万历年间的国本之争是一件具有重大政治意义的大事件，于万历十四年拉开序幕，到万历二十九年落下帷幕，历时十五年，最终以万历的阴谋失败、皇长子朱常洛被册立为太子而告终。
一开始，万历确实是想立皇三子为太子的，因为皇三子的生母郑贵妃是他最宠爱的妃子，而皇长子朱常洛的生母王氏只是一名卑微的宫女，是他一时兴起，宠幸了王氏，才生下的朱常洛，对王氏母子并无感情可言。
但是这注定得不到朝廷一干大臣的支持拥护，因为明代储君制度是“有嫡立嫡，无嫡立长”，在皇后没有子嗣也就是没有嫡子的情况下，就必须按长幼顺序将皇长子立为太子，因此，无数大臣上书请求册立皇长子为太子，但万历统统置之不理，一直拖而不决，足足拖了有十五年。
而万历之所以要拖十五年之久，他也有他自己的小算盘，主要原因就是在等两件事情的发生。
首先是在等皇后。在皇后无子嗣的情况下，唯一能名正言顺册立皇三子的情况就是郑贵妃当皇后，而郑贵妃要当皇后的话，就必须得等到现任皇后自然死亡，那他就可以册封郑贵妃为皇后，皇三子也就顺理成章的成为了嫡子。可惜，皇后身体非常硬朗，一直活到了万历四十八年，仅仅比万历早死了几个月，因此，他这个方法就行不通了。
其次是在等大臣。万历在郑贵妃当皇后无望的情况之下，只能寄希望于大臣的支持和拥护，但是，朝中大臣们都坚持“有嫡立嫡，无嫡立长”的祖制，万历皇帝软硬兼施都不管用，不怕丢官、不怕掉脑袋，就是坚持要立皇长子。
皇后等不死、大臣等不来，再加上李太后的干预，万历在拖了整整十五年国本之争当中，最终只得妥协，于万历二十九年正式册封皇长子朱常洛为太子，立皇三子朱常洵为福王，轰轰烈烈的国本之争才落下帷幕。
其实，从国本之争当中我们也可以看出，在明代，至高无上的皇帝也不是可以为所欲为的，他还是受到了很多的掣肘，这也是一种皇权被削弱的现象。
事实上，在权力上，皇帝（皇权）和大臣（阁权）一直都是处在对立面上的，阁权大了，皇权必定被削弱，反之，皇权大了，阁权也就被削弱了，这在明朝中后期表现的尤为突出。
从嘉靖中后期开始，阁权普遍得到强化，相应地，皇权就被弱化了，这时候，皇帝就受到了很多的限制，只要是认为皇帝做的不对，大臣们什么都可以管。逢年过节，想把排场搞大一点，大臣会劝谏皇帝要勤俭节约，后宫中稍微宠爱某个妃子多一点，大臣们会劝谏皇帝要雨露均沾，有点个人爱好（比如嘉靖沉湎修道），还要小心被大臣（比如海瑞）骂的狗血淋头......每天都要面对这么一大帮什么都要管、都要操心的大臣，想想都头疼。
但你还不能把这帮大臣怎么样，小心惹急了大臣们来个集体罢工，到时候一个烂摊子扔给你怎么收拾？明代的官员们骨头还是很有骨气的，稍不如意动不动就来个上书请辞。
万历皇帝面对的就是这样一个局面，因此，拖了十五年都等不到大臣的支持，反而愈演愈烈，再这样下去，只怕自己都要引火烧身了。
正所谓高处不胜寒，大臣们可以撂挑子不干，回家种地或者当地主都行，但是作为皇帝，他不得不干，这也正是万历皇帝的无奈之处，因此，他最终只得妥协和让步。
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