1911年10月12日，孫中山在美國從報紙上得到武昌起義的消息。他思慮再三，決定暫時不回國，而是留在美國，請見美國國務卿和日本外交官，隨後前往歐洲，遊說各國政要。他希望能夠獲得外國人的貸款和支持，但是這些努力沒有得到積極的回應。11月23日，他離開巴黎，踏上了回國之路。直到12月25日，他乘坐的英國郵輪“丹佛”號才在上海吳淞口口靠岸。時隔十六載，這位革命家才結束海外流亡生涯，回到故土。
江浙革命聯軍在12月2日攻佔南京，沒過多久，金陵城下就集聚了二十多萬響應起義的士兵，他們在各路將領的統率下，從江蘇和鄰近省市陸續趕來。孫中山抵達南京時，受到了革命陣營的熱烈歡迎，並且被擁戴為臨時大總統。大家都以為孫先生肯定從海外帶回大筆的真金白銀，因為他常年奔走於海外，與外國政府建立了良好關係。
1912年2月，南北和談告成，大清亡，民國興。孫中山如約卸任臨時大總統職位，轉而去實踐他所倡導的民生主義，號召人民興辦實業，並親自擔任全國鐵路督辦，準備籌借外資修築鐵路幹線。南方革命陣營的二號人物黃興暫時留守南京，負責善後。南京臨時政府解散，附著於政府的政客們輕裝簡行，前往北京的新政府。駐紮在南京城外的二十多萬士兵卻不可能北上進京。二十多萬士兵意味著二十多萬張嘴，四十多萬隻手。張嘴要吃飯，伸手要軍餉和槍械。這讓黃興苦惱不堪。
當時，駐紮在城外的軍隊可謂魚龍混雜，滬軍、浙軍、鐵血軍、衛戍軍、光復軍……名目繁多。自封師長者二十六人，號稱軍官者更是多如牛毛。各路軍官名下的士兵數量也含混不清，數百至數千人不等，以至於臨時政府的陸軍部難以統計出確切的兵員數量。各支軍隊互不統屬，軍官們為了擴充自己的隊伍，不惜互挖牆腳，鬧翻了就開槍互射。雖然高舉革命大義，但大義不能當飯吃，軍官們整日奔走於陸軍部，討薪索餉。他們聽說孫中山並沒有攜帶鉅款而來，失望至極，立刻翻臉不買賬，還諷刺他“放大炮”。南京臨時政府在1912年3月的財政支出總計為975萬元，其中陸軍部支出893萬元，其餘各部的支出相比之下都可以忽略不計了。
很多人納悶不解：此時，聚集在南京城外的軍隊如此之多，黃興可謂手握重兵，其地位相當於身兼六省總督，何不揮師北伐，蕩平北洋軍？殊不知，兵多並不代表戰鬥力強。革命軍雖然人數眾多，但是隻有粵軍、浙軍擅打仗，稱其餘部隊為烏合之眾一點兒也不為過。何況，打仗太費錢，留守在南京的黃興最缺的就是錢了。
南京臨時政府的財政狀況相當糟糕。由於革命導致的地方秩序混亂，財政基礎癱瘓，徵稅系統無法運行，地方政權又各自為政，賦稅根本收不上來。孫中山寄希望於外國，舉外債以解燃眉之急，但是直到南京臨時政府解散，外國列強也沒有伸手接濟。黃興身為臨時政府的陸軍部總長，每日為籌措餉銀各地奔走。蔡元培當選為臨時政府教育總長時，窮得連辦公場所都沒有，他詢問孫中山，得到的回答是：“此須汝自行尋覓，我不能管也。”後來還是在時任江蘇都督府內務司長馬相伯的幫助下，才暫借三間房間作為教育部的辦公室。
唐紹儀內閣成立時，黃興自願退出了陸軍總長的角逐，對袁世凱給他安排的參謀總長職位也是力辭不就，袁世凱隨即任命黃興為南京留守，負責裁撤南方革命軍，黃興竟一口答應下來。他委任李書城為南京留守府總參議，馬相伯為政務廳長，張孝準為軍務廳長。
裁撤軍隊是需要錢的——沒拿到足額的遣散費，誰甘願放下手裡的武器拍屁股走人？二十多萬的士兵，有多少人真是為了革命大義？恐怕懷揣升官發財夢的入佔了絕大多數吧。由於欠餉嚴重，再加上軍隊還要被廉價遣散，士兵們連乾飯都吃不上，只能喝稀飯勉強度日。士兵們終於不幹了。
4月11日夜晚，俞應麓統率的江西軍第二十七、二十八團總計二千多士兵譁變，端著槍跑進南京城大肆搶奪錢財，還濫殺無辜，影響極惡劣。兵變發生時，黃興不在南京，留守府的總務處長何成濬急調王芝祥統率的廣西軍進城平亂，不少譁變士兵被當場處死。翌日天曉，叛亂才被平息。事後，被處死的亂兵多達七八百人。當黃興急匆匆趕回南京時，士兵們的頭顱已經紛紛落地。他不忍卒視，心中自是悲苦萬分。畢竟，這些追隨他的士兵是因為供給極匱乏，才鋌而走險去搶劫的，他作為軍隊的最高統帥，負有不可推卸的責任。
軍隊發生譁變後，黃興一面加緊裁軍步伐，一面給袁世凱當政的北京政府發去急電，訴說軍隊岌岌可危的情形，請求財政援助。袁世凱對此置之不理，因為北京政府自顧不暇，財政狀況同樣窘迫。退一步說，袁世凱即便有錢，也不會接濟革命軍，他巴不得革命陣營蛙蚌相爭，自己漁翁得利。
唐紹儀在北京組閣後，熊希齡當選為則政總長。赴京上任前，黃興再三囑託他籌集一筆軍隊遣散費。熊希齡對這件事十分上心，上任後即與四國銀行團(即英國的匯豐銀行、法國的法蘭西銀行、德國的德華銀行、美國的美國銀行)接洽，商議善後借款事宜。熊希齡的“理財高手”之名絕非虛傳，他憑藉自己的好口才，說服四國銀行團的代表們，答應出借7000多萬兩鉅款。不過，四國銀行團的鉅款也不是隨隨便便就借出去的，他們要求派人對中國的財政、軍政進行監督。
熊希齡還沒來得及向黃興報告此消息，就收到了一封電文，斥責他甘受外國人愚弄，使軍政受制於外國，國家權力喪失殆盡。電文措辭嚴厲，不留顏面。落款處赫然署有“黃興”二字。熊希齡火冒三丈，他本是受黃興所託才費心盡力去借款的，沒想到現在反遭斥責，一片好心捱了一記響亮的大耳光，這口氣怎麼咽得下？盛怒之下，熊希齡把黃興發給他的催款電文公之於報，並將黃興狠狠嘲諷了一番。兩人自此鬧翻。得罪了財政總長，黃興的日子更加難過。
經過一番裁撤、整編，黃興終於把手裡的這個燙手山芋處理得差不多了——安徽都督柏文蔚帶走了鎮軍，浙江都督朱瑞帶走了浙軍，江蘇的軍隊交由江蘇都督程德全統率，揚州的軍隊歸中央政府直轄，廣西、廣東等地的軍隊或遣返原籍，或就地解散。
大功初成，黃興執意向袁世凱辭去南京留守的職位。同盟會希望黃興留任，以便保留實力，在南京形成一個與北洋勢力相抗衡的力量，但黃興去意已決。1912年5月31日，袁世凱批准了黃興的辭呈，南京留守府由江蘇都督接手。黃興悄然離開南京，回到闊別多年的故鄉湖南。離去的那一刻，想必他長長地舒了一口氣。
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