朱元璋強化專制集權，主要是防止功臣官吏，卻忽略了一個重要方面，即皇族近親對皇權的威脅，對24個兒子和一個從孫共25人分封，其中，燕王朱棣、晉王朱崗、寧王朱權，均擁兵數萬，有權領導北方駐防的軍隊。同時，為了防止朝內權臣篡權，朱元璋賦予了封王有權向中央索取奸臣和“清君側”的權力。
朱元璋死後，反對分封的建文帝即位，在齊泰、黃子澄諸大臣的支持下開始“削藩”，引起燕王朱棣的反抗，南下攻南京“清君側”，自稱靖難軍，於建文帝四年攻下南京，惠文帝逃跑失蹤，朱棣入主稱帝（明成祖），改元永樂。
明成祖繼位後，繼續採取了鞏固中央集權的四大措施：繼續削藩，削減了齊王、寧王等諸王的權力，使軍政大權掌握在中央；設立內閣，選文職官員參與機要，後設內閣首輔，行宰相職能（明朝廢除了宰相），設內閣大學士，兼六部尚書；使用錦衣衛，設東廠由宦官掌管；遷都。
明成祖朱棣永樂四年（1406年），明令遷都北平，次年五月正式開始北平城的修建。
修建北平，從全國徵集能工巧匠，大規模營建北平宮殿，歷時13年，到1420年建成。都城規模宏大，分內城、皇城和紫禁城三部分，宮殿雄偉壯麗，現在的北京故宮基本上是當時興建的。
為了轉運糧食和便於調動軍隊，還疏通了大運河。由於長期的戰爭，此前大運河缺乏日常的維護，運河河道事故頻發。修治運河，徵調了數萬民工，據《漕河圖志》記載，“定役夫，自通州至儀真瓜州，凡四萬七千四人”。
一切準備就緒後，於1421年正式遷都北平，改北平為北京，南京為留都以穩定南方。從此，北京成為明朝政治、經濟和文化的中心。
明成祖為什麼要遷都呢？主要原因有三個方面。
一、加強對北方和東北的控制。都城在南京離北方遠，不利於制止漠北蒙古貴族殘餘勢力的南擾，遷都北平就是把都城遷往前線。
二、北平是燕王朱棣的王府舊地，長期據守經營，有堅實的基礎，有利於他的統治。
三、北平是金和元朝的故都所在地，其地理位置有利於控制全國，宋代以後成為戰略制高點，特別是便於對東北和北方的管理。
以北平為都城，最大的問題是水資源和供給問題，當時的工部尚書主管修竣了運河，保證了遷都後的保障問題。
歷史上對都城的選擇主要經歷了三個重要時期，隋唐以前在關中平原尋找都城，長期以長安為都，因為關中的經濟地位和政治地位起了決定作用，成為戰略制高點；第二個時期，由於中央王朝對江南財富的依賴及民族關係的複雜性，兩宋時期的都城在大運河沿線選址，如北宋的汴梁（今開封），南宋的臨安（今天杭州），在運河邊；第三個時期是元明清三朝定都北平，明成祖朱棣遷都北平後改為北京，從此，北京成為新的戰略制高點。
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