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一般來講，肝功能異常主要有四種情況，轉氨酶異常、膽紅素異常、白蛋白和球蛋白異常、γ-谷氨酰轉肽酶和鹼性磷酸酶異常。
1、轉氨酶異常
轉氨酶原本是在肝細胞中的，當肝組織受損，轉氨酶就會被釋放到血液裡，谷丙轉氨酶和穀草轉氨酶就會升高。
肝組織受損的原因很多，物理性傷害、炎症、疲勞、熬夜、不良情緒、飲酒、服用過損傷肝臟的藥物或進食某些食物等。
轉氨酶異常的情況是比較常見的，但這並不能說明肝有病，只是一種影響指數的因素。
2、膽紅素異常
膽紅素是血液循環中衰老的紅細胞在肝、脾及骨髓的單核-巨噬細胞體系中被分解和破壞的產物，可分為直接膽紅和間接膽紅素。臨床上藉此診斷有無溶血及判斷肝膽系統的功能狀態。
如果出現直接膽紅素和間接膽紅素同時升高的情況，很有可能是肝臟的肝細胞對膽紅素的攝取、結合或排洩出現了障礙。
導致膽紅素異常的原因，與導致轉氨酶異常的原因基本一樣。
3、白蛋白和球蛋白異常
白蛋白降低，球蛋白升高，說明肝臟的儲備能力出現了異常，需要及時治療。
究其原因，常見於慢性肝炎或肝損傷，以及病毒性、酒精性、藥物性和自身免疫性肝炎和肝硬化等。
4、γ-谷氨酰轉肽酶和鹼性磷酸酶異常
這個指數反映的是肝分泌功能和膽道排洩功能，它們異常，需要考慮肝臟和膽道系統的損傷和炎症及膽道阻塞。
原因方面，如原發性膽汁性肝硬化、原發性硬性膽管炎、灑精性肝炎或慢性肝炎、膽石症，壺腹癌和胰腺癌壓迫膽管等。
總的來說，肝功能不正常是一個十分複雜的問題，需要結合患者病情綜合分析判斷，才能作出較客觀正確的診斷。但日常只要注意節制飲酒、節制不良情緒、保證休息、注意藥物影響以外，就不會有太大的問題。只是病毒性和免疫性造成的肝功能異常一定要慎重，應及時治療。
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引起肝功能不全的原因很多，可概括為以下幾類：
一、感染 寄生蟲(血吸蟲、華枝睪吸蟲、阿米巴)、鉤端螺旋體、細菌、病毒均可造成肝臟損害;其中尤以病毒最常見(如病毒性肝炎)。
二、化學藥品中毒如四氯化碳、氯仿、磷、銻、砷劑等，往往可破壞肝細胞的酶系統，引起代謝障礙，或使氧化磷酸化過程受到抑制，atp生成減少，導致肝細胞變性壞死;有些藥物，如氯丙嗪、對氨柳酸、異菸肼、某些碘胺藥物和抗菌素(如四環素)，即使治療劑量就可以引起少數人的肝臟損害，這可能與過敏有關。
三、免疫功能異常肝病可以引起免疫反應異常，免疫反應異常又是引起肝臟損害的重要原因之一。
例如乙型肝炎病毒引起的體液免疫和細胞免疫都能損害 肝細胞;乙型肝炎病毒的表面抗原(hbsag)、核心抗原(hbcag)、e抗原(hbeag)等能結合到肝細胞表面，改變肝細胞膜的抗原性，引起自身免 疫。又如原發性膽汁性肝硬化，病人血內有多種抗體(抗小膽管抗體、抗線粒體抗體、抗平滑肌抗體、抗核抗體等)，也可能是一種自身免疫性疾病。
四、營養不足缺乏膽礆、甲硫氨酸時，可以引起肝脂肪性變。這是因為肝內脂肪的運輸須先轉變為磷脂(主要為卵磷脂)，而膽礆是卵磷脂的必需組成部分。甲硫氨酸供給合成膽礆的甲基。當這些物質缺乏時，脂肪從肝中移除受阻，造成肝的脂肪性變。
五、膽道阻塞膽道阻塞(如結石、腫瘤、蛔蟲等)使膽汁淤積，如時間過長，可因滯留的膽汁對肝細胞的損害作用和肝內擴張的膽管對血竇壓迫造成肝缺血，而引起肝細胞變性和壞死
