣相繼發生大疫，崇禎十年，瘟疫來到了李自成的家鄉米脂縣，“米脂城中死者枕藉，十三年，夏又大疫，十五年，……大疫，十六年，稔，七月郡城瘟疫大作”。
崇禎十三年（1640年），疫情傳到了直隸（今河北省），順德府（今河北邢臺市）、河間府和大名府均有大疫，並且是烈性傳染病。
崇禎十四年（1641年），疫情進一步發展。在大名府，“春無雨，蝗蝻食麥盡，瘟疫大行，人死十之五六，歲大凶”。
明末著名的政治家左懋第奉命督催漕運，道中馳疏言：“臣自靜海抵臨清，見人民飢死者三，疫死者三，為盜者四。米石銀二十四兩，人死取以食。惟聖明垂念。”
崇禎十四年（1641年）七月，瘟疫從河北地區傳到了京城，民間管瘟疫叫“疙瘩病”。
“夏秋大疫，人偶生一贅肉隆起，數刻立死，謂之疙瘩瘟，都人患此者十四五。至春間又有嘔血者，或一家數人並死。”
崇禎十五年，天津開始爆發大鼠疫，有朝染夕死者，日每不下數百人。
崇禎十六年京師大瘟疫，疫情很嚴重，夏燮《明通鑑》記載：“京師大疫，死者無算。”
《崇禎實錄》記載：“京師大疫，死亡日以萬計。”
儘管缺乏準確的統計數據，但上述官方記載說明，當時的大瘟疫，勢態極其嚴重，北京城死亡人數之多，竟達無人收屍的境地。
“死亡枕藉，十室九空，甚至戶丁盡絕，無人收殮者”。
北京郊區的疫情同樣嚴重。在通州:
“崇禎十六年癸未七月大疫，名曰疙疽病，比屋傳染，有闔家喪亡竟無收斂者”。
昌平州的記載:
"十六年大疫 , 名曰 `疙疸病’，見則死 , 至有滅門者。"
通州和昌平的相繼淪陷，意味著京師也絕難避免，崇禎十六年，“京師大疫 , 自二月至九月”。對於這次瘟疫，駱養性的回憶是：
"昨年京師瘟疫大作 , 死亡枕藉 ,十室九空 , 甚至戶丁盡絕 , 無人收斂者。"
而瘟疫並沒有在崇禎十六年停下在華北肆掠的腳步，崇禎十七年，天津大疫：
"上天降災 , 瘟疫流行 , 自八月至今 (九月十五日 ) , 傳染至盛。 有一、 二日亡者 , 有朝染夕亡者 , 日每不下數百人 , 甚有全家全亡不留一人者 , 排門逐戶 , 無一保全。… …一人染疫 , 傳及闔家 , 兩月喪亡 , 至今轉熾 , 城外遍地皆然 , 而城中尤甚 , 以致棺蒿充途 , 哀號滿路。"
這場鼠疫，發生在北京城破前一年，北京每天死人上萬，以至於城門都被運出的棺材堵塞。沿街的小商小販，十之五六死去，死在門口的最多，街頭連玩耍的孩子都沒有了。不光小商小販，死的人當中還有大批的士兵。嚴重鼠疫導致城內守軍早已失去了戰鬥力。有數據統計，北京爆發瘟疫之初有2.7萬匹戰馬。但到了李自成破城之前，北京軍隊中能夠作戰的馬匹僅剩下了1000匹。而北京城的士兵更是由10萬銳減到了5萬，即便是僥倖存活下來的士兵，他們也因為身體虛弱、衣著狼狽而失去了戰鬥力，用鞭子抽都抽不起來，以至於李自成輕易的就奪取了北京城。
明朝的滅亡肯定不是由某一個原因導致的，有外部的原因，也有內部的原因。但毫無疑問，崇禎年間的那場造成一千萬人死亡的鼠疫，無疑是壓垮大明朝的最後一根稻草。
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