我國曆史上偉大的史學家和文學家司馬遷，生長在西漢武帝時代，曾任太史令，因為李陵降匈奴事辯護而觸犯武帝忌諱，遭受腐刑。被刑後，他懷著極大的悲憤和憎恨的心情，堅持完成了50萬言的歷史巨著——《史記》，魯迅稱之為“史家之絕唱，無韻之《離騷》”。《史記》展示了從傳說中的黃帝到西漢武帝時代的3000年的歷史畫卷。《史記》問世以後，歷代都有專門研究《史記》和研究司馬遷的學者，國外也不斷湧現研究《史記》的專家。
可是對於司馬遷的卒年和死因這個問題，由於史料的缺乏，始終未能得到令人滿意的結果。
正史中未載司馬遷卒年，有人認為這是司馬遷善終的證明，也有人認為這恰恰說明司馬遷死得不明不白，大有疑問。《史記。集解》引東漢學者衛宏《漢舊儀注》雲：“司馬遷作景帝本紀，極言其短，及武帝過，武帝怒而削去之。後坐舉李陵，李陵降匈奴，故下蠶室。有怨言，下獄死。”葛洪《西京雜記》也有相類似的記載。有人據此認為司馬遷是因作《報任安書》而死的，且死在作《報任安書》的當年。（據王國維考證《報任安書》作於太初四年）郭沫苦認為司馬遷下獄的事世上必有流傳，故衛宏、葛洪均筆之於書。
衛宏和葛洪都是當時頗有名望的大學問家，不會無中生有，歪曲事實。班固在《漢書。司馬遷傳》的“贊”中嘆息“以遷之博物洽聞而不能以知自全”，悲其“既陷極刑”（指腐刑）之後，又不“能自保其身”，這說明司馬遷不是自然之死。桓寬《鹽鐵論。周秦篇》文學（讀書人）所言：“……一日下蠶室，創未廖，宿衛人主，出入宮殿，得由受俸祿，食大官享賜，身以尊榮，妻子獲其饒；故或載卿相之列，就刀鋸而不見閔（憫）。”鹽鐵會議召開於西漢昭帝始元六年，離司馬遷生活年代相去不遠，《漢書》載司馬遷被刑之後，又“尊寵任職”，為中書令（皇帝的御用秘書），可說是“載卿相之列”。
郭沫若認為《鹽鐵論。周秦篇》中的既“下蠶室”而後又“就刀鋸”，就是暗指司馬遷的再度下獄致死之事。
對此，有的學者則提出異議。目前尚存有關衛宏提及太史令和司馬遷行事的記載，共有四條，經考證，至少有兩條不符合史實，故衛宏說司馬遷“下獄死”一事，殆不可信，至少也是孤證。古人認為“身體髮膚受之父母，不敢毀傷”。《漢書》嘆司馬遷“既陷極刑”，不“能自保其身”，應當從古人的這種含義上來理解。《鹽鐵論。周秦篇》文學之言與司馬遷根奪風馬牛不相及，“下蠶室”之後又“就刀鋸”，原意只是指一種刑罰所造成的社會不良風氣，乃證明漢武帝嚴峻之治的無效，不能解釋為司馬遷兩次下獄。
也有人認為司馬遷可能死於漢武帝晚年的“巫蠱之獄”。巫蠱案發於徵和元年，身為治巫蠱使者的江充與衛太子有怨，恐武帝晏駕後為太子所誅，遂大開殺戒以藉機剪除太子。太子殺江充後自殺，武帝窮治巫蠱之獄，轉而窮治太子死之獄，一直到徵和四年，前後死者達十幾萬，司馬遷的好友任安，就是“巫蠱之獄”的殉難者之一。這場災難，牽及到當時許多文武官員，司馬遷恐怕也難以倖免。又據《史記》記事內容分析，太初四年至徵和二年還有記事，徵和一年後無記事，司馬遷很可能是《漢書》所云“巫蠱之禍，流及士大夫”的犧牲者。還有人主張司馬遷死於武帝之後，西漢學者褚少孫曾說過“太史公記事，盡於孝武之事”，《史記》各篇裡有漢世宗的諡號“武帝”。“武帝”系漢世宗劉徹死後，後人所追封，如司馬遷死在武帝之前，怎麼會知道這諡號呢？有人考證司馬遷《報任安書》作於徵和二年十一月，距武帝駕崩僅四年，從《報任安書》的內容來看，知道當時《史記》尚未全部完成，此後必有修整補輯，故涉及到武帝的地方，改稱諡號，則不足為奇了。
總之，司馬遷到底是“有怨言，下獄死”或是為“巫蠱之獄”所累及，還是平安地活到武帝之後，壽終正寢，目前尚無明文信史作據，有待於今後新史料的發現和人們的進一步研究。
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