EM類微生物製劑由乳酸桿菌、芽孢桿菌、硝化細菌等分別發酵後，復配酵母菌、維生素、氨基酸等營養物質而成。在池塘中使用EM類微生物製劑後，可提高養殖池塘水質，使水質肥、活、嫩、爽；促進有益藻類的生長，肥水快、準、狠；提高魚、蝦、蟹等水產動物的產量。
一.肥水
1.1使用後瘦水快速變肥
EM類微生物製劑投放到水中後，使瘦水變肥的途徑主要有以下兩種。
1.EM類微生物製劑自身所帶的大量營養物質使水變肥：
EM王養水專家→浮游植物→浮游動物→水產動物，這是EM類微生物製劑肥水和促進魚蝦生長的主要作用機制。
EM菌在水產養殖中的使用效果被廣泛認可。但是EM菌發酵好的原液使用起來成本較高，而且經過廠家經銷商長時間儲存，菌的活力也會下降。近幾年市場上比較受到養殖戶歡迎的是EM菌菌種。養殖戶購買回去後可以自己擴培。自己發酵的EM菌菌液使用起來成本低，而且現發酵的的菌液數量多活性好。那麼在選擇EM菌菌中的時候大家要關注菌種的好壞。一般而言，判斷菌種好壞有一個最簡單的指標pH值。因為EM菌種的乳酸菌含量最多，EM菌菌液的pH值較低說明乳酸菌含量豐富，也就意味著整體的EM菌活性較高。一般而言pH值在3.5以下就算是好菌種，如果可以達到3以下就算是質量特別好的EM菌種了。
2.利用水中的有機物：
EM類微生物製劑中所含的休眠菌能快速復甦和工作，快速分解水體和淤泥中的有機物，並將其轉化為單細胞藻類所需的營養源，促進硅藻、綠藻等有益藻類的繁殖和生長，起到肥水、增氧、淨化水質和產生生物活性酶的作用。
EM類微生物製劑使用後瘦水快速變肥，多個養殖區晴天上午使用，下午水體開始變綠，水質活、爽。
1.2肥水持效時間長
EM類微生物製劑富含藻類生長因子和藻類抗逆因子，水肥後，持效時間長。菌相好，培養豐富有益藻類，水色當然好。
早期肥水可以促進藻類的繁殖，培育浮游動物，為苗提供開口餌料；豐富藻類可調節水體透明度，避免陽光的直射，控制青苔的生長。EM菌配合有機肥，養殖前期使用，有益菌分解有機質，為水體藻類提供充足的養料，促進藻類繁殖。
二.調水改善水環境
2.1使用後老水變活，改良水質
老水型水質的水理化條件差：
水色老綠或濃綠色，魚蝦類容易浮頭，下風向常漂浮油膜狀物，增氧機打起的水有泡沫，水有腥臭味。老水容易造成藻體大量死亡，水色轉清發臭(俗稱臭清水)，引起魚類泛池死亡。
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