大多数的政府部门在拆除违章建筑的过程中存在大量违法行为，被拆迁人可以依据相关法律武器维护自己的合法权益，具体如下：
根据《中华人民共和国城乡规划法》第40条规定：在城市、镇规划区内进行建筑物、构筑物、道路、管线和其他工程建设的,建设单位或者个人应当向城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府申请办理建设工程规划许可证。
申请办理建设工程规划许可证,应当提交使用土地的有关证明文件、建设工程设计方案等材料。需要建设单位编制修建性详细规划的建设项目,还应当提交修建性详细规划。对符合控制性详细规划和规划条件的,由城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府核发建设工程规划许可证。
城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府应当依法将经审定的修建性详细规划、建设工程设计方案的总平面图予以公布。
根据《中华人民共和国城乡规划法》第64条规定：未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的,由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设;尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的,限期改正,处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款;无法采取改正措施消除影响的,限期拆除,不能拆除的,没收实物或者违法收入,可以并处建设工程价百分之十以下的罚款。
1、认定违建的主体不适格。
目前在乡村的违章建筑管理权利归所在的乡镇人民政府，城市(含县违章建设管理权利在规划部门和县级人民政府(组织拆违)。而在目前的实际处理过程中大量的地方存在管理主体的混乱。
2、认定、拆除违章建筑之前的调查义务。
根据《中华人民共和国行政处罚法》第36条的规定：行政机关发现公民、法人或者其他组织有依法应当给予行政处罚的行为的，必须全面、客观、公正地调查，收集有关证据；必要时，依照法律、法规的规定，可以进行检查。所以行政机关在认定、处理违章建筑之前应该进行调查，比如确切的违章建筑面积、建筑时间、相应证据如照片等，否则就是违法。
3、应当给予公民陈述、申辩的权利。
《中华人民共和国行政处罚法》第31条规定： 行政机关在作出行政处罚决定之前，应当告知当事人作出行政处罚决定的事实、理由及依据，并告知当事人依法享有的权利。
第41条规定：行政机关及其执法人员在作出行政处罚决定之前，不依照本法第三十一条、第三十二条的规定向当事人告知给予行政处罚的事实、理由和依据，或者拒绝听取当事人的陈述、申辩，行政处罚决定不能成立；当事人放弃陈述或者申辩权利的除外。
行政机关在处理之前应该给予公民合理的陈述、申辩的权利， 否则就剥夺了公民的权利。具体在案件中，就是否在认定、处理违章建筑前通知公民进行陈述、申辩，是否给予了合理的时间等。
所以，拆迁法律顾问表示任何违反上述规定的行为，都是对公民“违章建筑“进行不合法的处理，因为处罚机关本身就存在违法。被拆迁人完全可以根据这些向人民法院提起诉讼，既能维护自己的合法权利，又能在时间上和法律上维护拆迁补偿利益。
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