洪武二十一年，藍玉率領十餘萬明軍打到捕魚兒海，這是洪武年間明軍對殘元勢力的最後一次重大打擊，元嗣君脫古思帖木兒帶著天保奴、捏怯來、失烈門等人逃走。不久，元嗣君父子被部下勒死，以後的幾位繼承人也都不得善終，殘元的勢力徹底瓦解。
如此一來，明軍在北方基本沒有了強勁的對手，於是朱元璋開始了新的嘗試，就是把更多的兒子分封到北方各地，並以他們為統帥，輔以經驗豐富、戰力強大的將士，用這種全新的組合掃蕩北境。
洪武二十三年春天，朱元璋派晉王、燕王、齊王幾個兒子率軍出征，兵分兩路討伐殘元丞相咬住、太尉乃兒不花，同時任命潁國公傅友德為徵虜前將軍，趙庸、曹興為副將軍，聽從晉王、燕王的節制。
朱元璋如此嘗試的目的，就是放手讓兒子們在實戰當中錘鍊一下身手，豐富他們的實戰經驗。
結果晉王一路沒有遇到元軍，空手而回。而燕王朱棣一路從古北口出塞，派人偵察到乃兒不花等人在迤都一帶活動，朱棣指揮大軍冒雪前進，又派使者去見乃兒不花，勸他投降。乃兒不花看到明軍大軍壓境，自己的人馬根本不是對手，只能投降。
洪武二十四年五月，朱元璋派齊王朱槫率領王府護衛騎兵到開平一帶圍獵，注意，這裡說的是圍獵，不是打仗。
對於山東都司下屬的騎士，朱元璋指示他們聽從傅友德指揮，朱槫不要插手。他特別提到，萬一遇到戰事，朱槫和他的王府護衛軍一定要跟隨在傅友德的左右，“有膽略則當先，無膽略則繼後”，而且戰後不許爭功。
洪武二十六年，朱元璋派晉王率領山西、河南等地明軍出塞，同時卻命令馮勝、傅友德、常升、王弼等人返回南京。
洪武二十八年，分派晉王、周王率軍出塞屯田，派燕王朱棣帶領總兵官周興率軍巡視遼東，並在次年巡視大寧。
所有這些軍事行動，曾經都是以公、侯統帥，如今戰場上基本不再有強勁的對手，所以逐漸改由朱元璋的兒子們掛帥，前後的變化非常明顯。
與此同時，朱元璋在更北方的一些重要節點設置軍衛，駐兵屯田，築城守衛，讓整個北方的防禦系統更有縱深。
比如洪武七年，設立察罕腦兒衛指揮使司，任命塔剌海為指揮僉事，察罕腦兒這裡產鹽，通過煮鹽可以保障自己的供給。
洪武二十一年七月，朱元璋下令在大寧設置北平行都指揮使司，任命周興為都指揮使，並在大寧、會州、富峪、寬河等地修拓城池，建造軍營和糧倉。其中大寧城的規模最大，共設有五座城門，城牆的周長達到了三千多丈，相當可觀。大寧等地北鎮草原、東指遼東，位置極為重要。
一年以後的洪武二十二年夏天，朱元璋進一步在大寧以北設置朵顏、福餘、泰寧三衛，任命阿札失裡為泰寧衛的指揮使，海撒男答溪為福餘衛的指揮同知、脫魯忽察兒為朵顏衛的指揮同知，准許他們率領自己的部族在劃定的區域內遊牧，保持他們自己的生活習俗。
朵顏三衛的設置，表明朱元璋在武力征討的同時，開始嘗試更積極更徹底的管理方式。可惜，朱棣後來把大寧和朵顏三衛一起放棄，讓這種嘗試前功盡棄，令人扼腕。
洪武二十九年，朱元璋又下令在開平設立軍衛，並建築城池，所需要的軍糧從北平一帶轉運。
在人生的最後十年中，明太祖朱元璋利用低烈度的實戰磨練親王，構建北方的防禦體系，同時開始利用各種名目，逐步清除明軍的高級將領。
洪武二十三年，朱元璋重新深挖胡惟庸一案，韓國公李善長、吉安侯陸仲亨等人被處死。
洪武二十五年皇太子朱標死後，更多的武將遭難，其中侯爵以上的就有：周德興、葉升、藍玉、張翼、陳桓、曹震、硃壽、張溫、傅友德、王弼。最後一個被處死的大將是宋國公馮勝，時間是在洪武二十八年。同年，信國公湯和病死。
至此，曾經率領明軍馳騁北疆、深入大漠的諸多武將全部被清除，老年的朱元璋按照自己的設想完成了北方佈局。
於左 撰
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