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總公司和分公司是獨立核算的，部分員工在總公司和分公司都有領工資。這種做法的初衷可能是想少繳個人所得稅。
有這種想法的人，我感覺主要是對個人所得稅的相關規定不熟悉。
下面我按照個人所得稅和企業所得稅兩個稅種分別說明其計算方法：
1、這種情況，應該將這些員工在總公司和分公司的工資相加，合併計算個人所得稅適用的稅率及速算扣除數。扣減項只能扣減一次。否則可能被稅務機關按偷稅漏稅處理。
新的個人所得稅法對居民個人所得稅的計算繳納是按照一年內的綜合所得減除費用6萬元以及專項扣除、專項附加扣除和依法規定的其他扣除之後的餘額，做為應納稅所得額計算應該繳納的個人所得稅。
這裡的個人綜合所得，就是將一年內的所有收入相加的意思。因此，部分人在總公司和分公司都有工資的情況，應該將二者相加之後進行計算個人所得稅。
2、企業所得稅應該將總公司和分公司的報表進行彙總，按彙總後的報表進行計算應納所得稅額。
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老鄭的財務家園
首先：根據我國稅法《中華人民共和國個人所得稅法實施條例》規定，同一員工，同一月份在兩個納稅主體有工資薪金收入，任職單位按照現行個人所得稅法規定，以本單位發放的工資薪金所得來計算預扣預繳個人所得稅，無需考慮其他任職單位。
其次：對於員工個人來說，應當核實兩處以上工資薪金收入，辦理個人所得稅年度彙算清繳。
最後，個人取得的所得，難以界定應納稅所得項目的，由國務院稅務主管部門確定。
附：稅法實施條例：
《中華人民共和國個人所得稅法實施條例》第二十五條 取得綜合所得需要辦理彙算清繳的情形包括：
（一）從兩處以上取得綜合所得，且綜合所得年收入額減除專項扣除的餘額超過6萬元；
（二）取得勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得中一項或者多項所得，且綜合所得年收入額減除專項扣除的餘額超過6萬元；
（三）納稅年度內預繳稅額低於應納稅額；
（四）納稅人申請退稅。 納稅人申請退稅，應當提供其在中國境內開設的銀行賬戶，並在彙算清繳地就地辦理稅款退庫。彙算清繳的具體辦法由國務院稅務主管部門制定。
不堅持健身不是好財務
所謂分公司在法律層面說就沒有獨立性，是總公司的組成部分，只是從財務核算角度說，是賦予了它獨立核算利潤的功能。除非你想問的是子公司。再說個稅，可以理解為企業所得稅的計算方式，按月預交年底彙算清繳。如果你有多家收入記得年底彙算前申報。
