瀆職犯罪的認定，就是發現並固定被調查人瀆職行為的違規點，依法鑑定或審定損害結果，並建立瀆職行為與損害結果之間因果關係的證明過程。
一、違規點的認定。認定違規點，首先要查清被調查人的職責。所需證據以書面證據為主，一是單位的“三定”方案，確定單位的職責職權；二是個人任職分工文件或會議記錄，固定其個人具體職責；三是一些內部規定、工作程序、年終總結、目標考核材料、個人簽訂的責任狀等，將個人職責進一步具體化、明確化；四是相關證人證言，用於印證上述書證反映的職責，並查證是否存在臨時分工調整等特殊情況。
其次，要鎖定瀆職行為“點”，就是找瀆職行為的違規點。瀆職行為包括作為和不作為，通過“積極作為”方式瀆職的一般留下的證據較多，相對好蒐集；以不作為方式瀆職的相對證據較少，一般通過蒐集被調查人的職責，輔以其不作為的客觀事實，通過分析論證予以證明。證明作為或不作為，都應該有明確的、具體的違規點，而不能大而化之。以國有企業領導人員瀆職犯罪為例，一些國企領導人員的瀆職行為往往隱藏在所謂“正常”經營活動之中，企業投資活動可能盈利，也可能虧損，可能賺得多，也可能賺得少，這就存在怎麼將正常的投資虧損和瀆職犯罪區分開來的問題，其實質也即是否存在違規點的問題。具體可以從以下角度加以證明：首先，應證明其應承擔的總體責任，國資部門一般都規定了企業負責人應當“忠誠勤勉地履行管理職責，實現國有資產保值增值以及資本收益最大化”；其次，證明其具有正常履職、保證資本收益最大化的客觀條件。可通過相關證人證言證實，如在收購活動中證實國企處於有利地位等。最後，查找國企負責人的具體違規點，如違反了“三重一大”決策制度等。“三重一大”制度規定，決策事項應當提前告知所有參會人員並提供相關材料，要經過參會人員充分討論並分別發表意見，主要負責人最後發表意見等。一般企業負責人雖然會以合規的集體決策形式掩蓋其濫用職權的違法行為，但在具體操作中往往會違反相關規定。有的是在會議前臨時發放相關材料，使參會人員難以有時間研究和思考，有的是國企負責人首先進行表態性發言，堵住了其他成員提反對意見的機會等。通過以上證據基本能鎖定違規點。
二、損害結果的認定。根據司法解釋，瀆職犯罪造成的損害主要有三類：一是造成人身傷亡，如造成死亡1人以上，或者重傷3人以上，或者輕傷9人以上等情形，應認定為“重大損失”。二是造成經濟損失，如損失30萬元以上的為“重大損失”，損失150萬元以上的為“情節特別嚴重”，此處需要注意的是，經濟損失是指瀆職犯罪或者與瀆職犯罪相關聯的犯罪立案時已經實際造成的財產損失，包括為挽回瀆職犯罪所造成損失而支付的各種開支、費用等。在司法實踐中，經濟損失可以通過具有司法鑑定資質的單位出具鑑定意見的方式認定。三是造成惡劣社會影響情況，這類情況多通過書證、證人證言等方式證明。
瀆職犯罪的損害結果，一般以實際財產損失金額計算，但在近年來的案件中，認定思路有所突破。如原鐵道部部長劉志軍案件中，判決書中認定，被告人劉志軍在擔任鐵道部部長期間，違反規定，徇私舞弊，為丁羽心及其親屬實際控制的公司獲得鐵路貨物運輸計劃、獲取經營動車組輪對項目公司的股權、運作鐵路建設工程項目中標、解決企業經營資金困難等事項提供幫助，使丁羽心及其親屬獲得鉅額經濟利益，致使公共財產、國家和人民利益遭受特別重大損失。在該判決中，將丁羽心及其親屬獲得鉅額經濟利益，作為判斷公共財產、國家和人民利益遭受重大損失的依據之一。該案例對今後同類型案件認定有借鑑意義。
三、因果關係的認定。瀆職犯罪絕大部分為結果犯，即以瀆職行為導致損害結果的發生作為犯罪構成要件，而瀆職行為與損害結果之間因果關係問題一直是認定瀆職犯罪的一個難題，瀆職犯罪中的因果關係往往呈現出多因一果、直接或間接原因、外部因素介入等複雜情況。公職人員的瀆職行為與損失後果之間能否建立刑法意義上的因果關係，決定了案件的結果。
實踐中，瀆職犯罪的類型不同，瀆職行為與損害結果之間因果關係認定也有各自特點。在濫用職權類瀆職犯罪中，瀆職行為與損害結果之間的因果關係往往比較直接，較易認定。在實踐中要注意劃分領導責任和直接責任。對於領導責任而言，如果具體行為人是按照領導的指示違規辦理公務，而造成損害結果，則做出指示的領導應該承擔直接責任；如果具體行為人擅自違規處理公務，領導明知應當制止而沒有制止，則領導與具體行為人共同承擔刑事責任；如果領導因未發現而沒有制止，則根據其是否應當發現，而承擔翫忽職守的責任或者不承擔刑事責任。對於直接責任而言，具體行為人面對領導提出的錯誤要求，是否提出了反對意見直接影響其是否構成犯罪。
在濫用職權、徇私舞弊、翫忽職守三類瀆職犯罪中，翫忽職守類瀆職犯罪中的監督過失型瀆職犯罪的因果關係最難以證明。監督過失型瀆職犯罪主要存在於安全責任事故領域，比如安全生產、食品藥品安全監管等，此外在工程建設領域、國土領域的審批環節中，也可能出現監督過失型瀆職犯罪。
監督過失型瀆職犯罪因果關係的難點主要在於，在監督者的過失行為和損害結果之間，往往會出現被監督者的介入行為，因被監督者的行為直接導致了損害結果的發生，使得瀆職行為和損害結果之間的關係變得複雜、間接。監督過失型瀆職犯罪因果關係認定的基本思路為，監督行為與損害結果之間是否存在阻斷關係，也即如果監督者認真履職，則損害結果就不會發生，則監督者的失職行為與損害結果之間就存在因果關係；如果監督者即便履職了，依然不能阻止損害結果的發生，則二者之間就不存在因果關係，不能認定犯罪。（作者阮經緯單位：中央紀委國家監委第十五審查調查室）
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