近日，一名信息學的博士生將研究過程中所使用的工具進行了總結，希望對其他研究者有所助益。
環境
筆記本電腦用MacBook Pro，平板電腦用iPad Pro + Apple Pencil，另外，以接入Ubuntu外部服務器為前提。
閱讀論文
在寫論文之前，我會使用GoodNotes對每個研究主題或項目的論文進行總結。如果iPad和Mac同步使用，則可以根據終端的特點來使用。比如，iPad更適合邊寫邊讀論文，Mac更適合根據主題整理多篇論文。
使用Mendeley來管理我的論文。Mendeley本身的支持不怎麼好，使用起來很麻煩，但僅需通過拖放就可將PDF和bib文件存入bib文件了。另外，從PDF文件中提取信息的準確性也很高。
寫論文
在寫論文的時候，我通常使用TeXPad，它在鍵入的同時可以進行排版。
隨著合著者數量的增加，Overleaf使用起來也很方便。Overleaf有很多會議的模板，如果是日語原稿的話，使用Overleaf版會比較輕鬆。不過，在大型會議的截止日期之前，Overleaf有時會癱瘓，所以完全依賴Overleaf是很危險的。
我將同時使用Overleaf與Dropbox，用TeXPad編寫Dropbox上的文件。這樣就可以舒服地在Mac上寫作了，並且可以讓合著者檢查最新版本。但是，如果共同作者也使用Overleaf進行編輯，那麼，它將移至Overleaf以防覆蓋。
另外，TeX的環境構築通常很麻煩，使用TeXPad和Overleaf的話基本就不會有問題了。
編寫代碼
自從我進入研究生院以來，大多數編碼都使用Python。PyCharm主要用作集成開發環境。它有很多功能，在插值和重構功能強大並且支持測試和調試。
當編寫帶有一個或兩個文件的簡單程序時，我也使用VSCode。VSCode還具有在遠程服務器上編輯文件的功能，我曾使用過一段時間，但最終還是回到了rsync操作。
使用hydra 以 yaml總結實驗設置。由因為能夠記述彙總了多個yaml文件的設定，所以我覺得會減少設置的錯誤。
寫“打開功能”標誌，不要寫“關閉功能”標誌
寫“打開功能”標誌，不要寫“關閉功能”標誌，這樣以後寫設置會很容易。通常，你可能會遇到覆蓋實驗日誌的問題，但是hydra很有用，因為它會將實驗的輸出收集到outputs下的良好目錄中。
將Pytest用於測試，最好為可能出錯的功能進行測試。
實驗配置
由於實驗室中有多個服務器可用，因此我們在Mac上進行開發，並使用rsync將開發資源庫與當前可用的服務器同步。
但是不想同步刪除實驗日誌，因此在.rsync_exclude中彙總了不希望被rsync處理的目錄和文件。
使用conda和direnv為每個項目構建不同的虛擬環境。conda用於構建Python環境，direnv更改目錄下的環境變量。例如，以下代碼創建了一個名為envname的虛擬環境，而project_dir使用了envname環境。
在遠程服務器上，可以使用tmux進行多個實驗，以對終端進行劃分。即使連接斷開，處理也不會結束。
使用rclone下載大量數據集和備份權重等，並將其複製到實驗室的Google Drive中。rclone可以使用rsync之類的命令與Google雲端硬盤和Dropbox共享文件。
管理學
研究想法、Todo以及主管會議等文件均在Dropbox Paper中進行了彙總，能夠顯示數學公式、鏈接到其他文檔、列出文檔中的待辦事項以及可由多人進行編輯，這非常方便。
原文鏈接：
https://note.com/moskomule/n/nce6af4cf88cd
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