《国家税务总局关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》（国家税务总局公告2011年第50号）规定，企业发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。
（注：国家税务总局公告2018年第31号修改为“逐级上报至省税务局”）客观原因包括如下类型：（一）因自然灾害、社会突发事件等不可抗力因素造成增值税扣税凭证逾期；
（二）增值税扣税凭证被盗、抢，或者因邮寄丢失、误递导致逾期；
（三）有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押增值税扣税凭证，纳税人不能正常履行申报义务，或者税务机关信息系统、网络故障，未能及时处理纳税人网上认证数据等导致增值税扣税凭证逾期；
（四）买卖双方因经济纠纷，未能及时传递增值税扣税凭证，或者纳税人变更纳税地点，注销旧户和重新办理税务登记的时间过长，导致增值税扣税凭证逾期；
（五）由于企业办税人员伤亡、突发危重疾病或者擅自离职，未能办理交接手续，导致增值税扣税凭证逾期；
（六）国家税务总局规定的其他情形。
因此，在日常工作中常见的供货商未能及时交付增值税专用发票、办税人员离职等原因导致增值税扣税凭证逾期，可以按照上述规定逐级上报申请抵扣。值得注意的是，由于本单位采购人员等不及时报销导致超过360天，不属于上述列举的客观原因，其进项税额不能抵扣。
对于尚未收到的发票，尽管系统中已经可以勾选，但为了避免出现申报差错，建议不要提前勾选，等发票抵扣联收到再勾选。
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