自從西晉被劉曜滅亡以後，重振晉朝的使命就落在了司馬睿的肩上。因為從各方面來看 ，也只有暫居建康的司馬睿具備稱帝的成熟條件。就這樣司馬睿在王導的策劃下，登上了皇帝的寶座，建立了東晉。可是新成立的東晉王朝與別的朝代不一樣，皇帝大多數時候並不能獨斷專行，而是與世家大族共同分享權力。這種"王與馬共天下"的模式，在某種程度上形成了制衡，保證了國家的正常運行，可惜並不穩定。從王敦與桓溫的所做所為可以看出，這種模式遲早會被終結。
其實最初選擇與士家大族共治天下時，並不是出自司馬睿的本意，更多的只是一種無奈之舉。
因為八王之亂的爆發，不僅讓西晉王朝實力消耗殆盡，而且司馬氏諸王也死傷慘重。等到司馬睿渡江之後，來到建康的他，差不多隻是孤身一人，更不用說軍權了。由於江南之地，被西晉統一的時間並不長，司馬氏的統治基礎很不牢固。這時擺在司馬睿面前的問題很簡單，如果不依靠士家大族，別說當皇帝了，就是在江南立足都很困難。
於是司馬睿選擇了與士家大族合作，共同分享權力。他的主要支持者是以王導和王敦為首的琅琊王氏，王導在朝為官，王敦在外為將。
隨著司馬睿權力的穩固，一方面對士家大族的強大實力而感到不安，另一方面他也對受到限制的皇權所不滿。因為自秦始皇稱帝以來，歷代皇帝都擁有至高無上的權力，所謂：普天之下，莫非王土；率土之濱，莫非王臣。現在到了他這裡，自然很不甘心。慢慢地，司馬睿開始培植自己的勢力，比如：重用劉隗、刁協等人。
看到司馬睿正在增強實力，王敦也感到了不安，於是起兵以“清君側”為名，向東攻打建康。王導出於自身的利益，也暗中相助他，很快王敦就攻入了健康。司馬睿只得安撫他，讓他統領朝政。可是令司馬睿沒想到的是，王敦自從攻入建康，掌握朝政大權以後，便野心膨脹，有了廢司馬氏自立的想法。不久司馬睿就由於悲憤交加病故了，皇位由他的兒子司馬紹繼承。
面對王敦不可抑制的野心，司馬紹並非無能之輩，他正在積極應對。同時作為皇帝與士家大族共治天下的策劃者王導，這次也站在了司馬紹一邊，他積極為皇帝出謀劃策。不久王敦便再次起兵，攻打建康，可是這一次，他失敗了。司馬紹在王導的輔助下，取得了最終的勝利。
王敦的兩次反叛，充分說明了士家大族與皇帝的分權關係，並不穩定。
皇帝希望消滅士家大族，獲得專制大權；士家大族也想推翻皇帝，皇位由自己來坐。由此觀之，所謂的共治天下，頂多只是一種權宜之計，一旦某一方有實力了，必然會除掉另一方，然後獨享天下。
如果說王敦的反叛初步顯示了“王與馬共天下”這種模式的不穩定性。那麼接下來桓溫的表現更是證明了這一點，他與東晉皇帝的鬥智鬥勇，再次顯示了士家大族一旦羽翼豐滿，絕不甘居人下的野心。
王導和王敦出自於琅琊王氏，桓溫則出自於譙國桓氏，同樣是士家大族。晉明帝司馬紹在平定王敦叛亂之後，為了穩固權力，把女兒嫁給了桓溫，以此來籠絡他。同時桓溫還出任了琅琊內史，因為能力特別強，不久就被封為輔國將軍。之後到了建元年間，東晉朝廷讓他率部據守臨淮，協助荊州刺史庾翼的北伐。這次任命對桓溫很重要，他與荊州刺史庾翼成了好朋友，同時對荊州的影響力日益增強。
隨著庾翼的去世，由於司馬昱不願出任荊州刺史，結果荊州刺史一職順理成章地落在了桓溫的肩上。當了荊州刺史，桓溫逐步掌握了長江上游的兵權，桓溫開始走上了與司馬氏共治天下的權臣之路。他漸漸地也具有了當初王敦的那種野心，但他的威望與實力還不及當初的王敦，還需要建立功勳來增強實力與威望。
經過觀察，桓溫發現佔據巴蜀地區的成漢政權日漸衰亡，這正是他建立功勳的好機會。
他決定討伐荒淫無道的成漢皇帝李勢，在經過周密部署後，他率領大軍進攻成漢。由於指揮得當，晉軍三戰三勝，進逼到成都城下。成都城下的戰鬥尤為激烈，桓溫差點中箭身亡，不過最終晉軍還是取得了勝利，成漢皇帝李勢向他投降了。討伐成漢的成功，使桓溫的名氣大增，朝廷不得不對他大加封賞。
由於威望與實力過於強大，東晉朝廷開始忌憚桓溫了，並且通過提拔殷浩來牽制他。在殷浩數次北伐，都遭到失敗以後，桓溫果斷抓住機會，陳述殷浩的罪狀，讓朝廷把他貶為了庶人。自此以後，東晉朝廷的內外大權都被桓溫控制了。接下來桓溫又進行了三次北伐，本想挾勝利之餘威，回國直接奪權。結果第三次北伐失敗了，聲望有些減弱。於是他借廢黜皇帝司馬奕，重立新帝的機會，大肆排擠異己勢力，來恢復並增強了自身的威望。
眼看桓溫就要執行王敦沒有完成的大業了，那就是對東晉朝廷取而代之。幸虧以陳郡謝氏為代表的士家大族站了出來，對他進行了阻止。尤其是謝安採用了拖延之計，才讓桓溫的計劃沒有得逞。桓溫作為譙國桓氏的代表，取代東晉朝廷的計劃雖然失敗了，但對於“王與馬共天下”的權力分享，再一次造成了很大的破壞。
王敦與桓溫一前一後，都試圖終結皇帝與士族共治天下的模式。相應地，東晉的皇帝也想徹底壓制住士族，恢復皇帝的專制統治，比如：司馬睿與司馬曜。這樣就形成了對峙，無論哪方勝出，都將消滅這種模式。歷史也證明了這一點，後來的桓玄叛亂，差點就建立桓楚成功了。緊接著劉裕迅速崛起，平定了叛亂，然後直接篡奪了皇位，建立了劉宋王朝。
當然王敦與桓溫的名聲並不好，後來房玄齡在監修《晉書》時，就把他們稱為反臣，然後並列一傳。書中描寫道：廢主以立威，殺人以逞欲，曾弗知寶命不可以求得，神器不可以力征。豈不悖哉！
東晉朝廷這種短暫的皇帝與士族共治天下的模式，在磕磕絆絆中走向了滅亡，被新生的劉宋王朝取代了。因為這種模式在封建社會皇權至上的誘惑下，很難保持穩定。“普天之下，莫非王土；率土之濱，莫非王臣”，才是封建社會的常態。
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