膠萊運河開創於元世祖至元中期，歷史上又稱運糧河，是因江南糧米由此 運往京師而得名。
膠萊運河南起黃海靈山海口，北抵渤海三山島，流經現膠南、膠州、平度、高密、昌邑和萊州等，全長200公里，流域面積達5400平方公里，南北貫穿山東半島，溝通黃渤兩海。膠萊運河自平度姚家村東的分水嶺南北分流。南流由麻灣口入膠州灣，為南膠萊河，長30公里。北流由海倉口入萊州灣,為北膠萊河,長100餘公里。
在元代，南方經濟得到迅速發展，作為政治中心的北方，特別是京津地區，各類生活和生產物資大量依賴南方，特別是漕糧運輸，成為元代一個非常突出的社會問題。為了解決這一問題，元朝政府主要採取了兩個辦法，一個就是大規模擴修運河，另一個就是大力發展海運。就運河來說，隋朝創修的連通南北的京杭大運河，到了元代，已經破敗不堪使用，為了恢復其功能，元朝政府開始了大規模的整修和取直，但由於先天的不足，主要是北方河段水量不夠，黃河、淮河經常氾濫、改道，泥沙淤積等原因，一直髮揮不了很好的作用。於是，在擴修大運河的同時，元代大力發展海運，同時由於這一時期造船技術和航海技術的不斷提高，在此之後，形成了以海道為主，大運河為輔的南北運輸線。在這一過程中，根據出版於2003年《中國海運史》的記載，見於史籍的是：元朝在至元十七年(1280)曾動議開通膠萊河，但僅在六年之後的至元二十六年(1289)，就取消了利用膠萊河的運輸計劃。
到了明代，在海道運輸上，關於膠萊河的開鑿與否再次提到議程。從《明史》的相關記載中我們可以看出，關於膠萊河的開通與否，曾經過多次爭論：
《明史》卷223《王宗沐列傳》記載：“隆慶五年，給事中李貴和請開膠萊河。宗沐以其功難成，不足濟運，遺書中朝止之。”
《明史》卷68《河渠志五·膠萊河條》：“明正統六年，昌邑民王坦上言：‘漕河水淺，軍卒窮年不休。往者江南常海運，自太倉抵膠州。州有河故道接掖縣，宜浚通之。由掖浮海抵直沽，可避東北海險數千裡，較漕河為近。’”部覆寢其議。
嘉靖十一年，御史方遠宜等複議開新河。以馬家墩數里皆石岡，議復寢。十七年，山東巡撫胡纘宗言：“元時新河石座舊跡猶在，惟馬壕未通。已募夫鑿治，請復浚淤道三十餘里。”命從其議。
至十九年，副使王獻言：“勞山之西有薛島、陳島，石砑林立，橫伏海中，最險。元人避之，故放洋走成山正東，逾登抵萊，然後出直沽。考膠萊地圖，薛島西有山曰小竺，兩峰夾峙。中有石岡曰馬壕，其麓南北皆接海崖，而北即麻灣，又稍北即新河，又西北即萊州海倉。由麻灣抵海倉才三百三十里，由淮安逾馬壕抵直沽，才一千五百里，可免繞海之險。元人嘗鑿此道，遇石而止。今鑿馬壕以趨麻灣，浚新河以出海倉，誠便。”獻乃於舊所鑿地迤西七丈許鑿之。其初土石相半，下則皆石，又下石頑如鐵。焚以烈火，用水沃之，石爛化為燼。海波流匯，麻灣以通，長十有四里，廣六丈有奇，深半之。由是江、淮之舟達於膠萊。逾年，復浚新河，水泉旁溢，其勢深闊，設九閘，置浮樑，建官署以守。而中間分水嶺難通者三十餘里。時總河王以旗議復海運，請先開平度新河。帝謂妄議生擾，而獻亦適遷去，於是工未就而罷。
三十一年，給事中李用敬言：“膠萊新河在海運舊道西，王獻鑿馬家壕，導張魯、白、現諸河水益之。今淮舟直抵麻灣，即新河南口也，從海倉直抵天津，即新河北口也。南北三百餘里，潮水深入。中有九穴湖、大沽河，皆可引濟。其當疏浚者百餘里耳，宜急開通。”給事中賀涇、御史何廷鈺亦以為請。詔廷鈺會山東撫、按官行視。既而以估費浩繁，報罷。
隆慶五年，給事中李貴和復請開浚，詔遣給事中胡檟會山東撫、按官議。檟言：“獻所鑿渠，流沙善崩，所引白河細流不足灌注。他若現河、小膠河、張魯河、九穴、都泊皆潢汙不深廣。膠河雖有微源，地勢東下，不能北引。諸水皆不足資。上源則水泉枯涸，無可仰給。下流則浮沙易潰，不能持久。擾費無益。”巡撫梁夢龍亦言：“獻佔執元人廢渠為海運故道，不知渠身太長，春夏泉涸無所引注，秋冬暴漲無可蓄洩。南北海沙易塞，舟行滯而不通。”乃復報罷。
萬曆三年，南京工部尚書劉應節、侍郎徐栻複議海運，言：“難海運者以放洋之險，覆溺之患。今欲去此二患，惟自膠州以北，楊家圈以南，浚地百里，無高山長坂之隔，楊家圈北悉通海潮矣。綜而計之，開創者什五，通浚者什三，量浚者什二。以錐探之，上下皆無石，可開無疑。”乃命栻任其事。應節議主通海。而栻往相度，則膠州旁地高峻，不能通潮。惟引泉源可成河，然其道二百五十餘里，鑿山引水，築堤建閘，估費百萬。詔切責栻，謂其以難詞沮成事。會給事中光懋疏論之，且請令應節往勘。應節至，謂南北海口水俱深闊，舟可乘潮，條悉其便以聞。
山東巡撫李世達上言：“南海麻灣以北，應節謂沙積難除，徙古路溝十三里以避之。又慮南接鴨綠港，東連龍家屯，沙積甚高，渠口一開，沙隨潮入故復有建閘障沙之議。臣以為閘閉則潮安從入？閘啟則沙又安從障也？北海倉口以南至新河閘，大率沙淤潮淺。應節挑東岸二里，僅去沙二尺，大潮一來，沙壅如故，故復有築堤約水障沙之議。臣以為障兩岸之沙則可耳，若潮自中流衝激，安能障也？分水嶺高峻，一工止二十丈，而費千五百金。下多碙石，掣水甚難。故復有改挑王家丘之議。臣以為吳家口至亭口高峻者共五十里，大概多碙呴石，費當若何？而舍此則又無河可行也。夫潮信有常，大潮稍遠，亦止及陳村閘、楊家圈，不能更進。況日止二潮乎？此潮水之難恃也。河道紆曲二百里，張魯、白、膠三水微細，都泊行潦，業已乾涸。設遇亢旱，何泉可引？引泉亦難恃也。元人開浚此河，史臣謂其勞費不貲，終無成功，足為前鑑。”巡按御史商為正亦言：“挑分水嶺下，方廣十丈，用夫千名。才下數尺為碙石，又下皆沙，又下盡黑沙，又下水泉湧出，甫挑即淤，止深丈二尺。必欲通海行舟，更須挑深一丈。雖二百餘萬，未足了此。”給事中王道成亦論其失。工部尚書郭朝賓覆請停罷。遂召應節、栻還京，罷其役。嗣是中書程守訓，御史高舉、顏思忠，尚書楊一魁相繼議及之，皆不果行。
崇禎十四年，山東巡撫曾櫻、戶部主事邢國璽復申王獻、劉應節之說。給內帑十萬金，工未舉，櫻去官。十六年夏，尚書倪元璐請截漕糧由膠萊河轉餉，自膠河口用小船抵分水嶺，車盤嶺脊四十里達於萊河，複用小船出海，可無島嶕漂損之患。山東副總兵黃蔭恩獻議略同。皆未及行。”
此外，《明史》卷79《漕運》條中亦載：“隆慶中，運道艱阻，議者欲開膠萊河，復海運。由淮安清江浦口，歷新壩、馬家壕至海倉口，徑抵直沽，止循海套，不泛大洋。疏上，遣官勘報，以水多沙磧而止。”
由此可見，元明二代，關於膠萊河開通與否的問題上，經過多次的爭論以及具體的實踐，均告以失敗，其中主要有兩個問題一直是當時社會無法解決的：一個就是泥沙極易淤積，前開後淤，雖花費鉅萬，但勞而無功，所謂“大潮一來，沙壅如故。”其二就是水量不能得到充分保證，運河雖開但無充足水量，依然無法行船。
開鑿膠菜運河最大的弊端就是把位於膠萊平原中間部位的一個大湖給弄沒了。
這個大湖元、明、清都叫做百脈湖，再往前歷史上也被稱為夷安澤、瀦澤、西濼等等，不同的朝代時名字不同，湖面大小也不一樣。但是這個湖泊在元代之前是始終存在的，並且面積也不算小。比如唐朝時李吉甫編著的《元和郡縣圖志》上記載夷安澤為周長40裡。
正是因為百脈湖有這麼大的面積，就被元朝官員“盯”上了。由於膠萊運河不併在是一個平面上開鑿出來的，河水無法在一個平面上互相流通。如果需要行船，必須建立船閘，組成梯級的河面才能使運糧船從南向北通行。船閘的開合就需要隨時放水、補水。在京杭大運河上，山東西部的南四湖就起到補水的作用，被稱為“水櫃”。在膠萊運河上，百脈湖也被賦予了“水櫃”的角色和重任。
與南四湖隨時能夠得到周圍水量充足的多條大河補充水源相比，百脈湖就有些先天不足，它周圍河流的流域面積特別小，也就造成百脈湖給運河補水時，在旱季不能補充足夠的水量，到了雨季又因為靠近海洋，雨量又極為充足，沖毀河道設施不說，還會給運河帶去大量泥沙。總的來說，百脈湖的“水櫃”作用發揮不充分，給運河提供的水量不均勻。
元朝後來棄用了膠萊運河，給百脈湖帶來了致命傷害：因為給開鑿的運河提供水源，在湖與運河之間還開鑿了很多通道，供給各船閘閘室使用。運河棄用之後，船閘沒人去管理維護，再加上元朝本身國祚就短，又很快就趕上了改朝換代，在兵荒馬亂的時候就更沒人去理會這些船閘了。
百脈湖的地勢要比膠萊運河兩頭下游要高一些，在船閘損壞了之後，湖水就順著元朝時開鑿的那些通道流入運河“跑”走了。所以在明朝，這樣一個大湖就銷聲匿跡了，甚至連明末清初的著名地理志書《讀史方輿紀要》裡就找不到這個湖泊的記載。
湖泊沒了成為什麼了？當地的一些官方介紹裡是這麼說的：“由明至清初近三百年的演變和群眾長期的生產鬥爭，挖溝排水，築田耕稼，創造了臺田，發展了生產。到清代中期，已是糧油俱收、村落紛呈的農業區域。”既然湖水沒了，在愛田地如命的我國勤勞的勞動人民心裡就要想辦法把它變成良田才對。
百脈湖的位置在今天在山東省濰坊市高密市市區北側，它的範圍包括高密市的其範圍包括今夏莊、姜莊、仁和、大牟家等鎮區域。大概是膠濟鐵路和高密、平度兩市的界河膠萊河所環抱起來的區域。在上個世紀70年代的衛星地圖上還可以清晰的看到這個湖泊的輪廓。
就這樣，開鑿運河、發展交通事業“業務不熟”的元朝，不僅花費巨資開鑿的運河用不上，甚至還把一個存在了千百年的山東半島上的第一大湖給整沒了。今天只能在高密市的百脈湖路、百脈湖社區等地名上找到它曾經的影子了。
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