1.應納稅額過高或為負值
應納稅額接近於或等於零，對投資人來說最好。其含義是該項投資沒有增值，企業不用繳納增值稅。
當應納稅額為正值且大於3%時，說明前端進項稅小於後端銷項稅，且差額大於簡易計稅下的應納稅額，企業可考慮使用簡易計稅程序，以減少納稅。
當應納稅額出現負值時，說明前端進項稅大於了後端的銷項稅，也就是超過了可抵扣的最高額度。在沒有特殊約定的情況下，施工企業就要支付這多出來的稅金了，所以施工企業在簽訂合同時就應明確約定好如何處理該問題。可採用簡易計稅或部分材料甲供的方法來減少進項稅。
2.購買材料（進項環節）按簡易徵收（3%）的影響
在購買材料、設備或租賃機械時，若賣方採用簡易徵收（3%）開票，意味著賣方在上一環節的全部進項稅額都不能抵扣，那麼這些稅額就會進入材料成本（形成價內稅），導致其銷售價格的增高。銷售價格的增高（在其他因素不變的情況下）會導致建築業的銷項稅計稅基數提高，從而導致銷項稅額的提高，進而導致工程造價的提高。
由於可抵扣稅額減少、銷項稅額又增加，就會使得應納稅額有較大的提高。對投資人是不利的。
當合同簽訂後，施工企業購買簡易計稅的材料，相當於材料價格提高了，對施工企業是不利的。
3.建築業（銷項環節）按簡易計稅（3%）的影響
建築業的銷項環節，在符合規定的條件下也可選擇簡易計稅方式。在一般情況下，才去簡易計稅模式，工程中所購買的材料的稅款就不能抵扣，只能進入工程成本，工程銷項稅的計稅基數就會提高，銷項稅額也就會提高，對投資人是不利的，應儘量避免此種方式。
但在某些特殊情況下，如出現應納稅額過高或為負值時，通過簡易徵收方式，亦可減少投資，故應適時選用不同的計稅方式。
4.對總承包工程與專業分包工程的影響
將一個一般的工程進行專業分包，因材料費（可除稅項目）的不均衡劃分，可能會導致某一分包項目的進項稅額的大幅不均衡變化（出現抵扣過少或抵扣過高的情況），很可能造成某一分包方的應納稅額過高或為負值的情況，最終導致總納稅額的提高。
5.甲供材對納稅額的影響
從納稅的角度看，甲供材就是把應在建築業中計價、扣稅的項目，直接拿到下一環節（如房地產業）中去計價、扣稅了。
甲供材幾乎都是含有進項稅的材料，而且基本上都是進項稅率為17%的材料。因建築業和房地產業的銷項稅都是11%，所以應納稅額C與甲供材價格P的關係為：
C=（11%-17%）*P=-6%*P
顯然，這是一項具有負稅額的資產，放到哪裡去抵扣都是好事，哪一環節出現的應納稅額高就放到哪裡去抵扣。
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