清朝收復新疆後，在新疆的駐軍並不多，只有一萬五千人左右，以至於對浩罕國這個“弱雞”都不得不採取守勢。除了後世清朝君臣能力下降外，清朝時期新疆的人口和財政不支持也是關鍵。
準噶爾政權崩盤後，新疆人口大減，新疆的維吾爾人口減少為33萬人，兆惠進入伊犁時甚至只在當地遇到了33個維吾爾人，（這裡要說明一下後來的和卓之亂能鬧出那麼大的聲勢，不全是當地土著的緣故，是新疆和中亞宗教狂熱分子的狂歡，以後我們單獨再說）。直到乾隆末年新疆天山北路的人口才恢復到27萬。而清王朝帶來的士兵和家眷以及漢人移民，一共才有20萬，在乾隆中期，整個新疆的人口數量大概是50萬左右。到清朝末年，新疆的人口數量才超過了兩百萬。
新疆人口少，還有很多民眾還不在清朝直接控制下。天山北路的烏魯木齊、奇台、昌吉等地實行郡縣制，這些地區是清朝控制新疆的中心，滿洲八旗也駐紮在這些地方，到乾隆晚期這些地方人口總數達到了20萬以上。哈密、吐魯番等地因為歸附清朝較早也被高看一等，當地的民眾和遊牧於新疆的厄魯特、土爾扈特蒙古一樣施行扎薩克制度，這些地區為清朝提供了厄魯特騎兵人馬。天山南路，包括伊犁在地的廣大地區，清朝施行伯克自治，由伯克們分掌錢糧、商賈、訴訟、水利等事項，控制當地民眾。清朝只在伊犁有駐軍，伊犁地區北部的駐軍加上家眷和流放犯總數是七萬人，天山南路地區很多地區駐軍和屯田幾乎是零。也正是因為直轄的人口不多，清朝的駐軍也相應不多。
清朝駐軍每年至少需要16萬石糧食，這筆糧食不是小數字，因為清朝漕食收入在全盛時期是800萬石。清朝政府因此給新疆駐軍撥出了120多萬畝土地，讓數千名駐軍進行屯田耕種，每個屯田士兵每年要上繳的糧食標準是15石。好在新疆駐軍都是種地好手，到乾隆末年新疆軍屯的糧食已經有了50多萬石糧食的儲備，可以供應全軍三年（最高有125萬石的儲備）。即便是在嘉慶道光年間，清朝的軍屯也有30多萬石糧食的儲備。
清朝駐軍最大的問題不是糧食，而是銀子，因為物價高，新疆駐軍每年需要的銀子數量是400萬兩白銀，而道光年間每年全國的地丁銀總收入不過是2900萬兩左右，新疆一省的駐軍花費就花掉了地丁銀收入的七分之一。會過日子的道光皇帝甚至想出了不給新疆屯田士兵銀子，讓他們分糧食的“好主意”。因為新疆的糧價低，銀價高，這個主意激起了軒然大波。
浩罕國每次用和卓後裔在新疆鬧事，道光皇帝都要出動數萬大軍到新疆平亂，這些人花掉的白銀更是讓他吐血。在道光皇帝看來新疆就是一個無底洞，浩罕國遞來國書後，他就急衝衝地簽字了。
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