在供應鏈背景下，鏈上企業的風險已發生根本變化，其不僅受自身風險因素的影響，同時還受供應鏈因素的影響。一方面，供應鏈上核心企業較高的信用水平和增級效用以及真實貿易項下產生的自償性還款現金來源降低了上下游交易方的信用風險；
另一方面，供應鏈上各環節主體之間環環相扣，相互傳遞的風險因素又使各企業所面臨的環境更加的複雜多變。不僅包括主體自身的信用風險，同時還涉及到企業所處供應鏈的整體運營風險、交易對手風險、貿易背景真實性風險、交易資產風險、操作環節風險以及來自於物流監管合作方的風險等。
1.企業信用風險。在供應鏈金融中，核心企業掌握了供應鏈的核心價值，擔當了整合供應鏈物流、信息流和資金流的關鍵角色，商業銀行正是基於核心企業的綜合實力、信用增級及其對供應鏈的整體管理程度，而對上下游中小企業開展授信業務，因此，核心企業經營狀況和發展前景決定了上下游企業的生存狀況和交易質量。一旦核心企業信用出現問題，必然會隨著供應鏈條擴散到上下游企業，影響到供應鏈金融的整體安全。
2.上下游企業信用風險。在供應鏈背景下，中小企業的信用風險已發生根本改變，其不僅受自身風險因素的影響，而且還受供應鏈整體運營績效、上下游企業合作狀況、業務交易情況等各種因素的綜合影響，任何一種因素都有可能導致企業出現信用風險。
3.貿易背景真實性風險。在融資過程中，真實交易背後的存貨、應收賬款、核心企業補足擔保等是授信融資實現自償的根本保證，一旦交易背景的真實性不存在，出現偽造貿易合同、或質押物權屬/質量有瑕疵、或買賣雙方虛構交易惡意套取銀行資金等情況出現，銀行在沒有真實貿易背景的情況下盲目給予借款人授信，就將面臨巨大的風險。
4.業務操作風險。供應鏈金融通過自償性的交易結構設計以及對物流、信息流和資金流的有效控制，通過專業化的操作環節流程安排以及獨立的第三方監管引入等方式，構築了獨立於企業信用風險的第一還款來源。但這無疑對操作環節的嚴密性和規範性提出了很高的要求，並造成了信用風險向操作風險的位移，因為操作制度的完善性、操作環節的嚴密性和操作要求的執行力度將直接關係到第一還款來源的效力，進而決定信用風險能否被有效屏蔽。
5. 物流監管方風險。由於信息不對稱，物流監管方會出於自身利益追逐而做出損害銀行利益的行為，或者由於自身經營不當、不盡責等致使銀行質物損失。
6.抵質押資產風險。供應鏈金融模式下的抵質押資產主要分為兩類：應收賬款類和存貨融資類。存貨類融資的主要風險在於質物是否缺失、質物價格是否波動較大、質物質量是否容易變異以及質物是否易於變現等。
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