始皇三十四年（前213年），在秦始皇於咸陽宮舉行的宮廷大宴上，又發生了一場師古還是師今的爭論。焚書之舉正是由此引發的。
在宴會上，僕射周青臣，面腴秦始皇，吹捧他自上古不及陛下威德.博士淳于越針對周青臣的腴詞提出了恢復分封制的主張。他說： 臣聞殷周之王千餘歲，封子弟功臣，自為輔枝。今陛下有海內，而子弟為匹夫，卒有田常、六卿之臣，無輔拂，何以相救哉？事不師古而能長久者，非所聞也。今青臣又面腴，以重陛下之過，非忠臣。秦始皇聽後不動聲色，把淳于越的建議交給群臣討論。丞相李斯明確表示不同意淳于越的觀點。他反駁說：三代之爭，何可法也.儒生 不師今而學古， 道古以害今，如不加以禁止，則 主勢降乎上，黨與成乎下，統一可能遭到破壞。為了別黑白而定一尊，樹立君權的絕對權威，他向秦始皇提出焚燬古書的三條建議：
李斯
（1）除《秦紀》、醫藥、卜筮、農家經典、諸子和其他歷史古籍，一律限期交官府銷燬。令下三十日後不交的，處以黥刑並罰苦役四年。
（2）談論《詩》、《書》者處死，以古非今者滅族，官吏見知不舉者，與同罪。
（3）有願習法令者， 以吏為師。秦始皇批准了李斯的建議。在宴會散後第二天，就在全國各地點燃了焚書之火。
不到30天時間，中國秦代以前的古典文獻，都化為灰燼。留下來的只有皇家圖書館內的一套藏書。
在焚書的第二年，又發生了坑儒事件。坑儒不是焚書的直接繼續，而是由於一些方士、儒生誹謗秦始皇引起的。秦始皇在攫取到巨大權力和享受到榮華富貴之後，十分怕死。在統一中國之後，他異想天開地要尋求長生不死藥。方士侯生、盧生等人迎合其需要，答應為秦始皇找到這種藥。按照秦律謊言不能兌現，或者所獻之藥無效驗者，要處以死刑。侯生、盧生自知弄不到長生不死藥，不但逃之夭夭，而且誹謗秦始皇天性剛戾自用，專任獄吏 ，事情無論大小，都由他一人決斷，貪於權勢 等等。秦始皇聽後，盛怒不可抑止，以妖言以亂黔首 的罪名，下令進行追查，並親自圈定460餘人活埋於咸陽。這即是所謂的“坑儒”事件。
來看看“焚書坑儒”的實質，“焚書坑儒”的實質其實是統一思想的運動。當年秦始皇統一六國之後，在政治結構上，廢除了分封制，在全國範圍內施行郡縣制；在文化上，統一了文字，以小篆為標準的官用文字；在經濟領域內，統一貨幣，統一度量衡。這些措施都是國家大一統的基本要素，是國家強暴力能夠控制的要素。但有些東西是國家強力結構很難駕馭的，特別是在秦朝初年，戰國時期剛結束，百家仍然在爭鳴中，思想領域內極度混亂，而一個國家能在多大程度上統一，最主要的條件是能在多大程度上形成共同的價值觀，而思想混亂是形成共同價值觀的大敵。
因此，光在政治、經濟、文化等方面有大一統措施還不行，最關鍵最長遠的統一要素是思想的統一，形成統一的核心價值觀念，才能讓政治、經濟、文化等領域內的統一措施有效。而當時最大兩種思想潮流就是儒家和法家，儒墨並稱顯學，但墨家更側重對農業方法的創新，種地務農。和道家更注重研究身心，人性觀的形成探索，名家更注重形而上哲學思考。
對於剛剛統一的秦朝來說，統一思想就是維護大一統的關鍵措施。因此，秦始皇在找到了幾個儒生茬之後，一場統一思想的文化運動就開始了，手段是激烈了點，但客觀效果明顯的。雖然統一的秦朝只持續了十幾年，但秦朝以後的所有統治者，無一不把統一思想看成維護統治的關鍵手段，到漢武帝罷黜百家，獨尊儒術，中國大一統思想正式形成。此後所有的統治者，基本上都把儒家思想作為國家的核心思想。這裡需要特別說明一下，秦朝“坑儒”，和漢朝的“尊儒”，其實質是一樣的，都是要統一思想。
實際上從漢朝以來，所有的封建統治者，基本上都是施行的“陽儒陰法”，或者是“實法名儒”，就是表面上是採用儒家觀點，實際上卻是法家的手段。皇帝用法家的方法統治天下，而用儒家的學說教化百姓。法家強調的是法、術、勢，古人把這些東西當成是帝王術，作為駕馭百姓群臣的方法；而儒家學說主要是強調仁和禮，仁和禮最大的益處就是從道德上形成行為自覺，而不用採取暴力措施，是維護等級制度的好工具，所以歷代統治者都用儒學教化天下。
因為秦始皇焚書坑儒留下千古罵名，給人看為大暴君，其實是冤枉秦始皇了。這個數字事實上是非常小的。在長長的中國歷史長河中。殺人成千上萬的事情多不勝數。但是，這件事情最大程度上得罪了文人儒生集團，儒家從戰國以來一直是個非常猖狂的集團，它反映了要想治國必須以儒術為中心，所以和墨家不合，漢武帝獨尊儒術罷黜百家，更讓儒家有重要的權力。他們得志後，把罪人指向秦始皇，所以秦始皇成為萬世暴君、遺臭千年。比如:劉向杜撰的《唐雎不辱使命》與《荊軻刺秦王》。
本來在事實上焚書坑儒就不是什麼大過，焚書坑儒在當時只是為了加強君主專制才那樣做的，而且，當時的博士淳于越口口聲聲地說“不遵從以前的制度和風俗，是不會長久的”，反對郡縣制；李斯反對這種說法，才建議始皇焚書的，而且焚燬的只是那些《詩》、《書》、百家語和史書，醫藥、算卦、農業方面的書並沒有焚燬啊。由此，才為坑殺術士鋪下了道路。
其實之前，方士侯生、盧生替始皇帝求長生不老藥，一直沒有尋到，卻拿著始皇給的賞賜假心裝作忠心。到了焚書後的第二年，方士侯生、盧生與儒生私下批評秦始皇為人反面，始皇得知大怒，認為“平日裡這麼信任他們，他們卻欺騙和背叛我”，這才下令讓御史大夫查辦，最後認的認，供的供，才有後面的“坑殺術士”。
秦始皇並沒有殺淳于越，坑殺術士也是依法處理，欺騙國家財產，在古代是欺君之罪，欺君之罪就是殺頭的罪，在今天也是死罪，不是死罪，也是終身監禁。雖然失去很多價值的書，令人感嘆，但是秦始皇焚書與坑儒是合情合理。
對於坑儒，史學家們仍有爭論。一般來說有三種看法：
（1）第一是歷史上並無焚書坑儒一事，這純屬後人的杜撰。持這一觀點的是民國時期興起的“疑古派”，近幾十年的出土文物，有力地支持了司馬遷《史記》的真實性，從而證明了“疑古派”觀點的不成立；
（2）第二是的確坑了一些人，不過那只是些方士，或稱術士。秦始皇焚《詩》、《書》，醫、卜之類的文籍，不在焚燒之列。司馬遷所著的《史記》中，從未提起過“坑儒”二字。且司馬遷與漢武帝年齡相仿，按最遲計算（漢武帝崩於公元前87年），司馬遷距離焚書坑儒發生的時間，最遠不過120多年。120年的時間跨度，是什麼概念？就相當於今天的2012年到1896年（清光緒年間）的跨度。司馬遷從十多歲起，就開始遍遊中國，二十三歲的時候，其父司馬談去世，司馬遷就已經接任其父的職務，擔任漢太史令了。如果從司馬遷20歲開始算起（-147年），距離焚書坑儒（-212年）的時間跨度，不過65年而已。即相當於2011年往前推65年（相當於中華民國時期的1946年）。在這樣一個狹小的時間跨度之內，以司馬遷的學識和所處高層的地位，焚書坑儒這樣大的事件，不可能不清楚。
3．在關於郡縣制的辯論中，丞相李斯斥責儒者依古制實行分封制的主張不合時宜。
所焚何書？為何而焚？
最主要的一本是《尚書》，因為尚書記載上古聖王的治世理念，而秦始皇自以為“功高三皇,德邁五帝”，所以要用自己的治世觀念代替上古聖王的治世思想，欲厚今乃焚古。
其次是《詩經》，因為詩經中多讚頌歷代君王，始皇不願有六國遺黨頌六國先王。
但，最最重要的或是一本方士《道經》。這道經非現在的老子道德經。此經唯留十六字，十六字心傳。
“人心惟危，道心惟微；惟精惟一，允執厥中。”（《古文尚書·大禹謨》）
《荀子·解蔽篇》中也有類似的引注，稱：“《道經》曰：‘人心之危．道心之微。’危微之幾，惟明君子而後能知之。”（由此推斷曾有一本道經，絕非僅有現存的十六字。）
所坑何人？為何而坑？
所坑非儒，而是方士。
因方士所言長生非始皇帝所能修成，長生也非是小小丹藥所能達到。（己心不淨，何以修行？何以長生？人人本有長生草，己心不淨，田園荒蕪，何以種得長生。海外三仙山，蓬萊，方丈，瀛洲，不過是人身三大丹田。外求何處求……）
方士接近始皇，非要煉藥尋丹，乃是要傳《道經》於天下。
始皇惱羞成怒，認為方士們在耍弄自己。於是，先焚道經，後坑方士。
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