鼠疫是由鼠疫菌所致的烈性傳染病，傳染性極強，病死率極高。有西方歷史學家證明，14世紀歐洲的“黑死病”在傳入歐洲前，鼠疫已經在北中國地區流行了相當長的一段時間，而其時山西北部的大同地區就可能是疫區的一部分，但似乎並沒有向山西南部傳播的跡象。明代中期以後，山西境內的鼠疫有零星爆發，主要集中在太原附近，但並未向鄰近州縣擴散。
萬曆年間山西鼠疫的爆發似乎是從北部大同地區開始的。萬曆八年（1580年），“大同瘟疫大作，十室九病，傳染者接踵而亡，數口之家，一染此疫，十有一二甚至闔門不起者。”傳染性極強；萬曆九年，大同府疫情向西部擴散。患者的臨床表現為腫項，由此可以斷定為腺鼠疫。腺鼠疫的一個顯著的臨床症狀就是淋巴結腫痛，頭部或頸部的淋巴腺腫大外露而格外引人注意。萬曆十年鼠疫有繼續擴散的趨勢，在沁州（今山西省沁縣附近），“萬曆十年，天疫流行，俗名大頭風，有一家全沒者。”所謂的“大頭風”，實為腺鼠疫患者因頸部或耳後淋巴腫大的別稱。此次鼠疫到萬曆十六年暫時沉寂，到萬曆三十八年、三十九年再度流行，在重創山西北部和中部的同時，也傳入相鄰的河北、河南境內。
到了崇禎年間，民變造成的社會動亂屢屢引起瘟疫流行。從崇禎六年至十七年的十幾年間，鼠疫從山西中部和北部幾個地區開始了新一輪的流行，同時期的陝西延安府、榆林府均有“瘟疫大作”的記載，從北往南，從西向東，漸次擴散；河北鼠疫流行也從南部向北部擴散，甚至影響到北京。崇禎十七年駱養性在天津督理軍務，就提到崇禎十六年北京城的大疫情：“昨年京師瘟疫大作，死亡枕藉，十室九空，甚至戶丁盡絕，無人收殮者。”崇禎十四年前後，河南大部分地區均有大疫發生，造成大量人口死亡。
推動歷史車輪滾滾向前的力量往往是多元的。在以往有關明末歷史的研究中，考慮最多的是政治鬥爭、階級衝突和民族對抗，除此之外，我們還應看到，在明代後期氣候異常的背景下，華北地區以及中國北方各地普遍乾旱少雨，生態系統趨於脆弱。明代後期的華北人口已相當密集，覓食人口的數量和流動性大大增加；乾旱狀態下齧齒動物的覓食性遷移也大大加強，不同景觀結合部的人、鼠接觸幾率增加，終於釀成萬曆及崇禎年間華北兩次鼠疫大流行。萬曆年間的華北鼠疫大流行使區域經濟和社會的發展陷於停滯，崇禎鼠疫在在風起雲湧的起義浪潮中加速了它的傳播和擴散，兩次鼠疫導致三省合計超過1000萬人死亡。明王朝是在災荒、民變、鼠疫和清兵的聯合作用下滅亡的。
本文節選自曹樹基：《鼠疫流行與華北社會的變遷（1580—1644年）》
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