差异1、985和211的重点是大学评价，而“双一流”的重点是学科评价。
无论是“985工程”的39所高校（包括国防科技大学）还是“211工程”的100多所高校，都是基于对高校综合实力的综合评价。虽然之前有过国家一、二级重点学科的评价，但社会对一所大学的整体认知只依赖于“品牌”，而不是学科，影响不大。
对于“一流大学”和“一流学科建设大学”，有一个“一流学科建设大学”列表（137所大学），然后在此基础上选择“一流大学”（42所大学）。也就是说，首先要看一所大学是否有几个强学科（专业），然后根据其学科综合实力来评价一所大学的水平。
差异2、:985是211的升级版，而“双头等”不交叉。
如果211是密钥类，则985是密钥类。”“985工程”高校由教育部或中央其他部委直接管理，又称部级高校；除“985工程”高校外，“211工程”高校多为省部级高校，地方性较强。但985是211。
两个头等舱是两个并行评估系统。”“建设一流大学”以一流学科为基础，着眼于学校的整体建设和重点建设，全面提高人才培养水平和创新能力。共有42所大学，在原有39985所大学的基础上增加了3所大学。
一流学科建设以优势学科建设和促进特色发展为重点，现有95所高校。除以往大部分非985 211高校外，新增26所特色明显的高校——
差异3、985、211为固化标签，“双一流”为进、出。
985所或211所大学的名单已经确定了近20年。这两个项目对我国高等教育的发展起到了巨大的推动作用。但缺点也是显而易见的。许多非985、211类高校发展迅速，但由于“非重点”、“非部属”的标签，没有得到社会的认可。许多地方和大学对此表示不满。
而“双一流”是一个动态建设过程，遴选、认定不是一劳永逸教育部明确提出“双一流”建设要以学科为基础，对建设过程进行动态监测。根据评价结果等情况，对执行力强、进度好、效果明显的要加大支持力度；对执行力弱、进度慢、效果差的要给予警告，减少支持力度。
对施工过程中出现重大问题、不再具备施工条件、经警示整改仍无改进的高校和学科，及时调整施工范围。施工期结束后，根据最终评估结果等情况，重新确定下一轮施工范围。有进有出，打破身份固化，不搞终身制！
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