萬曆年間的國本之爭是一件具有重大政治意義的大事件，於萬曆十四年拉開序幕，到萬曆二十九年落下帷幕，歷時十五年，最終以萬曆的陰謀失敗、皇長子朱常洛被冊立為太子而告終。
一開始，萬曆確實是想立皇三子為太子的，因為皇三子的生母鄭貴妃是他最寵愛的妃子，而皇長子朱常洛的生母王氏只是一名卑微的宮女，是他一時興起，寵幸了王氏，才生下的朱常洛，對王氏母子並無感情可言。
但是這注定得不到朝廷一干大臣的支持擁護，因為明代儲君制度是“有嫡立嫡，無嫡立長”，在皇后沒有子嗣也就是沒有嫡子的情況下，就必須按長幼順序將皇長子立為太子，因此，無數大臣上書請求冊立皇長子為太子，但萬曆統統置之不理，一直拖而不決，足足拖了有十五年。
而萬曆之所以要拖十五年之久，他也有他自己的小算盤，主要原因就是在等兩件事情的發生。
首先是在等皇后。在皇后無子嗣的情況下，唯一能名正言順冊立皇三子的情況就是鄭貴妃當皇后，而鄭貴妃要當皇后的話，就必須得等到現任皇后自然死亡，那他就可以冊封鄭貴妃為皇后，皇三子也就順理成章的成為了嫡子。可惜，皇后身體非常硬朗，一直活到了萬曆四十八年，僅僅比萬曆早死了幾個月，因此，他這個方法就行不通了。
其次是在等大臣。萬曆在鄭貴妃當皇后無望的情況之下，只能寄希望於大臣的支持和擁護，但是，朝中大臣們都堅持“有嫡立嫡，無嫡立長”的祖制，萬曆皇帝軟硬兼施都不管用，不怕丟官、不怕掉腦袋，就是堅持要立皇長子。
皇后等不死、大臣等不來，再加上李太后的干預，萬曆在拖了整整十五年國本之爭當中，最終只得妥協，於萬曆二十九年正式冊封皇長子朱常洛為太子，立皇三子朱常洵為福王，轟轟烈烈的國本之爭才落下帷幕。
其實，從國本之爭當中我們也可以看出，在明代，至高無上的皇帝也不是可以為所欲為的，他還是受到了很多的掣肘，這也是一種皇權被削弱的現象。
事實上，在權力上，皇帝（皇權）和大臣（閣權）一直都是處在對立面上的，閣權大了，皇權必定被削弱，反之，皇權大了，閣權也就被削弱了，這在明朝中後期表現的尤為突出。
從嘉靖中後期開始，閣權普遍得到強化，相應地，皇權就被弱化了，這時候，皇帝就受到了很多的限制，只要是認為皇帝做的不對，大臣們什麼都可以管。逢年過節，想把排場搞大一點，大臣會勸諫皇帝要勤儉節約，後宮中稍微寵愛某個妃子多一點，大臣們會勸諫皇帝要雨露均霑，有點個人愛好（比如嘉靖沉湎修道），還要小心被大臣（比如海瑞）罵的狗血淋頭......每天都要面對這麼一大幫什麼都要管、都要操心的大臣，想想都頭疼。
但你還不能把這幫大臣怎麼樣，小心惹急了大臣們來個集體罷工，到時候一個爛攤子扔給你怎麼收拾？明代的官員們骨頭還是很有骨氣的，稍不如意動不動就來個上書請辭。
萬曆皇帝面對的就是這樣一個局面，因此，拖了十五年都等不到大臣的支持，反而愈演愈烈，再這樣下去，只怕自己都要引火燒身了。
正所謂高處不勝寒，大臣們可以撂挑子不幹，回家種地或者當地主都行，但是作為皇帝，他不得不幹，這也正是萬曆皇帝的無奈之處，因此，他最終只得妥協和讓步。
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