1644年清軍入關，大順的歷史似乎就終結了，然而實際上，順軍面對殘暴的異族侵略，面對敵強我弱的艱難局面，依然奮戰了整整二十年，堪稱中華民族的脊樑。
1644年4月22日，吳三桂降清，清軍入關，李自成放棄北京向陝西撤退。
5月8日，清軍在慶都追上撤退的順軍主力，蘄侯谷英為全軍斷後，戰死沙場。
10日，過天星張天琳被大同總兵姜瓖殺害，姜瓖降清。
1645年1月13日，巫山伯馬世耀向清軍詐降，與李自成約定裡應外合奪取潼關，不料信使被清軍截獲，馬世耀全軍七千餘人被害，李自成向湖廣撤退。
3月，大順荊州防禦使孟長庚被叛徒鄭四維殺害，鄭四維降清。
4月，汝侯劉宗敏被清軍俘虜，不屈遇害。
5月，李自成遭當地團練襲擊戰死，叛徒王體中殺害白旺降清。
7月，袁宗第、劉體純、郝搖旗等部順軍進入湖南，聯明抗清。
7月20日，李自成侄子李過、內弟高一功等部順軍圍攻荊州。
8月，袁宗第、劉體純等人受何騰蛟排擠，前往荊州與李過會合，湖廣巡撫堵胤錫孤身前往荊州大營，與李過等人達成聯合抗清的協議，李過、高一功所部改編為“忠貞營”。
1646年1月，嶽州馬進忠、王允才、盧鼎、王進才四鎮明軍不戰而逃，嶽州副將馬蛟麟降清，荊州大營側翼洞開，忠貞營遭到清軍襲擊，慘敗，一批高級將領叛變。李過、高一功、劉體純、袁宗第等部退入鄂西山中休整，建立夔東抗清基地。
1647年7月1日，忠貞營出山，接連收復彝陵、常德、益陽、湘潭、湘陰、衡山等地。
11月11日，忠貞營包圍長沙，血戰五天五夜，何騰蛟命令忠貞營前往南昌救援金聲桓、王得仁，長沙之戰功虧一簣。李過認為金聲桓和王得仁已經完了，去了也是送死，而且王得仁是大順軍叛徒，金聲桓本是農民軍，投降左良玉後多次與大順軍為敵，雙方仇怨很深，於是忠貞營逗留湘贛邊界。
1648年1月，忠貞營未到，金聲桓、王得仁已戰死，忠貞營撤回湖南。
21日，何騰蛟被俘，六天後遇害，湖南戰局全面崩潰。忠貞營撤入廣西，當地明軍不肯接納，多次發生火併。
1649年8月，李過病故，高一功成為忠貞營主帥。
1650年12月，此時孫可望掌握南明政權，忠貞營因為李自成與張獻忠的舊仇，不容於孫可望，遂北上夔東。
1651年，高一功在湘西遭到當地土司襲擊戰死，李過養子李來亨將忠貞營帶回夔東，從此稱為“夔東十三家”，經過連年征戰，原順軍損失慘重，夔東地狹民窮，十三家難以再恢復元氣。
之後七年，夔東十三家始終堅持游擊戰爭，牽制清軍兵力。
1658年7月，因孫可望叛變，清軍三路大軍進攻雲南，李定國向夔東十三家求救，夔東十三家進攻重慶，被吳三桂擊敗。
11月，夔東十三家再攻重慶，激戰至12月15日，叛徒譚詣、譚弘殺害譚文降清，重慶之戰失敗，夔東十三家從此再也無力發動大規模進攻。
1662年，永曆皇帝被殺害，南明政權滅亡，東西兩大抗清領袖鄭成功、李定國相繼病故，除了臺澎金廈以外，南方各地的抗清鬥爭全部失敗，夔東成為大明在大陸的最後一片土。
1663年1月1日，清廷調集湖廣兵三萬、陝西兵兩萬五千、河南兵五千、四川兵三萬會剿夔東。袁宗第不敵四川清軍，血戰之後率部跳下懸崖撤退，所部陣亡及跳崖摔死兩千五六百人。郝搖旗、劉體純也被迫後撤，三部與李來亨聯手，對湖廣清軍發動反擊。
7月23日，夔東十三家大舉反攻，三萬湖廣清軍抱頭鼠竄，落入南陽河淹死無數，河水為之斷流，清軍一路逃回彝陵，向北京求援。清廷見漢軍無法對付夔東十三家，決定派滿洲兵出戰，一面調西安滿軍增援夔東，一面派鰲拜之弟穆裡瑪率滿八旗一萬前往前線。
8月24日，夔東十三家集結最後的全部主力五萬人，進攻巫山縣，激戰至9月7日，夔東十三家終究沒能攻下巫山，又遭到清軍突襲，戰死七千餘人，不得不撤退。
12月，兩路滿洲援軍抵達，面對十萬清軍，抗清大業已經絕望，順軍殘部大批投降，但依然有少數人選擇血戰到底。
12月23日，劉體純部下將領大批投敵，劉體純的大營被攻陷，全家自縊身亡。劉體純在夔東十餘年，軍紀嚴明，愛護百姓，極得民心，清四川總督李國英也敬佩劉體純的忠烈，下令將其全家禮葬。
26日，郝搖旗、袁宗第，以及南明兵部右侍郎洪育鰲、東安王朱盛蒗兵敗被俘，被清軍殺害，監軍太監潘應龍自盡。
1664年，夔東十三家陷入清軍重重包圍，徹底走投無路。絕望之下，王光興、蔣尚膺、毛壽登、馬騰雲、黨守素、塔天寶等相繼投降。最終，只剩下李來亨一部拒絕投降，堅守興山縣茅麓山。
李來亨死守茅麓山數月，接連擊斃鑲紅旗副都統賀布索、一等阿達哈哈番桑圖、穆裡瑪第三子蘇爾馬等清軍將領。6月15日，山寨中糧食將盡，李來亨率部突圍，被清軍擊退。閏6月9日，李來亨再次突圍，連破清軍五陣，最終仍被擊退。清軍再度派叛變將領前來勸降，李來亨將使者斬首，誓死堅守到底。
8月4日，糧食全部耗盡，最後的時刻到來了，李來亨全家自盡。至此，順軍餘部二十年轉戰萬里的抗清鬥爭徹底結束，大明在中國大陸再無寸土。
明亡清興的歷史，不是簡單的朝代更迭，而是無數百姓的屍骸累成的血淚史，是無數末路英雄的慷慨悲歌。
順軍的爭議挺大的，主要是由於他們的軍紀時好時壞，有秋毫無犯的時候，也有殺人放火的時候。上面提到的一些部隊，比如說張天琳、郝搖旗，都是以殘暴聞名的，李自成本人也不是沒屠掠過百姓。但是以這種標準來論，整個十七世紀就沒有一個將軍不該槍斃了，就連公認的民族英雄李定國、鄭成功，沒糧的時候也是會搶的。
在那個時代，有水平的將領，像李自成、鄭成功、李定國，都是有糧有餉的時候愛民如子秋毫無犯，一旦沒有糧餉，還是會選擇搶劫。哪怕是一直被認為是殺人魔王的張獻忠，在進攻湖南時也只殺士紳不殺百姓，還提出“三年免徵”，因為湖南受戰亂影響小，籌糧籌餉很容易，所以張獻忠也就不濫殺了，但是到了被天災人禍折騰個遍的湖北、四川，沒有那麼多土豪可打了，張獻忠的部隊又開始搶老百姓了。張獻忠死後，孫可望、李定國、艾能奇、劉文秀四人把軍隊帶到貴州，後來進兵雲南，又是王者之師的氣象，秋毫無犯，不是因為孫可望、李定國的道德品質一下子提高了，而是因為他們在雲貴不搶劫也能得到補給，和沐天波結盟之後，大西軍直接變成了當地的政府，當然不會搶劫了。
李自成也好，張獻忠也好，他們都是做過老百姓的人，也不是不知道搶老百姓不對，但是如果不搶，軍隊就會解體。明末的農民起義軍既沒有馬克思主義，也不能把支部建在連上，他們的軍隊如果沒有糧食和銀子，兵變就是不可避免的。這對於為將者來說是一個必須要面對的艱難選擇，要麼讓老百姓死，要麼讓自己和自己的士兵死，在這種情況下，明末的將領無論明軍順軍西軍清軍，幾乎無一例外地選擇了前者。這個問題沒得洗，燒殺淫掠到什麼時候都是犯罪。但是即便是犯罪分子，也首先是人，在不犯罪的時候也會有人性的閃光點。對於明末這些被操蛋的世道逼得走上犯罪道路的“流寇”，我並不想以此抨擊他們。
李定國、李過、高一功、李來亨等等這些人，都是大明的棄兒，做老百姓的時候，朝廷沒有管過他們的死活，造了反以後，和朝廷更是結下了不死不休的血海深仇。然而當大明王朝土崩瓦解，國家和民族面臨生死存亡的關頭時，這些“不作安安餓殍，猶效奮臂螳螂”的流寇卻站了出來，成為了大明王朝最後的希望。
正是由於順軍在潼關、懷慶、延安、榆林的奮勇抵抗，南明才有了一年的喘息時間建立起江北四鎮（雖然真正有用的只有一鎮）。
正是由於有忠貞營作為北方的屏障，何騰蛟才能收拾起湖南的局面。
忠貞營的力量耗竭了，西軍又站了出來，先是平定沙定洲叛亂，然後出滇抗清，挽救了瀕臨崩潰的南明，兩蹶名王，光復千里江山。最後一支西軍追隨永曆皇帝入緬甸，直到泰國，仍試圖在泰國建立根據地再行反攻，直到李定國病故。
說起來既諷刺又心酸，除了沐天波、劉孔昭等極少數個例，大明耗盡民脂民膏供養的勳略都成了只會趴在腐爛的國家肌體上吸血的寄生蟲。陪大明王朝走完最後一程的，不是世受國恩的諸侯勳貴，也不是崇禎恩待有加的洪承疇、吳三桂，而是明朝曾經的敵人，張獻忠的養子李定國和李自成的侄孫李來亨。
請那些給清軍洗地的人回去好好看看歷史，看看多鐸屠揚州、濟爾哈朗屠湘潭、多爾袞屠大同。現在滿族是中華民族的一部分不假，當年的滿人拿明朝百姓當同胞嗎？
別說對百姓了，滿人對投降的漢奸都恣意侮辱。鄭芝龍剛一投降，清軍立刻攻陷安平，逼死了鄭成功的母親；滿洲大學士麻勒吉因為一點瑣事當眾辱罵直隸總督張元錫，逼得張元錫上吊。做到高級大員的漢官都是這個待遇，還指望滿洲貴族們善待明朝百姓？對歷史再無知也該知道剃髮令吧，知道圈地、逃人法和遷界禁海吧？清軍入關之後有哪點做得比侵華日軍更文明？
經過清朝之後，滿人和漢人都是中華民族的一部分，這是不假，但是拿現在的情況去論證歷史那就太無賴了。比如說，現在印第安人和西班牙裔移民都是秘魯的國民，那麼當年皮薩羅侵略印加帝國、屠殺印第安人就能變成正義的嗎？
明朝也不僅僅是漢人的明朝，抗清戰死的烈士中，滿桂是蒙古人，丁國棟、米喇印、馬承祖、撒之浮、羽鳳麒是回人。在雲貴、廣西，各民族都和漢族一樣遭到了清朝的奴役和屠殺，土司軍隊也和明軍、順軍、西軍一起拋頭顱灑熱血。血抗擊侵略。當時的清朝就是大明境內所有民族的死敵，不能拿當時還沒發生的事情去論證當年的歷史。現在的滿族是中華民族的一部分，關十七世紀的八旗兵什麼事，夥伴們你們覺得呢？
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