洪武元年八月，明軍攻克大都，至此元朝宣告滅亡，退居漠北。元室北遷後，在中原及其周邊仍保留著完整的統治機構和一定的軍事力量，此外，北遷後的北元政權版圖依然遼闊，並且與東面元朝的藩屬國高麗，西面的中亞諸國都還保持著一定的聯繫。在這樣的情勢下，元順帝開始組織力量反攻，力圖收復大都，重新入主中原。明軍此時也按照朱元璋的既定作戰部署，開始向西挺進，奪取山西，平定陝西。陝西平定後，北元又組織力量反攻，但最終還是以失敗而告終。明軍遂一鼓作氣佔領上都開平，元順帝敗走應昌。隨著明軍在戰場上的節節勝利，鼓舞了明軍士氣，更鼓舞了朱元璋的信心。而此時元朝雖滅，但退據漠北的北元政權仍然與明朝相對峙，意圖復辟，時刻威脅著新生的明朝政權。因此朱元璋認為應趁熱打鐵，希冀能一舉消滅北元。“（北元）其志欲鍥幸尺寸之利，不滅不己．．．”。朱元璋為肅清元殘餘勢力，於洪武三年正月，命徐達率李文忠、馮勝、鄧愈、湯和等領兵分兩路出征。於是就有了接下來的沈略兒之戰和應昌之役。經過此兩戰後，明軍大獲全勝，迫使元主愛猷識理達臘退至和林，元順帝恢復中原的企圖以失敗而告終。但明軍的這次北征，並沒有實現一舉消滅北元的目標，因此朱元璋又不失時機的展開了頗具聲色的和平勸降攻勢。
元順帝在應昌病逝後，同年太子愛猷識理達臘繼位，是為昭宗，同時宣佈第二年為宣光元年。昭宗自應昌之役敗退後，重新建立汗廷，以廓擴帖木兒為右丞相，繼續養精蓄銳，坐等時機圖謀復國。當然了，密切注視漠北局勢的明朝方面絕不會坐視北元的東山再起。再者，在應昌之役後，明軍一鼓作氣，乘勝追擊故元軍殘部，發動了諸如武州之戰、進剿紅羅山殘敵之役及平定全寧路之役，這樣一來就使得接近明邊塞的地區己經基本平定了，下一個目標自然就是漠北了。洪武五年正月，朱元璋命徐達、李文忠、馮勝統領15萬大軍分三路進擊漠北，畢其功於一役，企圖一舉徹底征服殘元勢力。然而明軍的此次北征，本想一鼓作氣徹底征服北元政權，沒成想卻由於輕敵而致使中路軍和東路軍的慘敗，雖西路軍勉強勝利，但最終還是不能挽救明軍失敗的結局。而北元方面，挫敗了明軍自北伐以來幾乎每戰必勝，所向披靡的兵鋒，殲滅了大量明軍，極大的增強了北元的自信心。同時保衛了首都和林，使得北元政權得以延續。戰後，昭宗又開始執行中興計劃，組織對明朝的全面反擊。此戰之後，由於明軍深受重創，朱元璋不敢再輕易大舉北伐，同時也標誌著朱元璋以軍事手段征服蒙古的策略一時難以奏效，遂迫使朱元璋開始調整其戰略部署，即在軍事上暫時不再大舉出兵，而是側重於邊防之部署與建設，“明軍自是希出塞已。同時加強政治誘降攻勢，分化瓦解蒙古各部，然後再各個擊破。這就進入了對蒙作戰的第二階段。因此明蒙雙方又維持了前後十餘年的相對的和平與穩定。
嶺北之戰後到接下來的洪武十二年明軍的第三、四次北伐這七年間（洪武五年至洪武十二年）明朝方面側重於邊防之部屬與建設，而不再輕舉北征，同時對蒙古繼續展開和平攻勢。於當年（洪武五年）九月將在應昌之役被李文忠所俘獲的元昭宗愛猷識理達臘之子買的裡八剌扎送還蒙古，備之以厚禮。並且至書元昭宗道：“爾本元君子孫，國亡就俘。襄即欲遣歸，以爾年幼，道里遼遠，恐不能達。今既成長，朕不忍令爾久客於此。故特遣歸見爾父母，以全骨肉之恩。”又諭二宦者曰：“此爾君之嗣也，不幸至此，長途跋涉，爾善視之。”同年，又派已經降於明的故元大將李思齊對廓擴帖木兒進行勸降。與此同時，朱元璋還採取一系列安撫措施，對歸降明朝的蒙古各類人員進行妥善安置。而北元方面卻不為所動，反而乘明軍大敗之機發動反攻。同年（洪武五年）八月“侵雲內，突入州城。同知黃裡與其弟得亨率兵民與戰，裡死之，得亨亦被重傷十一月納哈出“寇遼東，劫牛家莊，燒倉糧十萬餘石，軍士陷沒者五千餘人”氣翌年，北元軍隊又襲擾瑞州、撫寧、永平、遷安、懷柔、蔚州、弘州、雁門、忻州、武州、朔州、苛嵐、保安、慶陽、會寧、蘭州、河州等地，並重新攻佔興和、亦集乃及甘肅行省的西北地區。洪武八年，納哈出復寇遼東。洪武九年以後，蒙古騎兵時常活躍於延安以北，不時擾邊。同時西聯吐魯番，南聯雲南故元梁王，東聯高麗氣明朝的此時的北部邊境可謂危機四伏。面對北元的瘋狂反撲，明軍在加緊防禦及和平攻勢之餘，也進行適當反擊。如洪武六年明軍攻元三岔山、大同之戰；洪武七年明軍攻元白登、大寧、豐州之戰等。儘管如此，明軍此期間對北元的戰爭都是些零星的規模較小的戰役，與之前明軍的大規模進攻相比，己不能同日而語了。
然而朱元璋一刻也沒有忘記徹底滅元，讓其臣服的既定目標，之所以養精蓄銳長達七年之久，一來嶺北之役明軍確實傷亡慘重，元氣大傷，需要時間修復。二來明朝剛建立不久，百廢待興。洪武十一年元昭宗愛猷識理達臘去世，其弟脫古思帖木兒於第二年即位。明朝在經過長達七年的蟄伏後，乘北元新汗剛立之際開始了反攻。
洪武十二年朱元璋命都督僉事馬雲統兵徵大寧。之後西平侯沐英率明軍又於洪武十三年取得了亦集乃路戰役的勝利。同時，徐達等人又於次年取得了討伐嶺東之役的勝利，全寧四部得以平定。且經過此一戰，嶺東一帶遂被明軍蕩平。
在平定嶺東之後，明軍把兵鋒直指遠在西南一隅的雲南，洪武十四年命傅友德等率兵30萬出征雲南，次年（洪武十五年）駐守＃南的故元梁王把匝刺瓦爾密兵敗自殺，雲南納入明朝的版圖。同年，明軍招降女真各部，至1384年（洪武十七年）女真地區被明朝所控制。這樣一來就切斷了高麗與北元之間的聯繫，之後明朝又迫使高麗臣服於明朝。在女真和高麗都被明朝控制之後，只剩下遼東的納哈出還偏安一隅了。而此時的納哈出在遼東擁兵幾十萬人，與元主東西成犄角之勢，成為對明是最大的威脅。明朝在做了充分的準備之後，終於在洪武二十年率軍征伐遼東。
洪武二十年正月，朱元瑋命宋國公馮勝為徵虜大將軍、穎國公傅友德、永昌侯藍玉為副將軍，率兵20萬征討納哈出。六月，馮勝師踰金山，大兵壓境，納哈出權衡一番後，接受乃啦吾的說降，被迫出降。九月納哈出至京師，朱元璋封其為海西侯，然後將其部眾妥善安置在各衛所中。
納哈出的歸降，使得遼東自唐末後重新納入漢族統治政權內，使明軍大為振奮。而遼東的丟失，對北元則是一個沉重的打擊，使得北元在中原再無據點，更為嚴重的是，在接連喪失雲南、女真地區、高麗和遼東後，北元汗廷則直接暴露在明朝的打擊範圍之下，成為明朝下一個兵鋒所指。在明軍節節勝利的情況下，朱元璋此刻似乎有點按耐不住了，“近胡虜聚眾，復立王庭，意圖不靖。聯當者年，及今弗剪，恐為後患。”於是在洪武二十年九月，朱元璋命藍玉為徵虜大將軍，率兵十五萬征討北元，聲言“肅清沙漠在此一舉”，欠年四月，明軍在捕魚兒海附近的哈刺哈河畔大破北元軍隊，襲破元主脫古思帖木兒大營。八月，藍玉肅清沙漠，又在和林攻破北元丞相哈刺章。十月，脫古思帖木兒及其子天保奴被丞相也速迭兒所縊殺。之後，捏怯來率其眾降明。
經此一戰，明軍大獲全勝。而此戰對北元來說可謂是毀滅性的打擊，在經濟和軍事等方面損失尤為慘重。蒙古勢力基本撤離內蒙，退至漠北，從此殘元遂不能復振。給以後蒙古政局的變化帶來了深遠的影響。此戰之後，朱元璋乘草原大亂之機，又開始積極安撫蒙古殘部。於第二年（洪武二十二年）在此地區設置福餘、泰寧、朵顏三衛安置來降的故元遼王阿扎失裡。從此，兀良哈三衛開始登上歷史舞臺，成為之後明蒙之間的一塊屏障和緩衝之地。
捕魚兒海戰後，也速迭兒殺害脫古思帖木兒及太子天保奴，隨後自立為王。也速迭兒奪得汗位後，諸多蒙古貴族及大臣不承認其合法性，知院捏怯來及丞相失烈門相繼投明。之後也速迭兒的勢力逐漸向東北延伸，擴張到了克魯倫河下游一帶，失烈門隨即附和，背叛明朝，殺了全寧衛指揮使捏怯來等，擄掠而去。此時叛去的還有失烈門的諸多同夥，如丞相咬住、太尉乃兒不花、知院阿魯帖木兒等。
面對北元降將的兩面性，朱元璋隨即派燕王朱棣率軍出古北口至漠北，迫降乃兒不花、咬住所部。此後，降明後的兀良哈三衛同時也受到也速迭兒東移南下的威脅，因此待動盪稍復平息，又各自叛去，依附於蒙古，且還不時的進犯明朝邊境。面對兀良哈三衛叛明的行徑，朱元璋命付友德率兵征服兀良哈三衛。在征服了兀良哈三衛後，朱元璋隨即又於洪武二十五年派兵肅清三衛東西兩面故元殘餘勢力，意圖完全控制三衛。之後又於洪武二十八年春夏之交命都督宋晟、劉真等帥師征服前來前來入寇遼東的女真部。“自是，不敢近邊者十餘年。”
經過以上幾次戰役，朱元璋認為失烈門之所以襲殺捏怯來，遼王阿扎失裡在受封不久後又叛明，背後都有也速迭兒的影子。也速迭兒在絞殺脫古思帖木兒後，繼承了其大部分屬地及遺產，勢力日趨膨脹，且日益滲入東蒙古地區。因此朱元璋才會對燕王朱棣說道：“朔漠雖平定，而殘胡散處絕塞，聚必為患。”隨後“命北平都指揮使周興為總兵官，遠巡塞北，搜捕殘胡，以彌絕邊患。”即便如此，朱元璋還是不放心，隨即又派遣自己的兒子們去巡邊，在巡邊期間，燕王於洪武二十九年三月得知大寧衛北邊有蒙古軍隊跟蹤，戰役遂打響。“今上率諸軍，北至徹徹兒山，遇胡兵與戰，擒其首將孛林帖木兒等數十人，追至兀良哈禿成，遇哈剌兀，復與戰，敗之，遂旋師。”經此一戰，蒙古勢力再不敢近明邊，而此次北征也成為洪武年間明軍的最後一次征伐蒙古。
之後，朱元璋將重心放到西邊，先是因哈密阻隔西域使者來明朝貢，遂於洪武二十四年派兵征伐哈密，此戰之後，總算是打通了與西域之間的孔道，加強了對西域的交流與掌控。之後又於洪武二十九年令明甘州等衛兵馬五千人討伐失剌罕和失包赤之地北元偽王撒力失結、偽國公完者不花及偽國公末臺並其屬三千餘人，大敗之。如此一來，即從東西兩側對蒙古勢力進行了大剪除，將蒙古勢力徹底趕至漠北深處，一時之間己難對明構成實質性的威脅。
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