據史書記載，秦始皇稱帝以後，力求長生不老，迷戀仙道，不惜動用重金，先後派徐福、韓眾、侯生、盧生等人尋求仙藥。侯生與盧生始終沒有找到仙人和仙藥，為此心急如焚、忐忑不安。依照秦國的法律，求不到仙藥就會被處死。
因此， 他們深發感慨：像這樣兇狠殘暴並且貪戀權勢的人，不值得給他求仙藥。於是，侯生、盧生悄悄地遠走他鄉了。秦始皇聽說侯生和盧生逃跑了，勃然大怒，於是命有關部門逮捕了一些散佈“妖言“的人。
這些人在嚴刑拷打之下，互相檢舉揭發，共“咬“出了460多個誹謗過秦始皇的人。秦始皇一聲令下，這460多個人遂被活埋於咸陽。這就是發生於公元前212年的“坑儒“事件。後世將其與秦始皇的另一大罪“焚書“連在一起，統稱為“焚書坑儒“ .從此， "焚書坑儒“便成為了秦始皇暴政的有力證據，使其被後世學者唾罵了2000多年。
這一事件，史籍多有記載，歷史學家也多有論述，但是各類書籍只對“焚書“作了詳細記載，對“坑儒“ 一事則顯得十分籠統。至於坑殺的人究竟是方士還是儒生，學術界也是各持己見，爭論不休。從分析“坑儒”事件的起因來看，秦始皇所坑殺的人應該是方士。
事情的起因是方士設騙，並且在誹謗秦始皇后逃亡，秦始皇因此極為可能遷怒於其他方士，所以坑殺方士也在情理之中。當然也不能說被殺的460餘人中沒有儒生，而全是方士，但是由其代表人物可推知，被殺的主體應該是方士，而被殺的原因更與儒家的政治主張和學派觀點無關。但是，另一些史實卻表明，秦始皇所坑者很可能是儒生。
秦始皇“坑儒“之後，其長子扶蘇諫道： "天下初定，遠方黔首未集，諸生皆誦法孔子，今上皆重法繩之，臣恐天下不安。“意思是說，如今天下初定，遠方的人民未必心服，眾儒生都學習孔子的學說，陛下這麼嚴厲地懲罰他們，我怕天下百姓因此而恐懼不安。
從“眾儒生都學習孔子的學說”來看，秦始皇所坑殺的又好像是儒生。關於“坑儒”之事還有一說：東漢學者衛宏在《詔定古文官書序》中記載，由於秦始皇把文字統一為大篆和隸字， "國人多誹謗怨恨“ ,秦始皇怕天下不從，於是廣召儒士書生到咸陽，共召到700餘人，封官授爵。然後，秦始皇密令親信在驪山溫暖的山谷中挖坑種瓜，以冬季瓜熟的奇異現象為由，誘惑眾儒生集於驪山觀看。
當眾儒生爭論不休時，忽然上面土石俱下， 700多名儒生全部被活埋在山谷裡。於是，有人便根據這一點，認為秦始皇確實有過“坑儒“的行為。至於“坑儒“一詞，則出現在西漢初年的典籍中，此時距秦始皇去世已經有100多年了。西漢始元六年(公元前81年) ,桑弘羊在著名的鹽鐵會議上舌戰群，“諸生闊茸無行，多言而不用，情貌不相副。若穿逾之盜，自古而患之。是孔丘斥逐於魯君，曾不用於世也。
何者?以其首攝多端，迂時而不要也。故秦王燔去其術而不行，坑之渭中而不用。“在桑弘羊的眼裡，儒生們只知誇誇其談而不切實際，表裡不一，就像那些雞鳴狗盜之徒一樣，自古以來就是禍害。魯國國君將孔丘驅逐，棄之不用，就因為他首鼠兩端，貌似圓滑其實迂腐，並沒有切合實際的主張。
所以，秦始皇才燒掉儒生們的著作而使其言論不得傳播，寧願將他們活埋也不任用。之後，西漢學者劉向在《戰國策序錄》中明確說明秦始皇“坑殺儒士”正因為“坑儒“一說最早出現在西漢時期，所以許多後世學者對“坑儒“一事充滿了種種懷疑和猜測。
儘管秦始皇早因“坑儒”之舉背上了千古罵名，然而直到今天，秦始皇究竟有沒有“坑儒“這一謎團還是沒有解開，不知他是冤還是不冤呢?
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