冰河時期
冰河時期的庫頁島與大陸相連。島上原住民是以阿伊努族（或譯愛努族）和尼夫赫族（金代至明代稱之為“吉里迷”，清代稱之為“費雅喀”，俄羅斯殖民者最早稱之為“吉利亞克人”）為代表的古亞細亞人，以及以赫哲族和鄂倫春族為代表的通古斯人，主要靠打獵、捕魚為生。
元朝之前
庫頁島
西漢初年，中國中原地區對庫頁島的地理情況有了粗略的了 解。史書記載至少在晉代，中國中原地區清楚知曉庫頁島是黑龍江口外的海中島嶼。島上最早的人類生活遺蹟已經距今三四千年之久，且這些居民的人種和文化習俗上與與黑龍江下游和烏蘇里江以東類似。在庫頁島上發掘出了隋（581－618）、唐（618－907）和宋（960－1279）時期的玻璃珠和耳環，遼（907－1125）、金（1115－1234）時期的銅鐘，這些工藝品是島上居民及其在大陸上的同宗從中國內地交換帶回的。
從隋唐時期起，中國對包括庫頁島在內的黑龍江下游地區開始行使行政管轄權。自唐朝建立以後，居住在東北地區的慄末靺鞨、黑水靺鞨（包括居住在庫頁島上的郡利、窟說和莫曳皆等部）以及其它部族，便歸服於唐朝，接受唐朝的統治。唐朝政府自開元十三年（725年），開始在黑龍江下游地區設置黑水軍，繼而又設置黑水都督府，進行有效的管理和統治。
10世紀時，遼朝政府的五國部節度使管轄著庫頁島。
12世紀時，庫頁島處於金朝政府管轄之下。
元朝時期
元朝遼陽行省
13世紀時， 元朝政府繼續對庫頁島實施有效管理。為了有效地管理黑龍江下游地區及其庫頁島等地，於至元元年（1264年） “徵骨嵬。先是，吉里迷內附，言其國東有骨嵬、亦裡幹兩部，歲來侵疆，故往徵之。”
元朝政府又於至元二十二年（1285年） 在黑龍江口的奴爾乾地方設置徵東元帥府，加強對黑龍江下游及庫頁島等地的管理，隸屬於遼陽等處行中書省。
為了達到徹底征服庫頁島上的諸族，元朝政府從1263年至1308年連年對庫頁島用兵，最終招撫了骨鬼等部。自此以後，庫頁島上的諸族每年都向元朝政府交納毛皮稅，以海東青、貂鼠、水獺、海豹皮等為貢賦。
明朝時期
明朝奴爾幹都司
明朝建立後，當地首領去北京朝見明朝皇帝，明朝政府又在亨滾河口（今阿姆貢河口） 對岸的特林地方設奴爾幹都指揮使司，管轄黑龍江、 烏蘇里江流域，其中包括庫頁島。明軍在庫頁島上設置了衛所屯駐。島上居民繳納的貢品主要是黑兔、黑狐、貂皮、獵鷹、白兔、皂雕、鹹魚等，實際上是一種賦稅。
1412年，明朝政府在庫頁島北部近海處設立囊哈兒衛（清代稱朗格里），在中部波羅河流域設波羅河衛，在東部駑烈河流域設兀烈河衛，各衛下轄所，管轄當地的軍事及民政事物。明朝政府為了更有效地管理黑龍江下游及庫頁島等地區 ，曾先後10次派太監亦失哈出巡奴爾乾地方，並在特林建立了永寧寺，樹立了《敕修永寧寺碑記》 和 《重建永寧寺碑記》 兩塊石碑，以記載對黑龍江下游及庫頁島等地的管理之事。
1430年，明宣宗 “敕遣都指揮康旺、王肇舟、佟答敕哈等仍往奴兒干都司， 撫卹軍民。敕渝奴兒干海東囊阿里、吉列迷、恨古河（今亨滾河）、黑龍江、松華江、阿速江 （今烏蘇里江） 等處野人頭目奉阿、囊哈奴等令皆受節制”。
清朝時期
美國曆史教科書中的1760年清朝疆域圖
1616年以後，庫頁島在努爾哈赤所建立的後金政權的管轄之下 。據文獻記載：“清太祖遣兵四百收瀕海散各部 ，其島居負險者刳小舟二百往取，庫頁內附，歲貢貂皮，設姓長、鄉長子弟以統之”。清朝建立以後，庫頁島先歸寧古塔副都統管理（在1715年以前） ，後來又劃歸三姓副都統管轄。 庫頁島上的居民每年到黑龍江下游的普隆靄（亦作普祿鄉）向清朝政府交納貂皮。
1689年（清康熙二十八年），清政府與沙皇俄國簽定《尼布楚條約》，當中規定：黑龍江以北，外興安嶺以南，格爾必齊河、額爾古納河以東至海為中國領土，但當時俄國人並不知曉庫頁島的存在，中國方面的認知是將庫頁島包括在內。清朝康熙年間有明確記錄的庫頁島編戶工作有三次，即二十九年（1690年）、四十九年（1710年）、五十一年（1712年）。庫頁島在法理上歸屬中國，但19世紀被割讓前部分地區實際上被俄國和日本所控制。[3]
庫頁島居民收藏的乾隆四十年文書
1709年，康熙皇帝派遣地形測量隊陪同三位耶穌會修士測量全國版圖，他們到了黑龍江下游，耶穌會士得知黑龍江口外有一個大島以及島上居民同滿人貿易、飼養馴鹿。翌年第二支由滿人組成的測量隊成功地橫渡韃靼海峽到達了庫頁島。清朝測量隊在庫頁島上豎立了刻有滿語碑文的石碑和木碑。[4]
1732年（清雍正十年），清政府正式設立三姓副都統衙門來管理黑龍江下游、烏蘇里江流域及瀕東海地區和庫頁島遼闊疆域，統以吉林將軍。衙門成立時規定，“居住海島之庫頁費雅喀人貢貂，則由三姓副都統衙門派出官兵，前往約定之奇集噶珊收集貢貂並頒賞烏林。如不前來約定之地，則令官兵尋入海島，喚起前來，徵收貂皮並頒賞烏林。”同年，三姓副都統衙門完成了對庫頁島的編戶工作，三姓副都統帶人渡海登島，招撫當地住民。[5]
清朝管轄下的庫頁島居民，各設姓長（哈喇達）、鄉長（噶珊達）分戶管轄。康熙《皇輿全覽圖》上標明庫頁島上有七個“噶山”：東海岸方面為厄裡耶、披倫兔、薩衣，西海岸方面為拉喀、特懇、衣堆、蒲壟。
1820年清朝疆域圖
1742年（清乾隆七年），居住在庫頁島魁瑪鄉的赫哲費雅喀人“霍集琿”（與清宗室聯姻的邊民）伊特謝努，殺死赫哲費雅喀人戴柱及鄉長阿喀圖斯等人。命案發生後，前往該處收納貢貂的章京即呈報吉林將軍和三姓副都統，經奏準，由吉林將軍派出寧古塔協領福順及三姓協領赫保等80餘名官兵捉拿人犯伊特謝努，同時吉林將軍還派人赴庫頁島達裡喀鄉接取庫頁費雅喀人舒隆武嚕姓長齊查伊、陶姓姓長雅爾齊，以便訊明情由，斷案處理。[6]
清朝將庫頁島劃入吉林將軍治下的三姓副都統衙門的轄境之中
17世紀至19世紀，庫頁島上的阿伊努族、費雅喀族和赫哲族，一直派出納貢代表團到清政府設在黑龍江邊的行署交納貢賦，一些原住民首領甚至遠行至寧古塔和吉林。清朝允許庫頁島派出的納貢代表團到北京，清政府的政策是鼓勵庫頁島人的首領赴京娶親，所以他們也願意長途跋涉。清政府賞賜納貢代表團豐厚的物品，其中一些錦緞鏈珠、扇子，衣物、菸斗、縫針流入日本。部落居民在滿洲行署用皮毛換取貨物，他們也把這些貨物轉手賣給來自庫頁島南部或北海道北部的日本商人。這些日本商人將買到的中國貨物運至大阪和江戶（今東京）高價出售。這種轉手貿易歷史上被稱為“山旦貿易”，“山旦”一詞按阿伊努語是指黑龍江下游一帶的Goldi部落。根據清政府管轄庫頁島的官方檔案（今《三姓副都統衙門滿文檔案譯編目錄》庫頁島部分），至少到“咸豐元年（1851年）五月二十五日”，庫頁島仍處在清政府的有效管轄下。[4]
1858年和1860年，俄國迫使清政府簽訂《璦琿條約》、《中俄北京條約》一系列不平等條約，包括庫頁島在內的100餘萬平方公里中國領土割讓給沙俄，自此庫頁島在法理上和實際上，都已經徹底脫離了中國。此後相當長一段時間，烏蘇里江以東的赫哲人與費雅喀人，仍“全部不服從俄國政權，而服從中國政權”，“仍然每家每戶逐年”向清政府貢貂。有據可查的庫頁島最後一次貢貂皮的時間為1873年（清同治十二年）。
日俄爭奪
• 日本
1295年，日本日蓮宗第二代祖師日持上人前往庫頁島傳教，並且在島上建立日蓮宗據點。
哈佛大學出版的中國歷史地圖表明日本在18世紀佔領了庫頁島最南端
1297年，以日本津輕地方為根據地的蝦夷管領安東氏率領“骨嵬”向黑龍江流域侵略。
1485年，庫頁島本地阿伊努族首領向武田信廣獻銅雀臺。
1593年，豐臣秀吉派遣大將松前慶廣攻佔所有蝦夷族（阿伊努族）土地，其中包括阿伊努族控制的庫頁島最南端。
1635年，松前公廣派村上掃部左衛門巡視庫頁島。
1644年，松前藩提出為日本全國國土繪製地圖，是為《正保御國繪圖》。本圖首次把北海道及庫頁島等原本由當地原住民居住的地方劃入日本領土。
1679年，松前藩在庫頁島的久春古丹建造臨時性的漁民居住所，並開始與當地阿伊努族居民進行貿易。
英國出版的1835年中國與日本地圖
17世紀上半葉，日本對當時隸屬明朝奴爾幹都司管轄的庫頁島進行勘察和冒險活動。據日本的古文書記載： 寬永十二年（1635年），松前藩家臣曾前往庫頁島巡島。[7]
1738年至1739年，俄國人什潘別爾克中尉在尋找日本航線期間，從蝦夷人（阿伊努人）那裡得到知庫頁島的存在。[8]
1785年，幕府派遣工部吏山口鐵五郎等5人及隨從人員分兩路勘察千島群島和庫頁島，其結論是：“庫頁島的北部是隸屬於沿黑龍江而下擴張勢力範圍的中國清朝的”。[9]
1790年，松前藩派遣松井榦藩和新井隆助到島上窺探，並在庫頁島南端的白主設置市集。另一方面，日本派人與沙俄討論瓜分該島。
• 俄國
清代費雅喀人納貢場景
1697年，沙俄在黑龍江流域的擴張到達了堪察加半島，掀起了向北太平洋擴張的浪潮。1742年，俄國人舍利京克勘察了幾乎整個庫頁島的東海岸。沙俄政府於1756年派勃拉吉謝夫赴清朝商談關於允許沙俄船隻在黑龍江自由航行的問題，但遭到中國政府的拒絕。與此同時，英法等國的各種“勘察隊”也湧到了北太平洋地區。在這種情況下，沙俄政府為了奪取在北太平洋的“霸主”地位，決定全力支持1799年創設的“受皇家保護的”的俄美公司，其目標是使太平洋的整個北部牢固地為俄國所有，其中包括美洲西岸的加利福尼亞、夏威夷群島、庫頁島南部和黑龍江口。
1765年，俄國由於清政府在島上沒有正式駐軍，派遠征隊（由士兵和囚犯組成）襲上庫頁島北端，殺散了赫哲人，修起營舍並開採煤礦。1789年，俄國入侵庫頁島南部，登島後大肆屠殺島上的赫哲族居民，將他們驅逐回大陸，在母子泊地方修築政廳、教堂、監獄、學校等建築。
1803年，在沙俄政府的授意下組成了以伊·費·克魯遜什特恩為首的“環球探險隊”，該隊的使命是 “描繪東洋海岸和考察薩哈林島和阿穆爾河河口”。這次“探險”僅是沿庫頁島西北海岸航行到黑龍江口，並未繼續南航。克魯遜什特恩堅持認為庫頁島是個與黑龍江下游河口相連的半島。 與克魯遜什特恩同行的列扎諾夫上奏沙皇，建議用武力迫使日本開國。
• 爭議
清初傳教士所繪地圖，清朝東部疆域直達堪察加半島和楚科奇半島
在尚未得到沙皇的批覆的情況下，1806年10月10日，赫沃斯托夫等人的艦隊在庫頁島南端的亞庭灣襲擊了日本松前藩主的稅務所，焚燬倉庫，宣佈庫頁島為俄國所有。[10][11]
德川幕府命令遠山景晉等人趕赴庫頁島，將原松前藩主對庫頁島的統轄權收歸幕府直接管轄。與此同時，又命令仙台、會津兩藩，派兵戍守庫頁島等地。1808年初，德川幕府發佈“俄船驅逐令”，指令沿海各地，“今後無論在何處海面發現俄船，應即嚴加驅逐。如敢靠岸，應迅即逮捕或處死”。1808年春，正式派遣間宮林藏和松田傳十郎等前往庫頁島進行考察。1809年，間宮林藏再次對庫頁島進行了考察，並沿黑龍江溯流而上，訪問了中國清朝政府設在黑龍江下游德楞的地方政府，他注意到島上居民依舊向清朝地方政府交納貢物。[1]
1814年， 日本政府從南庫頁島撤兵， 廢棄了德川幕府的直轄權，恢復了松前藩主的對庫頁島的管理權力。[10]
1849年，涅維爾斯科伊在東西伯利亞總督穆拉維約夫的支持下，於6月26日乘“貝加爾”號軍事運輸船開往庫頁島東岸，再次對庫頁島進行“考察”，並繞過庫頁島北端，轉而向南侵入韃靼海峽。7月23日，涅維爾斯科伊率“貝加爾”號軍事運輸船又進入黑龍江口進行考察，然後向北返航，開往鄂霍次克海域。[12]
1833年德國Gotha出版的地圖承認庫頁島屬於中國
1852年初，涅維爾斯科伊佔據了黑龍江口，隨之由設在江口灣北岸的彼羅夫的冬營地派出一支哥薩克軍進入庫頁島，蒐集庫頁島的各種情報，為武裝佔領庫頁島做準備工作。
1853年4月23日，沙俄政府指令俄美公司立即佔領庫頁島，並且命令涅維爾斯科伊在庫頁島東西兩岸各設立一個武裝哨所。涅維爾斯科伊於同年8月在庫頁島東岸登陸，建立了以穆拉維約夫的名字命名的哨所，並且公然宣佈：庫頁島“屬俄國所有”。[1][13]
1854年初，由於沙俄在歐洲陷入了與英法兩國爭奪克里米亞戰爭，為避免英法海軍在北太平洋對沙俄的攻擊 ，不得不暫時從庫頁島上撤退。[14]
俄國的“遠東政策特別委員會”1852年5月委派普提雅廷為俄方的全權代表赴日進行談判。經過兩年多的談判 ，日俄雙方終於於1855年2月7日簽訂了 《日俄下田條約》。條約規定：在庫頁島問題上是“不劃邊界，維持原狀”。
1844年英國出版的地圖承認庫頁島屬於中國
1855年，幕府為加強對庫頁島的管理，從松前藩收回了蝦夷地的管理權，將其轉交幕府直轄的箱館奉行，並於次年正式在庫頁島設置管理機構。[15]
1856年，克里米亞戰爭結束，沙俄趁英法在中國發動第二次鴉片戰爭之機，在加緊侵佔中國黑龍江流域的同時，又出兵佔領了庫頁島，並把庫頁島劃歸東西伯利亞總督穆拉維約夫直接管轄之下。
1858年，中俄 《璦琿條約》 簽訂後，穆拉維約夫在得到沙俄政府允許後，親自赴日進行談判。1859年8月，穆拉維約夫在9艘軍艦的護送下到達江戶。在沙俄的武力威脅下，德川幕府當即委派代表同俄使穆拉維約夫舉行談判。
1860年，俄軍佔領了庫頁島的南端，致使日俄爭奪庫頁島的矛盾更加尖銳。
19世紀末的庫頁島原住民
1862年，德川幕府派遣竹內保德使團赴俄國的彼得堡進行談判。 日方提出以北緯50°線劃分邊界，而俄方則堅持以宗谷海峽為界，雙方談判未獲成功，日本再度失去了以北緯48°線為兩國邊界的機會。[1]
1866年，德川幕府在內外的壓力下，不得不再次派遣箱館奉行、小出秀實使團赴俄談判。
1867年3月30日 ，日俄雙方簽訂了《庫頁島暫行規定》，規定：俄國把俄屬千島群島中的得撫島等四島讓與日本，允許日本漁民在庫頁島居住；兩國的國界線仍以宗谷海峽，即北緯48°線為界；繼續保持原來的雜居狀態。[7]
1868年，日本明治維新後，國力漸強，開始與俄國在遠東展開競爭。
1870年2月13日，日本從“開拓使”中分離出“樺太開拓使”，由久春古丹開設。
1871年8月7日，日本取消“樺太開拓使”，再度統合到“開拓使”中。
沙俄統治
1875年5月7日，日本與沙俄簽訂《樺太千島交換條約》，沙俄把千島群島北部給予日本，換取日本在庫頁島的主權。日本則宣佈完全放棄庫頁島的主權，全島歸沙俄管治。在此期間，庫頁島是沙皇政府安置苦役犯和流刑犯的地方。
1904年，日俄戰爭，俄國戰敗，日本於次年佔領庫頁島全島。[16]
南北分治
清末庫頁島上俄國攝影師鏡頭下的費雅喀部落
1905年9月5日，根據日俄戰爭後的《朴茨茅斯和約》，沙俄割讓庫頁島北緯50度以南的地區給日本，日本在割讓地設立樺太民政署。
1907年3月15日，樺太民政署升格為樺太廳。
1909年，沙俄在庫頁島北部建立薩哈林州，首府為亞歷山德羅夫斯克。此後除了1918年至1925年，日本佔領庫頁島南部外，庫頁島北部地區都牢牢控制在俄國人手中。
1915年6月26日，日本發表《勅令第101號樺太ノ郡町村編制ニ関スル件》，在南樺太設立17郡4町58村。
遠東共和國地圖
1918年，日本趁俄國十月革命佔領全島，直到1925年才撤兵。
1919年，日本學者鳥居龍藏在島上發現了當地人稱為“卡拉霍通”的金代城池遺址。
1920年至1922年，由蘇俄勢力控制，名義上獨立的遠東共和國宣稱對庫頁島北緯50度以北的地區擁有主權。
1925年1月，日蘇在北京簽訂了關於兩國間相互關係的基本原則的協定（《日蘇基本條約》），規定“兩國建立外交關係”，“朴茨茅斯條約仍有效”，“在通商航海條約締結前，保證居住、旅行的自由”，在兩個議定書中，雙方進一步議定“ 1925年5月15日為期，日軍從北庫頁島撤退；在四十至五十年內向日本提供北庫頁島油田百分之五十的開發權以及提供特定地區的煤礦開發權。[17]
第二次世界大戰
1942年11月1日，日本拓務省（即殖民部）與其他省廳因為一元化計劃而合併成為大東亞省。樺太廳改為隸屬內務省之下。
南北分治時期的庫頁島劃分示意圖
1945年2月11日，美英蘇三國首腦在雅爾塔召開會議，簽訂了《雅爾塔協定》。“協定”規定：在德國投降及歐洲戰爭結束後兩個月或三個月內，蘇聯將參加同盟國方面對日作戰，其條件為“日本於1904年背信棄義進攻所破壞的俄國以前的權益須予以恢復，即庫頁島南部及臨近一切島嶼須交還蘇聯”，“千島群島須交予蘇聯”。在此協定下，同年8月8日，蘇聯向日本宣戰並出兵中國東北。美國承認蘇聯對整個庫頁島的佔領。9月2日，美國單獨佔領日本，蘇聯則把庫頁島南部、千島群島等地收歸己有，蘇聯在軍事上實現了對整個庫頁島的佔領。[18]
戰後
薩哈林州行政區劃
1946年2月2日，蘇聯發表宣言，聲明他們佔有庫頁島全島及千島群島。在庫頁島南部和千島群島（包括南千島群島）建立南薩哈林州。
1946年10月，蘇聯政府宣佈日本人將被遣返歸國，由此，大量的日本人在1948年前被遣返，但直到1950年還有少量人員被陸續遣返。
1947年1月2日，蘇聯將庫頁島北部與南薩哈林州合併為薩哈林州，改由俄羅斯蘇維埃社會主義聯邦共和國直接管轄。並且根據1949年6月1日施行的國家行政組織法而廢除樺太廳。
1951年9月8日，日本發表宣言，宣佈全面放棄庫頁島的主權。自此日本在庫頁島上的開拓史結束。蘇聯正式控制庫頁島全境。
蘇聯將薩哈林州的行政單位劃分為17個區、9個州屬城市、10個區屬城市、34個城鎮、66個行政農莊。1991年12月25日，蘇聯解體，薩哈林州隸屬俄羅斯聯邦。2000年5月13日，俄羅斯聯邦成立七個聯邦管區，薩哈林州屬遠東聯邦管區管轄。
如今庫頁島所在的薩哈林州，全州總面積8.71萬平方公里，人口49.79萬人（2010年），絕大多數居民都是俄羅斯移民。
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