大棚蔬菜使用煙霧劑防治病蟲害，省工、省力、省藥，但是使用不當很容易造成藥害的發生，如出現葉片白化、幹邊的現象，有的甚至造成落花落果。使用煙霧劑預防病害要在病害發生初期用藥，這樣能及早控制發病程度。例如，冬季常見的灰黴病在發病初期時，病菌的孢子量較少，此時用藥一般都可以將病菌孢子控制在較低的水平，從而避免日後灰黴病的大發生；在蟲害發生初期用藥，此時害蟲對藥劑的抵抗能力差，且發生量少，便於控制。具體施藥方法如下。
一、 計算劑量。
煙霧劑是靠有效成分點燃後散發的煙霧上升來防治病蟲害。因此，用藥之前，先按照大棚的長、寬、高準確計算出大棚的容積，然後再根據蔬菜的大小、發病程度、煙劑的有效成分含量等因素，推算出煙霧劑的用量，千萬不能為了增強防治效果而隨意增加用藥量。
一般情況下，如常用的 45%百菌清煙劑、10%腐黴利煙劑、15%多菌靈煙劑等，一次用量 0.3~0.4 克 / 立方米，摺合每 667 平方米 （畝） 大棚用煙霧劑300~400 克。注意同一種煙霧劑，在不同蔬菜上用量也有差別，如異丙威用在黃瓜上每立方米需要用 0.25 克，而用在茄子上每立方米則需要用 0.33克。
二、布點均勻。
擺放煙霧劑時，一般把煙霧劑放在走道或澆水溝（磚）上，均勻布點。要注意藥劑不要靠近蔬菜，避免燃放時植株接觸藥劑過多，導致發生藥害。因連陰天棚室溼度較大，藥劑最好放在乾燥的地面上，以防潮溼影響煙燻效果。根據用藥面積和空間，確定好施用量，多點布放，布點要均勻，並用鐵絲、磚塊、石塊等做支架，將煙劑支離地面20~50 釐米，一般每 667 平方米（畝）設4~5 個燃放點，燃放時應從大棚內向門口按順序點燃，注意吹滅明火，使其正常發煙。
點完後立即密閉棚室門窗，次日早晨充分通氣後方可進行農事操作。在陰雨天的白天施藥後迅速密閉 4~6 小時後才可放風作業。
三、煙霧劑要單用，不要混配使用。
當棚裡既有病害又有蟲害時，有的菜農為圖省事，在同一晚上，既點燃殺菌煙霧劑，又點燃殺蟲煙霧劑，這樣做其用量無疑是翻了一番，且很容易導致藥害。
四、 藥劑選擇。
防治大棚黃瓜霜黴病、疫病，番茄早疫病、晚疫病、灰黴病等，可選用 45%百菌清煙劑或 15%腐黴·百菌清 （克菌靈）煙劑，每次每 667 平方米（畝）用藥200~250 克。
防治黃瓜白粉病，可選用 15%腐黴·百菌清煙劑，每次每 667 平方米（畝）用藥 250 克。
防治菌核病，可選用 10%腐黴利煙劑或 15%腐黴·百菌清煙劑，每次每667 平方米（畝）用藥 250~300 克。
防治西葫蘆灰黴病、黃瓜灰黴病，可選用 15%腐黴利煙劑或 45%百菌清煙劑，每次每 667 平方米 （畝） 用藥200~250 克，或 3.3%噻 菌 靈 煙 劑 每667 平方米（畝）棚室用藥 350 克。
防治蚜蟲、潛葉蠅、溫室白粉蝨等，可選用 22%敵敵畏煙劑，每次每 667平方米（畝）用藥 300~400 克。病蟲害發生嚴重或棚室密閉性較差時，可適當增加用藥量或縮短施藥間隔期。
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