南澳，商朝時為南越地，周朝、春秋時期為揚越境地，戰國時期為百粵地，秦、漢時期為南海郡揭陽縣地，隋、唐、宋時期南澳屬海陽縣。
明萬曆三年（1575年），南澳設漳、潮副總兵，南澳副總兵受二省之制，又制二省之兵。劃深澳、隆澳屬廣東潮州府，雲澳、青澳屬福建漳州府。
清康熙二十四年（1685年），南澳設總兵，帥閩粵舟師，深澳、隆澳屬廣東潮州府，雲澳、青澳屬福建漳州府。清雍正十年（1732年），南澳設海防同知，置南澳廳，照州縣之例建置。
民國元年3月（1912年），南澳改總鎮府為軍政府。同年7月，改南澳廳為南澳縣，南澳第一次建縣，直隸廣東巡按使管轄。民國三年（1914年），將原屬福建管轄的雲澳、青澳劃歸廣東省，結束兩省共管建制。民國三十四年（1945年）9月24日，南澳復員。民國三十六年（1947年），南澳屬廣東省第六區行政督察專員專署管轄。民國三十八年（1949年），南澳屬廣東省第八區行政督察專員專署管轄。
1950年2月23日，南澳解放，同年6月1日，成立南澳縣人民政府，隸屬廣東省人民政府潮汕專員公署管轄。
1952年，南澳縣屬粵東行政公署管轄，同年6月，南澳撤銷縣級建制，改稱為澄海縣南澳特區（因國務院沒有批准，沒有對外公佈）。
1953年5月，南澳恢復縣級建制，仍屬粵東行政公署管轄。
1956年11月16日，南澳縣屬汕頭專區管轄。
1958年11月，南澳撤銷縣級建制，其行政區域併入饒平縣，成立饒平縣南澳人民公社（1959年3月20日，國務院行文批准執行）。
1959年11月13日，南澳恢復縣級建制，成立南澳縣人民政府委員會。
1968年3月，南澳成立南澳縣革命委員會，隸屬汕頭地區革命委員會領導。
1980年12月，南澳重新成立南澳縣人民政府，屬汕頭地區行政公署管轄。
1983年12月22日，南澳縣屬汕頭市管轄至今。
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