在食用菌培育過程中，可能會出現這樣的情況，就是菌棒腐爛，此情況多發生在栽培年數較長的老菇區，為什麼會出現菌棒腐爛的現象呢，該怎麼去防治？
一、菌棒出現腐爛的原因
1.是培養料配比不合理，拌料不均勻，尿素、過磷酸鈣、石膏、石灰等添加物超量；
2.是培養室長時間通氣不良，二氧化碳濃度高，氧氣不足，致使菌絲回菌，影響菌絲生長髮育；
3.是培養室長時間溫度過高，超出了香菇適宜生長溫度範圍，刺孔後堆溫大幅度升高引起“燒菌”，造成菌絲生長脆弱甚至死亡；
4.是陽光直射菌棒，強烈的紫外線燒傷菌袋內的菌絲，甚至菌絲被殺死，菌棒局部出現黃水，菌棒上淤積黃水過多，影響通氣，極易造成雜菌感染；
5.是出菇生產環境空氣溼度過高，給菌棒補水時水溫過高，補水過多，高溫悶熱天氣通風不良等原因導致菌棒爛棒；
6.是採菇後沒有及時清理菇根、對於沒有完全轉色好的菌棒和採菇人員技術不熟練，採菇時帶下大塊培養料造成菌絲受傷等原因，噴水後極易滋生黴菌導致菌棒爛棒。
7.蟲害傷害：菇類害蟲從通氣孔進入菌棒生長繁殖，直接咬食菌絲體，菌絲體受傷後形成局部高溫、高營養環境，使競爭性雜菌入侵感染，形成蟲菌交叉感染，導致菌棒腐爛。老菇區蟲口密度高，為害重，爛棒也相對較為嚴重。
8.栽培品種抗逆力減弱：抗逆力減弱是品種種性退化的一種表現，這是菌棒腐爛的內因。一些品種種植多年，種性退化，菌絲生命力減弱，對環境適應能力差，抗雜菌入侵能力下降，競爭性雜菌就能乘虛而入，引起菌棒腐爛。
此外，還有因頑固性寄生菌或病毒直接入侵或干擾，而引起菌棒腐爛的情況。
二、菌棒腐爛的防治
菌棒腐爛的防治應以預防為主，治療為輔，並貫徹於整個栽培管理過程。
（1）選用優良品種，對退化品種進行提純復壯。
（2）做好進行栽培防治管理
①合理佈局品種。依照當地的氣候特點，選擇適宜的品種。
②搞好栽培場地和環境的衛生，上年度廢菌棒要及時清理；老菇場要噴灑殺菌殺蟲劑，減少雜菌汙染源，降低蟲口密度。
③嚴格控制消毒藥品的用量。目前市面上消毒藥品含有的有效成份都是相同的，用量以每立方米3～4克為佳，切勿超過6克。
④接種口用蠟或膠帶封口，杜絕蟲、菌從接種口入侵菌棒。
⑤刺孔通氣要規範操作，鐵釘直徑要小於2毫米，孔深1～1.5釐米，選晴天刺孔，不在瘤狀物處刺孔。
⑥合理治蟲防病，及時補充菌菇營養，使用益富源菌菇營養液僅需噴灑，注水，能有效補充營養抑制有害雜菌。
（3）及時對爛棒進行治療：發現菌棒腐爛現象後，要及時將爛棒揀出另行堆放，以免菌棒間交互感染，並進行下述治療處理：
①用乾淨刀片切除腐爛部分，用殺菌劑擦洗病斑切口處和薄膜，然後將薄膜復回，用膠帶封死，防止失水和蟲、菌再次入侵。這一操作最好在無菌條件下完成。
②在發菌初期開始爛棒的，應果斷進行再次菌棒消毒接種（重做）。
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