要生產有機肥生產線的有機肥料就需要經過發酵，而常規發酵和優質發酵還不一樣，常規發酵只能達到無害化標準，而優質發酵就可以得到最好的發酵原料。最大程度的利用畜禽糞便所帶來的好處。
堆肥這種古老而簡便的處理有機廢棄物和製造肥料的方法，隨著研究的深入和方法的改進，其應用很受各個國家的重視，因為它有很好的生態意義，也為農業生產帶來效益。有許多報道指出，用腐熟堆肥製備種子苗床能抑制土傳病害。並且在堆肥過程的高溫階段過後接踵而來的拮抗性細菌，可使菌數達到很高水平；
堆肥過程中各有機物在微生物作用下，達到不易分解、穩定、作物易吸收狀態；同時微生物作用在一定範圍內減少重金屬毒害作用。可見，堆肥是製造生物有機肥的簡便而有效的方法，有益於生態農業的發展。
堆肥為什麼產生這樣的效果呢？下面我們對堆肥原理進行比較詳盡的介紹。
有機肥生產線有機肥發酵原理
堆肥中的有機質在微生物作用下進行復雜的轉化，這種轉化可歸納為兩個過程：一個是有機質的礦質化過程，即把複雜的有機質分解成為簡單的物質，最後生成二氧化碳、水和礦質養分等；另一個是有機質的腐殖化過程，即有機質經分解再合成，生成更復雜的特殊有機質-腐殖質。兩個過程是同時進行的，但方向相反，在不同條件下，各自進行的強度有明顯的差別。
2.有機質的腐殖化過程
關於腐殖質的形成過程有很多種說法，概括起來大體可分為兩個階段：第一階段，有機殘體分解形成組成腐殖質分子的原始材料，如多元酚、含氮有機物（氨基酸、肽等）等；第二階段，先由微生物分泌的多酚氧化酶將多酚氧化成醌，然後醌與氨基酸或肽縮合而成腐殖質單體。由於酚、醌、氨基酸種類很多，相互縮合的方式也不盡相同，因而形成的腐殖質單體也就多種多樣。在不同條件下，這些單體又進一步縮合形成大小不等的分子。
堆肥實際就是廢棄物穩定化的一種形式，但它需要特殊的溼度、通氣條件和微生物以產生適宜的溫度。一般認為這個溫度要高於45℃，保持這種高溫可以使病原菌失活，並殺死雜草種子。在合理堆肥後殘留的有機物分解率較低、相對穩定並易於被植物吸收。堆肥後臭味可以大大降低。
堆肥過程有許多不同種類的微生物參與。由於原料和條件的變化，各種微生物的數量也在不斷髮生變化，所以堆肥過程中沒有任何微生物始終佔據主導地位。每一個環境都有其特定的微生物菌群，微生物的多樣性使得堆肥在外部條件出現變化的情況下仍可避免系統崩潰。
堆肥過程主要靠微生物的作用進行，微生物是堆肥發酵的主體。參與堆肥的微生物有兩個來源：一是有機廢棄物裡面原有的大量微生物；另一是人工加入的微生物接種劑。這些菌種在一定條件下對某些有機廢物具有較強的分解能力，具有活性強、繁殖快、分解有機物迅速等特點，能加速堆肥反應的進程，縮短堆肥反應的時間。
有機肥生產線堆肥一般分為好氧堆肥和厭氧堆肥兩種。好氧堆肥是在有氧情況下的有機物料分解過程，其代謝產物主要是二氧化碳、水和熱；厭氧堆肥是在無氧條件下有機物料的分解過程，厭氧分解最後的代謝產物是甲烷、二氧化碳和許多低分子量的中間產物，如有機酸等。
參與堆肥過程的主要微生物種類是細菌、真菌以及放線菌。這3種微生物都有中溫菌和高溫菌。
堆肥過程中微生物的種群隨溫度的變化發生如下的交替變化：低、中溫菌群為主轉變為中高溫菌群為主，中高溫菌群為主轉化為中低溫菌群。隨著堆肥時間的延長，細菌逐漸減少，放線菌逐漸增多，黴菌和酵母菌在堆肥的末期顯著減少。
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