在《中醫藥學概論》中，已經談到陰陽學說是中國古代自發的和樸素的唯物主義哲學，是人們對宇宙客觀運動規律的認識和總結。正因為它來自於客觀實際，並且是比較正確地反映了客觀宇宙，所以是科學的哲學,也是當時最先進的哲學，指導著我國古代各自然科學學科的發展，中醫學就是其中之一。
但是，陰陽學說到了西漢時期，分為兩大派別，一是滲透於並支配自然科學發展的唯物主義的陰陽學說；一是為當時封建統治階級及其御用學者所歪曲的唯心主義的陰陽學說，這方面的代表是西漢時期的董仲舒。董仲舒為維護封建主義制度，將陰陽學說應用於認識和解釋社會現象，從而使陰陽學說走上了邪路。他認為陽氣能生養萬物是天的意志，即“陽主德”，陽是天的恩德的體現；“陰為刑”，即陰是天的刑罰的體現，“刑主殺而德主生”。（均見《春秋繁露·舉賢良對策》）這樣，董仲舒就把本來是反映自然界客觀變化規律的陰陽學說，解釋為實施天的意志——對人類和自然界進行賞罰的工具了。董仲舒還把陰陽應用於人事，他說：“陰者陽之和，妻者夫之合，子者父之合，臣者君之合。”（《春秋繁露·基義》），在這裡他把“陽”置於主導地位，“陰”置於從屬和服從的地位。所以妻理所當然地服從於夫，子理所當然地服從於父，臣理所當然地服從於君。這是地地道道的維護男尊女卑,君尊臣卑的封建主義說教。
而被引進自然科學中的（如中醫學）陰陽學說，卻一直保持著比較健康的發展方向，因此，我們不能一提到陰陽學說，就認為是唯心的迷信的東西，而應和被董仲舒為代表的唯心主義者歪曲了的陰陽學說相區別。唯物主義的陰陽學說，早已被現代辯證唯物主義哲學所證實，其基本原理和方法是正確的。
陰陽學說做為一種科學的理論，並不神秘，它最初就是指的日光的向背，有日光的一面屬陽。無日光的一面屬陰。由於有日光則溫暖明亮，無日光則寒冷黑暗，所以又引申出來溫暖明亮屬陽，寒冷黑暗屬陰。由此而來，則一天中白天為陽，黑夜為陰；四季中則春夏為陽，秋冬為陰；火為陽，水為陰，等等。所以，從日常生活中處處可以體現到“陰陽”的存在，是極易理解的概念。清代大文學家曹雪芹就曾用生活中十分具體、淺顯的事例，形象地闡述了“陰陽”這一對哲學概念。他寫道：“什麼是個陰陽，沒影沒形的”，“這陰陽不過是個氣罷了，器物賦了才成形質。譬如天是陽，地是陰；水是陰，火就是陽；日是陽，月就是陰。”他又說：“一個樹葉還分陰陽呢！向上朝陽就是陽，背陰復下就是陰了。”（《紅樓夢》三十一回）這廖廖數語，就簡單地說明了陰陽的本質和屬性。
陰陽學說做為一門科學理論，自然有其豐富的內涵，但它的理論實質和原則精神是“對立統一和運動變化”這一核心內容。掌握和理解了這一點，就是抓住了陰陽學說的本質和綱領。
但需要說明的一點是：陰陽學說做為一種古代的哲學思想，和現代辨證唯物主義哲學相比，二者雖然都是唯物的（都認為事物是對立統一和運動變化的），但陰陽學說由於產生於生產力和自然科學水平十分低下的古代，因而具有明顯的直觀性、樸素性和自發性的特點。同時，陰陽學說中的陰陽雙方，在同一層次和水平上是有一定規定性的，如《概論》已提到的：“動的、升的、浮的、上的、外的、熱的”等屬陽，“靜的、降的、沉的、下的、內的、寒的”等屬陰。這一規定性在一定條件下是固定的，即陽不能說成是陰，陰不能說成是陽。但是，現代哲學中的“矛盾”就不同了，矛盾沒有一定的規定性，即沒有固定的屬性。我們無法指出對立雙方中的哪一方是矛，哪一方是盾。即如我們既不能說寒是矛，熱是盾；也不能說熱是矛，寒是盾。矛盾在對立雙方中是互稱的。同時，現代哲學對事物的認識和闡述遠比陰陽學說深刻得多，全面得多，因而更能反映事物運動變化的本質。因此說，陰陽學說和現代哲學是既有聯繫而又有嚴格區別的。
儘管陰陽學說有其一定的侷限性，但其科學性和對中醫學形成及發展的重大作用都是不容否定的。陰陽學說之所以能在中醫學這一門自然科學領域中存在至今，就是它的科學性決定了的。也正是陰陽學說的合理的科學的內涵，使中醫學形成為具有獨特理論體系的學科。中醫學的許多特點是在陰陽學說的理論指導下形成的，如中醫學對生命起源的唯物主義認識：“生之本，本於陰陽”（《素問·生氣通天論》），是說一切有生命物，都是陰陽二氣運動變化的結果，生命不是上帝或“神”創造的。又如中醫學的重要特點——整體觀和辨證論治，是陰陽學說把事物看成是一個矛盾對立統一整體的思想的體現，這就決定了中醫學認識疾病和治療疾病，都是從人體各部之間是相互聯繫的統一整體來考慮的，即整體診斷，整體治療。由於陰陽是相互聯繫和運動變化的，所以決定了中醫學對疾病治療採取了“辨證論治”的方法，而不是一法一方治到底。
總的說來，中醫學自從溶進了陰陽學說之後，才形成了既有理論又有實踐的系統的一門科學。並且對中醫學的發展起到了促進作用，至今仍是中醫學的重要指導理論，因此，我們應當認真學習和深刻領會陰陽學說的原則精神，並運用於中醫基礎理論研究和臨床實踐，從而發展陰陽學說，發展中醫基礎理論，提高臨床療效，使這一古代哲學在當代的自然科學領域中，發揮更大的作用。
莊天華
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